歷史背景
女真人壓迫漢人
剃髮易服遼瀋為漢族聚居區。女真族進入遼瀋地區後，後金社會有了空前的擴展，由單一的社會經濟結構，轉化成多種社會經濟結構的交錯，特別是與漢族地區先進的社會經濟結構的交錯。
努爾哈赤一方面要維護滿洲八旗作為戰勝者、占領者、統治者政治上經濟上的優勢地位，“既不願又不可能把遼東地區的廣大漢族人民在八旗內部消化”；一方面又作出將遼瀋漢民從明朝黑暗統治中拯救出來的救世主姿態，於後金天命六年七月，在遼陽頒布“圈地與計丁受田令”。
“圈地與計丁受田令” 的第一部分內容是圈地。《滿文老檔》記載如下：
| 1621年（天命六年七月）十四日，一行將前往分田，故先期告諭各村曰：在海州地方取田十萬日，在遼東地方取田二十萬日，共取田三十萬日，給我駐紮此地之兵馬。 |
也就是說，努爾哈赤下令在遼東地區和海州等衛，圈占原漢民土地共三十萬日 ，以安置從渾河上游、蘇子河流域遷至遼東的滿族八旗貴族、勛臣、兵丁及家屬。這一做法，成為順治年間清軍入關後，在京畿等地區實行圈地、撥補換地等政策的先聲。
“圈地與計丁受田令” 的第二部分內容是對遼東新占領區的漢民實行“計丁受田”。也就是說，努爾哈赤下令革除明朝遼東地區土地集中、貧富不均的弊病。首先將遼東地區全部土地收歸後金國家所有，然後圈占三十萬日土地給予八旗，再後將其他土地以每一男丁給六日，五日種糧一日種棉；每三丁種官田一日，每二十丁一丁當兵、一丁應役的方法，在遼東漢民中平均分配。
“圈地與計丁受田令”的重點，在於圈地。為了保持滿族八旗的政治經濟優勢，為了保持滿族八旗的戰鬥力，作為戰勝者、占領者、統治者的努爾哈赤，理所當然地要剝奪被占領地區的土地為八旗所有，實行原有奴隸制的生產方式。所余之地，才嘗試著對原居漢民重新分配，以改變明朝統治下的社會弊病。
只是第一，由於重點是圈地、是保證滿族八旗對土地的占有，而土地卻無論如何是有限的，原居漢民沒有能夠分到足額的土地。第二，努爾哈赤改變明朝統治下社會弊病的做法，雖在他本人幾乎是從奴隸制統治思想到封建制統治思想的飛躍，但充其量只能算是尚未脫盡農奴色彩的封建制的初級階段，如每三丁種官田一日的勞役地租，每二十丁一丁當兵、一丁應役的耕戰合一的做法等，對於遼東地區的漢族人民仍是不能容忍的倒退，於是受到了漢族人民以各種方式進行的激烈反抗。
漢人的反抗
叛逃。1623年（明天啟三年、後金天命八年），夾山河十二家人家，扶老攜幼逃離後金轄區；劉濟屯五村漢人乘高粱稈編成的筏子渡遼河投明；復州一萬一千多男丁叛逃，投向明朝；鞍山、海州及周圍之人紛紛叛逃，村村堡堡沒有了雞鳴狗吠、生息炊煙，只有刺耳呼嘯的寒風在空曠的殘垣斷壁中隨意穿行。
暴動。1621年（明天啟元年、後金天命六年），金州兩秀才為首，十人“合謀作亂”；鎮江（丹東附近）陳良策率眾起事，將後金守將佟養正執送明朝；湯站險山農民群起回應，成群結隊南行投明，後金軍眼睜睜看著，不敢近前。
1623年（明天啟三年、後金天命八年），岫巖千名漢人乘木船八艘、獨木船十四艘逆岫巖河而上，猛烈炮擊後金五處哨探，後因寡不敵眾，全部戰死。
1625年（明天啟五年、後金天命十年），鎮江、鳳城、岫巖、長島、雙山、平頂山、海州、鞍山、首山、彰義等地都樹起了反抗後金的義旗。
偷襲，暗殺，投毒。後金天命八年，催征公糧的後金官吏有被漢人綁架，放到車上帶走殺死；有因單獨行動，被漢人殺死；有被漢人以交朋友為名，騙到家中殺死。與此同時，屢屢出現漢人在水、酒、豬肉中下毒，毒死後金軍民的事件。
