在通常的FISH中,核酸探針被螢光分子直接標記;而在CARD-FISH中,探針與辣根過氧化物酶(horse reddish peroxidase, HRP)相連。完成雜交後,洗去游離的探針,加入和螢光標記的tyramide和過氧化氫,將螢光連線在有探針結合的細胞的蛋白質上。這樣,一個探針可以將很多螢光分子沉積在細胞內,起到放大信號的作用,因此比普通的FISH更為敏感。
但由於辣根過氧化物酶比普通螢光分子要大得多,無法通過細胞膜,因此實驗中必須對細胞做通透性處理。這樣對於具有不同外圍結構的細胞,通透性會相差很大並影響信號強弱。