背景

超進化的關鍵,在於玩家身上的進化鑰石與精靈攜帶的超級之石所產生的共鳴,據說只有訓練家與精靈之間擁有足夠深的羈絆,才能引發兩塊石頭隱藏的力量。
當玩家與精靈的心意相通,兩塊石頭共鳴之時,精靈將會發生超進化。
註:在精靈寶可夢黑2白2中出現了超進化的雛形:好萊塢中某系列電影講述主角製作了時間機器來到未來,發現未來人類被精靈當成奴隸,得知是因為蟲系精靈因為超進化石而變得比人類智商還高,從而統治世界,最後主角改變了未來。
進化過程
在滿足所有超進化的條件之後,下屏底部會出現超進化的圖示且閃光,選擇超進化後,再選擇上方的技能,便可超進化和攻擊。超進化不占用回合數,如果選擇超進化的圖示後而不選擇技能,返回選單,那么超進化的選項將會自動取消,需要再次點擊。
進化條件

條件方面,在每場對戰中,主角的隊伍只能有一隻口袋妖怪發生超進化,但隊伍里可以存在多隻攜帶超進化石的口袋妖怪,在對戰未結束之前,已進行超進化的精靈無法變回原來的樣子,就算交換也一樣,且即使該精靈瀕死,其他口袋妖怪也無法進行超進化,復活後也只能恢復一般狀態,無法再次進行超進化。對戰結束後,已進行超進化的精靈將會恢復原樣。
通過超進化石進化後的口袋妖怪,在種族值、屬性、特性都可能會有所改變。
戰鬥效果
口袋妖怪的攻擊順序是根據超進化時所使出的技能的速度來判定的,和超進化後的速度並無關聯。超進化後,擁有超進化特性的口袋妖怪會自動轉換特性。
超進化不受精靈的睡眠、冰凍狀態等無法行動限制,無視扣押狀態。但對於正在使用多回合攻擊技、蓄力技、硬直技等完全跳過命令階段的場合,自然無法進行超進化。
在戰鬥中,如果一隻精靈攜帶對應的百萬之石,則精靈與道具自動綁定,無論是否進行超進化。打落、戲法等技能對綁定的百萬之石無效,並且不能將一個百萬之石交換給其對應的精靈。除此之外,對於不對應的百萬之石,可以像其它道具一樣被交換或打落。
百萬進化命令不受不器用特性影響。當精靈攜帶與其對應的超進化石時,對方無論使出什麼技能都無法將其交換或拿走,但如果攜帶的超級石並不與神奇寶貝對應,則和其它道具相同。當口袋妖怪變身為其它口袋妖怪時,也無法觸發超進化。
可超進化的PM
妙蛙花、噴火龍、水箭龜、大針蜂、比雕、胡地、呆河馬、耿鬼、袋龍、大甲、暴鯉龍、化石翼龍、超夢、電龍、大鋼蛇、巨鉗螳螂、赫拉克羅斯、黑魯加、班吉拉、蜥蜴王、火焰雞、巨沼怪、沙奈朵、勾魂眼大嘴娃、波士可多拉、恰雷姆、雷電獸、巨牙鯊、噴火駝、七夕青鳥、詛咒娃娃、阿勃梭魯、冰鬼護、暴蠑螈、巨金怪、拉帝亞斯、拉帝歐斯、裂空座、長耳兔、烈咬陸鯊、路卡利歐、暴雪王、艾路雷朵、差不多娃娃、蒂安希。
相關細節
在官方頁面和超進化環的廣告中,曼迪曾把超進化譯為百萬進化。所有可以超進化的口袋妖怪超進化之後,其新名字都是在原名之前加上メガ,然而有兩種PM(大菊花和梅卡陽瑪)的原名就帶有メガ(分別是メガニウム和メガヤンマ),因此一時成為調侃的對象。
在遊戲中,只有在本次開啟遊戲後主角第一次進行超進化時才會出現完整版的動畫,其它時候都是簡要版的動畫。超進化之後,HP的種族值不會發生改變,其他五項種族值不論增減,相加起來都比進化前多100,胡地是唯一的例外,因為在第六世代特防相比第五世代增加10的關係,使得超進化之後種族值合計只增加90。
但是在第六世代同樣增加了種族值的電龍沒有出現此現象,因此胡地的情況可能是製作疏忽。超進化之後,只有物防、特攻、特防和速度的種族值可能下降,其中超夢Y(90→70)、蒂安希(150→110)的物防下降;電龍(55→45)、赫拉克羅斯(85→75)、勾魂眼(50→20)、噴火駝(40→20)、烈咬陸鯊(102→92)、暴雪王(60→30)的速度下降;大針蜂(45→15)是唯一出現特攻下降情況的超進化精靈;蒂安希(150→110)則是唯一出現特防下降情況的超進化精靈。
擁有性別差異的PM(妙蛙花、胡地、暴鯉龍、巨鉗螳螂、赫拉克羅斯、黑魯加、火焰雞、恰雷姆、烈咬陸鯊、暴雪王)在超進化之後,性別差異會消失。
蒂安希是目前唯一可以超進化的幻之口袋妖怪。在可以透過特性開啟的四種天氣之中,只有下雨無法通過超進化啟動,因為沒有任何一隻超進化後的神奇寶貝的特性為降雨。能夠超進化的口袋妖怪囊括了全部18種屬性。在第5世代就有超進化的雛形了。