介紹
| transfer-messenger RNA | |
| Identifiers | |
| Symbol | tmRNA |
| Rfam | RF00023 |
| Other data | |
| RNA type | gene |
結構
二級結構標準的單件tmRNAs
轉運-信使RNA完整的大腸桿菌tmRNA的二級結構被闡明的序列比較分析和結構的探測[5] [6]的Watson-Crick和顧鹼基對被確定通過比較細菌tmRNA的序列組合使用自動的計算方法與手動對齊程式。[7] [8]的附圖示出這個原型的tmRNA的，這是組織成12個系統發育上支持的螺旋（也稱為配對P1到P12），部分分為螺旋片段的鹼基配對模式。
tmRNA的每一個突出的特點是保守的類似tRNA的域名（TLD），12，螺旋1和2A（類似物，tRNA接受乾，T-乾變乾，分別）組成，並含有5'磷酸3'CCA alanylatable結束。 tmRNA的標準包含了一大圈假結和標籤肽的編碼序列（CDS），標誌著恢復密碼子和終止密碼子的mRNA狀區域（MLR）。編碼標記的肽（在大腸桿菌中ANDENYALAA）不同的細菌，可能根據蛋白酶和適配器提供的一組。【9】
tmRNAs通常包含四個偽結之一（PK1）的標籤肽的CDS的上游，和其他三個偽結（PK2 PK4）下游的CDS。假結地區，雖然普遍保守，進化普拉希奇。例如，PK4在藍藻的（一體）tmRNAs的，被取代的兩個串聯布置更小的偽結。這表明，tmRNA的摺疊之外的頂級域名（TLD）也很重要，但SSRA序列丟失偏離質和共生譜系之間的第一個結構是保守的殘留物和假結，假結地區缺乏。在大腸桿菌tmRNA的三假結區域的鹼基配對的反式翻譯過程中的干擾。[7] [10]
雙件tmRNAs的
循環置換SSRA據報導，在三大譜系：i）所有Alphaproteobacteria中的原始線粒體原生生物jakobid，II）兩個不相交的藍藻群體（Gloeobacter和一個支系，其中包含原綠球藻和多聚球藻），III）的一些成員taproteobacteria（貪銅菌屬和一些Rhodocyclales）。[11][12]產生相同的整體件（受體和編碼枚）的形式，相當於下游的讀碼框的缺口的標準形式。沒有保留兩個以上的偽結相比，四個（或更多）的標準tmRNA的。
tmRNA的處理
大多數tmRNAs轉錄大很像處理的tRNA前體。在5'末端的裂解是由核糖核酸酶P.[4]較多的核酸外切酶可以參與tmRNA的3'末端的處理，但RNA酶T和核糖核酸酶PH是最有效的。[14] [15]根據細菌的種類，3'-CCA可以是編碼或由醯tRNA nucleotidyltransferase的添加。 類似的處理在內部網站置換前體tmRNA的解釋其物理分裂成兩塊。的兩件式tmRNAs的有兩個額外的端部，其處理中必須加以考慮。的Alphaproteobacteria中，是未處理的轉錄起始位點5'端[16]的3'末端的遠在某些情況下，可能是ρ-獨立終止的結果。
