中心內設專家組、辦公室、項目評審一處、項目評審二處、項目評審三處、項目監管處、建設管理處。中國工程諮詢協會農業專業委員會和中國勘察設計協會農業專業委員會秘書處掛靠在工程中心。
主要業務是受農業部委託,承擔農業部投資項目建設規劃、項目建議書、可行性研究報告、設計方案、初步設計的評審工作;承擔農業建設項目的監督檢查工作;承擔農業建設項目招標採購的技術指導工作;組織開展農業系統勘察設計、建設監理、工程諮詢、工程造價等單位與個人執業資格的有關管理工作;承辦農業行業工程建設標準定額編制和農業建設項目的信息統計分析工作;開展有關技術交流合作和業務培訓;承辦農業部交辦的其他事項。
中心恪守工程諮詢業“公正、客觀、科學、嚴謹”的職業準則,堅持“質量第一、信譽至上”的服務宗旨。十多年來,承擔完成了各類諮詢項目16000餘項,涉及項目總投資1000多億元,為政府部門和建設單位項目科學決策和組織實施發揮了重要的諮詢參謀作用。