劇情簡介
在汽車人基地被消滅後，汽車人成員分散全美各地。煙幕則找到了奄奄一息的擎天柱，並在他交代下從霸天虎戰艦奪回索拉斯大槌。此時，震盪波在賽伯坦偶然遇見正在蒐集殘局的霸天虎，之後返回隊伍，也同時帶來了掠獸金剛準備向汽車人大開殺戒。在偶然讓被捕的千斤頂欲擒故縱的情況下，掠獸金剛首領巨猙獰在攻擊過程中遭已經重新集結的汽車人猛烈反擊。在雷霆技師首領通天曉出現後，汽車人開始集結並反擊。擎天柱在將領袖位置交給煙幕時，煙幕認為自己資格不夠，而擎天柱同時火種熄滅。在黑山遭到汽車人攻擊時，突然被用索拉斯大槌再次復生強化的擎天柱出現幫助汽車人，而黑山也被美軍擊毀，霸天虎全數撤退。
動畫製作
變形金剛首領之證第三季全集動畫將不再由PolygonPictures公司單獨製造，而是由PolygonPictures與馬來西亞SilverAnt的合資企業SilverAntPPISdn.Bhd製造，SilverAntPPISdn.Bhd將於2013年1月樹立，變形金剛首領之證第三季全集動畫將是SilverAntPPISdn.Bhd工作室首個動畫製造工作。
序章（第1~5集）
距離霸天虎最後一次攻擊地球已經過了將近三年————
在這段時間內，汽車人一直的等待著，直到他們其中一份子：飛過山的死亡，以及在內華達州賈斯珀鎮遇上三位人類少年後，汽車人及霸天虎之間的戰爭亦再度展開。
另一方面，在這三年間一直失蹤的霸天虎領袖─威震天亦帶著黑暗能量晶體回歸，並企圖以這和已亡的賽伯坦人屍體製成的不死軍隊來消滅汽車人。
到了最後，汽車人毀滅了地球軌道內的太空橋，而威震天亦和從太空橋穿越到此地的殭屍軍隊一同消失在爆炸中，而紅蜘蛛亦自立為新的霸天虎領袖。
第一季（第6~26集）
在威震天失蹤後，自立為新霸天虎領袖的紅蜘蛛招來了幾個新的霸天虎，並引發了許多事件以摧毀汽車人和找出其總部。
同時，他亦從宇宙找出，傷痕累累的威震天的胸口內找到了黑暗超能量體的碎片，並企圖霸占剩下來的，最後一塊完整的黑暗能量晶體。
但是，這些行動都隨著曾控制大黃蜂的行動，並順利復活的威震天打破了，同時這亦令威震天開始對紅蜘蛛出現戒心。
與此同時，汽車人有了人類敵人M.E.C.H.，一群為了稱霸而捕捉變形金剛的恐怖組織，而打擊和阿爾西先後成為活體實驗品，目前正進行“合成獸計畫”。
霸天虎的女性成員黑寡婦因故迫降在地球，短暫和M.E.C.H.聯手對付阿爾西。後來原本打算蒐集墜落在地球上的所有賽伯坦武器來對付博霸天虎，但之後重回霸天虎。
及後，紅蜘蛛雖然從威震天手中取得黑暗超能量體，但是卻無法組成自己的不死軍隊，接連發生的事件-預定被威震天處死(後來威震天手下留情)、聲波的監視告密、黑寡婦的背叛與歧視讓他只好自立門戶。
與此同時，一系列古老的事件亦揭示了一個事實，那就是賽伯坦上毀滅的化身：宇宙大帝已經復活，同時企圖毀滅他所寄宿的地球。
為了阻止宇宙大帝的行動，擎天柱和威震天合作深入其核心，但面對其力量之下，最終擎天柱只好釋放收容在體內能源寶的力量再度封印其意識。
最後，失去了所有作為擎天柱時的記憶，變回奧利安的他被威震天帶走，並只留下一臉愕然的阿爾西等人———
第二季（第27~52集）
