歷史沿革
農業部沼氣科學研究所於1979年創建。
所辦公大樓1981年，中國政府曾與聯合國開發計畫署簽訂協定在成立了“中國成都亞太區域沼氣研究與培訓中心”。
1983年，研究所更名為農牧漁業部成都沼氣科學研究所。
1988年，農牧漁業部成都沼氣科學研究所更名為農業部成都沼氣科學研究所。
1996年，農業部成都沼氣科學研究所更名為農業部沼氣科學研究所。
1997年，農業部沼氣科學研究所劃歸中國農業科學院管理。
2003年，研究所開始招收碩士研究生，2010年開始招收農業環境學博士研究生，2011年首次招收留學生。
2016年12月，研究所“沼氣技術國際科技合作基地”被認定為國家國際科技合作基地。
科研條件
研究部門
微生物研究中心實驗樓截至2014年5月，研究所下設4個研究中心，1個農業部質量監督檢驗測試中心、1個農業部重點實驗室、1個農業部工程設計所、1個農業行業職業技能鑑定站、3個四川省科技創新平台、1箇中國農業科學院研究中心、2個所屬科技公司，聯合國糧農組織沼氣技術研究培訓參考中心設在研究所。
農業部質量監督檢驗測試中心：農業部沼氣產品設備質量監督檢驗測試中心
農業部重點實驗室：農業部農村可再生能源開發利用重點實驗室
農業部工程設計所：農業部成都能源環境工程設計所
農業行業職業技能鑑定站：農業行業特有工種職業技能鑑定站
四川省科技創新平台：四川省沼氣工程中心、四川省厭氧微生物資源中心、四川省沼氣技術國際科技合作基地
中國農業科學院研究中心：中國農業科學院農村能源新材料套用研究中心
研究所研究中心：微生物研究中心、沼氣工程研究中心、生物質能源研究中心、培訓與信息研究中心
所屬科技公司：沼氣所科技開發公司、成都環能國際合作公司
人員編制
截至2017年6月，研究所設崗142人，在職職工114人，離退休職工105人；在職職工中正高級13人、副高級26人、中級30人，擁有博士學位的14人、碩士學位的38人；擁有享受國務院特殊津貼獲得者13人，農業部有突出貢獻專家3人，四川省有突出貢獻專家1人，中國農科院傑出人才10人；全所35歲以下科研人員52人。
農業部有突出貢獻的中青年專家：鄧宇等
全國農業科研傑出人才：鄧宇
中國農科院三級傑出人才：胡國全、施國中、張敏等
中國農業科學院創新團隊：畜禽糞污沼氣化處理與污染控制研究創新團隊（鄧良偉）、農村生活廢棄物分散處理團隊（施國）
設備資源
“十一五”期間，研究所購置微生物學研究、分子生物學研究、分析等儀器設備超過100台（套）。
合作交流
截至2014年9月，研究所與美國、加拿大、羅馬尼亞、德國等國家的研究機構、大學和企業建立了合作研究與技術交流關係；與聯合國開發計畫署（UNDP）、聯合國亞太經社會（ESCAP）、世界糧農組織（FAO）、德國聯邦政府下負責執行對外合作項目的機構（GIZ）、荷蘭發展組織（SNV）等國際組織或非政府組織在沼氣項目的建設、技術培訓、技術支持等有關方面進行聯繫並開展合作。
科研成就
研究成果
農科院重大科技成就“七五”以來至2014年5月，研究所共承擔並完成400項國家和部省級科研項目，其中有30餘項科技成果獲國家和省部級科技進步獎，獲得專利27項，主持、參與制定或修訂沼氣行業國家標準規範32項；完成了600餘項大中型沼氣工程設計、施工與調試，項目涉及工業有機廢水、城鎮生活污水、大型畜禽養殖場廢棄物厭氧消化處理及達標排放處理。
截至2016年11月，全所縱向在研科研項目44項，其中2016年新增課題14項，在研項目契約經費總計5288.95萬元，留所經費2743.3萬元；申報12項國家自然科學基金通過初審，獲批3項青年基金；申報3項國家重點專項，獲批課題1項；申報23項省部級科研專項，獲批10項；全所發表科研論文82篇，其中院選頂級SCI論文1篇、院選核心SCI論文21篇、其他SCI和EI論文19篇、院選中文核心3篇、其他中文核心38篇。
學術期刊
《中國沼氣》主要報導中國沼氣厭氧技術研究與新進展;推廣沼氣技術在能源、環保、和生態建設上的新技術、新成果；介紹沼氣、沼液、沼渣利用的新方法；探討沼氣建設中的新問題。辟有綜述與實驗研究、戶用沼氣池、城鎮沼氣工程、綜合利用（沼氣與環保、生態、肥料）、沼氣建設管理、其他可再生能源等欄目。
《中國沼氣》被清華大學國家光碟中心《中國學術期刊（光碟版）》、中國科技信息研究所萬方資料庫《中國核心期刊（遴選）資料庫》、重慶維普《中國科技期刊資料庫》等重要資料庫收錄；被評定為科技部中國科技論文統計源期刊和中國科技核心期刊後、中國農業核心期刊、中文核心期刊、RCCSE中國核心學術期刊。
人才培養
學科建設
據研究所2015年招生專業顯示，研究所擁有學術學位二級學科博士點1個、學術學位二級學科碩士點5個、專業學位碩士類別1個。
學術學位二級學科博士點：農業環境學
學術學位二級學科碩士點：微生物學、生物化學與分子生物學、農業生物環境與能源工程、環境科學、環境工程
專業學位碩士類別：農業資源利用
教學建設
沼氣工程截至2017年6月，研究所擁有博導1人、碩導17人，在讀碩士研究生18人。
截至2014年5月，研究所累計培養碩士研究生70多人。 上世紀80年代起至2012年10月，研究所先後與清華大學、四川大學、中國石油大學、四川農業大學等院校聯合，培養碩士研究生30餘名。
2003年以來，截至2014年9月，研究所研究生先後有31人次榮獲優秀學生幹部、社會活動積極分子、學習優秀獎、三儀助學金、三儀獎學金、農科院優秀畢業生、中國農業科學院學術之星等稱號；2010年獲得中國農業科學院優秀碩士論文，並有多名同學研究生學習階段發表的高水平學術論文收錄於SCI。
截至2014年9月，研究所設有學業獎學金、助學金及助研津貼、優秀學位論文獎金、國家獎學金等，另外設有“天根獎學金”、“三儀獎學金”、“拜耳獎學金”、“大北農勵志助學金”、“大北農勵志獎學金”、“天邦獎學金”、“金龍魚優博獎學金、“先正達研究生獎學金”等企業獎學金。
文化傳統
形象標識
標識研究所標識為中間黃色的S狀、兩側為綠色，整體構成一個圓形。
文化活動
據2017年12月研究所官網顯示，研究所先後開展了消防安全知識培訓、參觀成都農博會、各項節日座談會、主題黨日活動等文化活動。
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 所長、黨委副書記 | 王登山 |
| 黨委書記、副所長 | 蔡萍 |
| 副所長 | 胡國全 |
| 鄧宇 |
