學院下設天然藥物化學、藥物化學、藥理學、藥物分析、藥劑學和生物信息學6個學科方向。現有教職工41人，其中教授/研究員14人、副教授/副研究員5人，具有海外經歷、博士學位的教師28人。學院現有長江學者/國家傑青1人，國家“千人計畫專家”1人，教育部跨世紀優秀人才1人，國家青年千人計畫1人，重慶大學“百人計畫”10人，國務院政府特殊津貼獲得者2人。學院現有在校學生290人，其中博士研究生62人（其中外籍博士4人）、碩士研究生117人，本科生105人，團隊還包括籍博士後3人（其中外籍博士後2人）。按照藥學院五年建設規劃，至2020年，教職工規模將達100餘人，其中高層次領軍人才將達40餘人，學生規模將達600餘人。
藥學院現擁有與化學化工學院聯合共建的“化學工程與技術”一級博士學位授權點,與生物工程學院聯合共建的藥學一級學科碩士授權點和博士後流動站。其中藥學一級學科下設三個系，分別為：藥物化學系，藥理與藥劑學系，藥物分析、藥物設計與天然藥物學系。
藥學院現擁有科研及實驗用房總面積近7000平米，擁有國際先進的大型分析測試20餘套，價值3000餘萬元。現正建設國際藥理學學科平台，屆時將擁有成套實驗設備50餘套，價值4000餘萬元。
藥學院正在主持國家自然科學基金項目19項，重慶市科技計畫項目重點產業共性關鍵技術創新專項主題專項項目1項（200萬），重慶市科技計畫項目基礎與前沿研究計畫一般項目7項，在J. Am. Chem. Soc., Angew. Chem. Int. Ed. 等國際學術刊物上發表研究論文50餘篇。
