戰爭背景
質子撞擊炮根據遊戲劇情，蘇聯使用時間機器，殺死了愛因斯坦，改變了未來，使盟軍無法造出核彈。因而盟軍科學家發明了這個武器（但是其原理於核彈類似，都是採用失去質量而獲得能量造成傷害）。
特殊能力
質子撞擊炮有多米諾骨牌效應，也就是說它會連著旁邊的建築物摧毀，所以對手如果有該武器的話儘量不要建造圍牆（因為浪費）（建築越多傷害越大）。
該超級武器對空軍有效（光束落下時若在途中擊中了飛行器，該飛行器會被摧毀；光束落在地上則對空軍無攻擊力）。該超級武器可以通過圍牆傳導能量造成更大範圍的破壞。
已發現其有連鎖反應。
在紅色警戒3起義時刻中，對於質子撞擊炮轟擊的中心使用納米巢核心（納米蟲群）可以將其威力增大數倍，但如果在轟擊前就使用就會導致轟擊失敗。
另外，質子撞擊炮的攻擊範圍也會隨納米蟲群的位置而引起攻擊範圍增加，舉例說明：假如質子撞擊炮光束落下的位置離納米蟲群邊緣很近的話，其爆炸效果會類似圍牆傳導－－立刻引發數次爆炸，而且位於一條直線，不過範圍只有很短一段。
用質子撞擊炮攻擊目標時，被攻擊目標附近（3格以內）都會受到連鎖反應的傷害，收到連鎖反應傷害的目標的附近（3格以內）也會收到傷害（傷害不變）。
數據資料
造價：5000（紅警3原版的1.12版本中造價是2500）
耗時：360秒（6分鐘）
耗電：75
聚集強烈的離子光束，使被光束集中的區域少量物質泯滅產生能量引發爆炸，並產生更多高能、高速粒子撞擊周圍粒子產生連鎖反應。
傷害類型：泯滅物質的核反應
附帶產生其他連鎖反應
基礎傷害：400×5（圍牆等建築會有加成）
殺傷半徑:250
面殺傷衰減目標值：200
武器原理
質子撞擊炮首先，要從核子彈的原理說起。核子彈的原理是用中子撞擊原子，使其分裂成兩半，並放出多餘的中子和巨大的能量。而RA3中沒了老愛（愛因斯坦），當然不能有核子彈之類的中子武器。而大家都知道原子是由中子和質子組成的，於是EA就“發明”了質子武器——質子撞擊炮。它的原理其實和核子彈差不多，是用高速（接近光速）的質子撞擊原子，放出多餘的質子和巨大的能量。（傳說中的質子武器）而連鎖反應是因為放出的多餘質子撞擊其他原子造成的。可是，最讓我奇怪的是，現實中，人們知道中子撞擊原子，使其分裂成兩半，可以放出多餘的中子和巨大的能量，怎么就沒人試試用質子？而遊戲中，一群天才科學家連時光機和逾時空轉換都發明了，就是沒人試試中子...實在是佩服EA的想像力……居然想出核子彈的另一個分支。下一步是什麼？質子聚變武器？但不是說質子撞擊理論上不成立，現在各國都有質子加速器，日本就有一個質子加速器(J-PARC)，它由一個330米長的線性加速器和兩個同步加速器組成，質子速度經過3個階段提升可接近光速。用高速質子轟擊金屬的原子核，原子核會被擊碎並釋放出中子、反質子、μ介子、K介子等粒子，同時釋放能量，我國也有，但好像質子撞擊更多的是物理科學實驗，很難被用於武器。
其他說明
經過測試質子撞擊炮對有效範圍內的攻擊（光束）是以攻擊中心為心依次落在不同地點的，也就是說在有效範圍邊緣的單位傷害是非常小的，舉例說明：假設第一束光打中一個位於邊緣的一個建築，一般也就能受到這一次最大傷害，之後隨著著陸位置偏移，到第三束光可能就不會再有傷害。因此，重點受攻擊的單位或建築要儘量放在中心附近。
