職能調整
（一）劃入職能原農業局、畜牧業局的行政職能，均由新組建的旗農牧業局承擔。
（二）劃出的職能
1、將農村環境保護的職能，交由旗環保局承擔。
2、將草原野生動物保護的職能，交由旗林業局承擔。
（三）強化的職能
1、加強農牧業產業政策研究，引導農牧業、農牧區經濟結構的合理調整和農牧業資源的合理配置。
2、研究提出深化農牧區經濟體制改革和促進農牧業社會化服務體系建設的意見，經批准後組織實施。
3、研究擬定農牧業產業化經營的方針政策、實施規劃，促進農業產前、產中、產後一體化發展和畜牧業的生產、加工、銷售一體化管理與服務。
主要職責
（一）貫徹執行國家、自治區和市關於發展農牧業的方針、政策、法律、法規，研究旗農牧業和農村牧區經濟發展戰略，中長期發展規劃，並負責監督實施。（二）研究擬定旗農牧業產業化政策，引導農牧業產業結構調整、農牧業資源合理配置和產品品質的改善；參與農村牧區經濟體制改革，指導農村牧區經濟組織建設、農牧業社會化服務體系建設和市場體系建設；完善農村牧區基本經營制度和政策，負責監督有關減輕農牧民負擔政策的貫徹執行情況。
（三）組織協調農牧業生產資料市場體系建設，預測並發布農牧業產品及農牧業生產資料供求情況等農村牧區經濟信息；會同有關部門管理農牧業方面的各類資金和重點建設項目，並進行審計監督檢查。
（四）負責農牧業資源區劃、生態農牧業和農牧業可持續發展工作；組織實施全旗禁牧、輪牧、休牧工作；指導農用地、草地資源、草原生態環境、草地建設、漁業水域、宜農濕地、農村可再生資源的開發利用和保護管理工作；負責農牧業安全生產、抗災保畜、防災基地建設、草原防火等項工作。
（五）負責全旗農牧業科研、宣傳教育、技術推廣及隊伍建設工作，實施科教興農興牧戰略；組織科研和技術推廣項目的篩選及實施；指導農牧民技術培訓、農牧業職業技能開發工作。
（六）組織協調種子、農藥等農業投入品質量的監測、鑑定和執法監督管理；組織旗內生產的種子、農藥、肥料等產品的登記工作；負責規劃和監督管理畜禽良種和牧草種子引進、調出、培育、推廣工作，組織指導草籽、飼料生產和質量監測工作，審核和發放飼料生產許可證。
（七）組織實施對植物、動物的防疫、檢疫工作，發布疫情並組織撲滅；負責獸醫醫政與獸藥藥政藥檢工作，對獸醫、獸藥、飼料標準進行監督檢查。
（八）承辦旗人民政府和市農業局、畜牧業局等部門交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，旗農牧業局設4個職能股（室）：（一）辦公室
（二）畜牧股
（三）農業股
（四）執法監督股