1622年（明天啟二年、後金天命七年）三月，努爾哈赤甚至以“光棍盜賊尚無畏懼”，下令嗣後滿人不許與漢人交友，不許與漢人接觸，不許單獨外出，必須攜帶弓箭，十人接隊而行，若結夥不足十人，而九人同行，“見即捉拿”，罰銀九錢，“八人者罰銀八錢，七人者罰銀七錢，一人者罰銀五錢”。六月下令“凡諸申漢人開設店肆之人，務將肆主姓名刻於石上或木上立於肆千，若不書名則罪之。無店肆攜物售賣之人，概行禁止，以防下藥鴆人。尤應曉諭我諸申婦孺，凡購食之人務記肆主姓名”。還要注意水、鹽、蔥、瓜、茄子、雞鴨，以免遭漢民投毒暗算。
屠殺過程
努爾哈赤雖然說“恩養尼堪”，但是卻大殺遼民，也極端反漢。
1623（明天啟三年），六月，聽說復州漢民人數增加，接受明國“派來之奸細和札付”，將要叛逃，努爾哈赤派遣大貝勒代善、齋桑古、阿濟格、杜度、碩託等貝勒，率兵兩萬，前往，將男人全部殺光，帶回大量子女、牲畜。
1624年（明天啟四年）正月，努爾哈赤連下九次汗諭，遣派大批八旗官兵，在金國的大部分轄區，查量漢民糧谷，凡每人有谷不及五金斗的，定為“無谷之人”。努爾哈赤辱罵“無谷之人”是“不耕田、無谷、不定居於家，欲由此地逃往彼處（明國）之光棍”，諭令八旗官兵“應將無谷之人視為仇敵”，發現其“閒行乞食”，立即“捕之送來”，並於正月二十七日“殺了從各處查出送來之無谷之尼堪”。
1625年（明天啟五年）十月初三日，努爾哈赤下達長諭，指責漢民“窩藏奸細，接受札付，叛逃不絕”，歷數鎮江、長山島、川城，耀州、彰義站、鞍山、海州、金州等地漢民武裝反抗事例，宣布要斬殺叛逃之人。他命令八旗貝勒和總兵官以下備御以上官將，帶領士卒，各去自己轄屬的村莊，“區別”漢民，凡系抗金者，一律處死。各將遵令，“分路去，逢村堡，即下馬斬殺”。
時有遼民幾盡殺光之說。
努爾哈赤還在十月初三的“汗諭”中，命將未殺的“築城納賦”之“小人”（即勞動者），全部編隸汗、貝勒的拖克索（莊），每莊十三丁、七牛，耕地百晌，八十晌莊丁“自身食用”，二十晌作“官賦”。編丁隸莊後，總兵官以下，備御以上，“每備御各賜一莊”。這樣一來，原來“計丁受田”的漢民，失去了“民戶”的身份，淪落為奴隸制農奴性質的“莊丁”，被迫繳納數倍於“計丁授田”之丁上交的丁賦，人身奴役加重，剝削更為厲害。
遼東地區的大多數漢民（即除去原系阿哈的漢民以外），從“計丁授田”的後金國“民戶”，下降為繳納高額地租、慘遭莊主壓迫的封建農奴，嚴重地加深了遼民的苦難，農奴制莊園惡性擴展，遍布後金轄區，這是很大的倒退。
努爾哈赤令漢人與女真人合戶，實際上是將滿族旗人分置於漢人各戶之中，滿人奴役漢人，漢族男丁承擔了全部重體力勞動，漢族婦女則成了他們的奴婢。
如此的不平等，加上缺衣少食，就導致了1623年滿、漢之間的一系列衝突。許多漢人故意在食物和飲水中投毒，焚燒房舍，還殺死了一些後金的哨卒。
努爾哈赤對漢人抗暴作出的反應，是進一步種族歧視、種族清洗。他憤怒地責問八貝勒：“我等之兵去後，耀州之人即揚言殺我婦孺，其他各地之人亦毒殺我等之諸申，爾等知否？”又斥責各旗大臣對漢人過分寬容：漢官與我等之諸申，因何同等對待？若我等之諸申犯罪，則問其功勞，問其官位，稍有理由，即應赦之。若尼堪犯下死罪，又未盡心效力，復有偷竊之事，則應盡誅其子孫親族，為何僅責打了事？
