邕寧縣古屬西甌、駱越地。東晉大興元年（318年）始建晉興縣。開皇十八年（598年）改置定宣北縣。民國2年（1913年）更名南寧縣，民國3年改稱邕寧縣。自建縣起至解放初，縣治均在今南寧市。
1949年12月4日南寧解放，12月26日邕寧縣人民政府在南寧宣告成立，縣府設在南寧亭子馬鞍嶺（今南寧市糖紙廠內）。1950年12月，縣府搬遷到蒲廟，地址設在今邕寧區人民醫院。1951年7月，縣府遷往五塘，設在今五塘中心國小。1953年元月，縣府遷回蒲廟。從此，其辦公地點一直不變。
1955年8月26日，縣人民政府改稱縣人民委員會。1966年“文化大革命”開始，政府各職能機構處於癱瘓狀態。1967年1月縣人民委員會的部分職權，由縣人武部“抓革命、促生產”辦公室行使。1968年4月縣人民委員會改稱縣革命委員會，下設政治工作組、人民保衛組、生產指揮組、辦事組、秘書組，代替了縣政府（人民委員會）的工作機構職能。至1970年12月縣委恢復期間，全縣黨、政、財、文大權統歸縣革委會的一元化領導。1981年1月，撤銷了“邕寧縣革命委員會”，恢復邕寧縣人民政府建制。1983年10月，邕寧縣劃歸南寧市，為市轄縣。2005年3月18日南寧市部分行政區域調整，撤銷邕寧縣，設立邕寧區。
1949年12月邕寧縣人民政府宣告成立後，設立了秘書室，為邕寧縣人民政府工作機構，這就是邕寧區人民政府辦公室的前身。1954年1月秘書室改為辦公室。“文革”期間，政府各職能機構處於癱瘓狀態。1981年1月恢復縣人民政府建制後，設定政府辦公室為縣人民政府工作機構。2005年3月18日撤縣設區後，根據《中共南寧市邕寧區委、南寧市邕寧區人民政府關於南寧市邕寧區黨政群機構設定的通知》（邕發[2005]7號）精神，設定邕寧區人民政府辦公室為邕寧區人民政府的工作部門，正科級行政單位，辦公地點不變。
2002年1月機構改革後，邕寧縣人民政府辦公室內設文電科、綜合督查科、事務科3個科室，掛牌單位有僑辦、調處辦、法制辦。
2005年3月18日撤縣設區後，邕寧區人民政府辦公室內設秘書科、綜合科、督查科3個職能科。領導信訪辦公室，掛牌單位有法制辦公室、調處辦。
