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快捷操作
本作繼承了歷代《機戰》中都有的多種快捷操作。在遊戲中同時按住LT+RT+START+BACK,即可快速回到標題畫面。而在按了這4個鍵後如果按住BACK鍵不放,則可以自動讀取戰鬥中斷存檔。這是每個人都應該掌握的技巧。此外在劇情中同時按RT+A,可以加快字幕速度;同時按RT+START,可以直接跳過劇情。
另外本作因為晚於PS2上的《第3次超級機器人大戰α》,所以繼承了可以自定義戰鬥中快捷鍵的設定。好好活用的話可以令遊戲進程大大加快。
支線章節
支線章節是本作的一大特色。本作沒有分支路線和隱藏關的設定,在過關後需要選擇下一個進行的章節,沒有打過的章節會用NEW表示。支線章節的劇情與主線有關,但可以跳過不打。只是支線章節往往關係到隱藏要素,因此不可隨便跳過。每一個支線章節都允許玩家反覆挑戰,由此可以賺取金錢或是鍛鍊技能ACE。不過本作中敵人的等級與我方的平均等級有關,所以如果想練級的話大家還是省點力氣吧。
多周目繼承
這次通關之後開始下一輪遊戲時繼承的東西可真不少,計有:機體和武器的改造、剩餘資金、捕獲機體、機師的擊墜數、技能ACE以及彼此之間的信賴度。機體和武器全改造時的獎勵在下一輪遊戲開始後可以重新選擇,非常方便。比較特殊的是主人公,主人公的擊墜數和技能王牌就算是跳系也能繼承的,但機體的改造則只能繼承同系的,與性別完全無關。
捕獲機體的繼承是相當有意思的設定,這樣一來下一周目遊戲開始時一出來阿姆羅之流就有アプサラスⅢ、ザクⅢ這樣的後期機體,用來對付一年戰爭時期的敵人簡直就是牛刀殺雞。如果你到通關前發現自己居然沒有捕獲什麼強力機體的話也不用擔心,因為第58話的支線章節“恐怖的複製軍團”中的敵人包括了大部分能夠被捕獲並運用的機體。
利用這一設定可以衍生出繼承晶片的小技巧。本作雖然不能繼承晶片,但是利用捕獲機體可以在商店中解體為晶片的設定,只要大量捕獲機體留到下一輪遊戲中,等遊戲開始後再進行解體工作,就等於是變相實現了繼承晶片的目標。