竊據瀋陽後，滿漢人戶便被指定居住在按種族劃分的區域內。除此之外，努爾哈赤還規定漢人不得持兵器；而女真人則無論是不是八旗兵丁，都要隨身攜帶兵器。這種旨在阻止漢人反抗的歧視政策，可能正是1625年漢人叛亂的導火索。這年秋，許多滿族兵民被殺，據說還有漢人派人向附近的明軍求援，希望重返明朝。11月，努爾哈赤採取了嚴厲措施，遂令滿族官吏進行徹底調查，清洗各村帶頭鬧事的秀才：並非我等嘉善拔擢之官員，乃是昔為明國秀才、大臣而今無官者，聽信奸細之言，煽動當地村民。凡此等人，皆檢出誅之。
從萬曆四十七年六月偽金，復州兵民起，由於遼東軍民痛恨後金苛政，猛烈反抗，努爾哈赤不從改革弊政、減少殺戮、緩和矛盾以平息民怒穩定局勢這一根本上著手，卻改變策略，懷疑漢官，疏遠漢官。
當努爾哈赤決定派兵屠殺復州兵民時，“撫順額駙”李永芳諫阻說：“所謂復州之人叛者，非實也，恐系人之誣陷矣。”李之本意是應當慎重，核實情況後再發兵，這原是無可非議的。可是，努爾哈赤卻大發雷霆，厲聲指責李永芳等漢官“以明帝為長久，以我為短暫”，“心向明國”，蔑視金汗，竟革去他的總兵官職，捕其子來審訊，後雖復官，但也不似過去那樣信任和重用了。
被殺人數
眼下東北人絕大多數是民國時候闖關東的河北，山東人的後代；而當地原住漢民的後代可說是鳳毛麟角。
早在民國之前的歷史上遼寧是有漢人。遼東在明代屬於遼東都司，於洪武八年併入明朝版圖，明朝在遼東都司共設25衛2州，其中25衛是漢族聚居區，2州是少數民族聚居區。明朝和歷史上的其他漢族政權一樣在統計人口時往往只統計漢族人口而不統計少數民族人口，因為只有漢族人才負擔賦稅。遼東自古以來就是漢族聚居區古代就是九州之一的幽州之地，居民以漢族為主，而且人口不在少數，僅25衛中的金州衛一衛在明朝洪武年間就有人口45620人 ，可以從中看到遼東25衛在明洪武年間就有漢族人口100多萬，這還不算駐屯的軍戶及其家屬。
明朝洪武年間統計當時明朝統計的總人口只有6000萬人，而現在中國的人口在13億以上，假如按照正常人口繁衍的比率來看，就照100萬人來算，他們的後代到現在應該已有了2000多萬，這將在現在遼寧4090萬總人口占到一半以上的比率，而絕非鳳毛麟角了。那導致現在遼寧原住民後代絕跡的原因只有一個，他們的祖先集體“失蹤”了。
主要影響
努爾哈赤的行為，嚴重地破壞了遼東生產。這一曾經是“田人富谷，澤人富鮮，山人富材，海人富貨”，“家給人足，都鄙廩庾皆滿，貨賄羨斥”的富饒地區，竟弄得人丁銳減，田園荒蕪，廬舍殘破，百業凋敝，社會混亂，民不寧居，饑荒頻仍，物價飛漲，甚至出現了“人相食”的悲慘局面 。
遼東大屠殺使明軍將士作戰時比以往更加頑強。
由於努爾哈赤多次叫囂和實施殺窮鬼殺富戶殺不服之尼堪，整個遼東的漢人都被努爾哈赤率作亂女真人屠得幾乎乾淨了。僥倖沒被屠殺的遼東漢人都淪為了滿洲人的奴隸，這也是最早淪為通古斯人奴隸的一批中國人。另有少數人則被編入偽軍漢八旗。
歷史評價
清廷前期統治者例如努爾哈赤、皇太極都以兇悍殘忍著稱於史冊。他們的做法通常是‘城門失火，殃及池魚’。就是說一遇抵抗，破城得地之後不分軍民，不論參與抵抗或未參與抵抗，通通屠殺或掠取為奴婢。
努爾哈赤從“恩養尼堪”轉變為濫施屠戮大殺遼民，“不論貧富，均皆誅戮” ，殺人越多，民心越恨，反抗愈烈。他從任用漢官、依靠漢官，錯誤地改為懷疑、排斥、歧視漢官，失去了大部分漢官對後金的支持。