擎天柱被威震天帶走後，汽車人開始想辦法救回擎天柱並恢復他的記憶。於是救護車便開始率領汽車人對霸天虎戰艦反擊，並借用霸天虎的二號太空橋運送傑克到賽伯坦以尋找能源寶的能量槽，最後能量傳輸成功並讓擎天柱恢復記憶，也擊退了威震天。
紅蜘蛛在其間曾經侵入霸天虎戰艦奪取能量晶，失敗而且腿被打傷。復原之後，為了向威震天報仇，決定跟M.E.C.H.聯手攻擊狂博兩派。
他們首先奪取大黃蜂的變形變速箱來完成他們的試驗體，而大黃蜂獨自前往他們的基地並和紅蜘蛛展開激戰，之後試驗體被毀；大黃蜂自己的掃描機也被破壞，經救護車醫療下逐漸復原。同時，紅蜘蛛遭到塞拉斯陷害被奪走變速箱，紅蜘蛛只能狼狽逃走。
另一方面，再度來到地球的千斤頂亦加入了擎天柱小隊。反觀霸天虎一方，繼紅蜘蛛後，黑寡婦亦率領機械昆蟲脫離了霸天虎。
塞拉斯成功開發出“奇美拉計畫”第一號成品——天罰邪尊，在其壓倒性的力量面前汽車人一度陷入絕境，但最後還是成功將其擊倒，而塞拉斯亦重傷昏迷。
威震天利用黑暗能量晶修復報應號，卻讓她有了意識並用凍結炮凍住在場的博狂兩派。隨著傑克、美子、拉夫和福勒潛入後，成功把黑暗能量晶退出來，把報應號修復原樣，汽車人亦得到霸天虎電腦中有四樣鐵堡遺物在地球的情報。
到目前為止，其中一項在汽車人手上、另一項在紅蜘蛛身上，霸天虎奪到一項，至於最後一項則是危險有毒物而被隔板消毀，卻被機械昆蟲的隊長打至一度危殆，而美琪和千斤頂知道此事之後，決定去找機械昆蟲報仇。之後機械昆蟲首領硬殼被美子和千斤頂殺死。
及後，新一件鐵堡遺物——星辰劍亦被霸天虎發掘出來，並在一番擊戰後被擎天柱取得，但在威震天手中的複製品——暗黑星辰劍面前也難逃被斬斷的命運。
後來因霸天虎發現煙幕體內藏有最後一把而一度被霸天虎綁架，然而他的逃脫並拿走霸天虎所擁有的終極之鑰，但最終被突然出現，已獲得紅色能量晶體力量的紅蜘蛛全數偷走。
紅蜘蛛用終極之鑰作為重返霸天虎的籌碼，威震天審問其誠實程度時，鬼翼才得知天震被殺的全盤真相，深感被霸天虎出賣之苦不惜把索拉斯領袖的鍛造錘交給汽車人。卻在他要紅蜘蛛付出代價時，卻被多次勸阻他無效的威震天處決。
然後，了解到終極之鑰關鍵的霸天虎正前往第二道太空橋，同時汽車人亦全副武裝前往阻止。可是霸天虎卻用汽車人的人類朋友的生命威脅他們交出終極之鑰及終極之鎖，擎天柱只好妥協。
然而霸天虎郤想利用終極之鎖來把地球所有的有機生命體消滅，擎天柱決定玉石俱焚，把終極之鎖消滅。可惜霸天虎早在汽車人基地旁另起霸天虎城堡，擎天柱宣布放棄基地，所有成員各散美國各地，他自己就留守至最後一刻。最後汽車人基地被一片火海吞噬。只剩下擎天柱的手臂，生死未卜———
第三季:野獸獵人（第53~65集）最終回
在汽車人基地被消滅後，汽車人成員分散全美各地。煙幕則找到了奄奄一息的擎天柱，並在他交代下從霸天虎戰艦奪回索拉斯聖槌。
此時，震盪波在賽伯坦偶然遇見正在蒐集殘局的霸天虎，之後返回隊伍，也同時帶來了掠獸金剛準備向汽車人大開殺戒。在偶然讓被捕的千斤頂欲擒故縱的情況下，掠獸金剛首領巨猙獰在攻擊過程中遭已經重新集結的汽車人猛烈反擊。
在雷霆技師首領通天曉出現後，汽車人開始集結並反擊。擎天柱在將領袖位置交給煙幕時，煙幕認為自己資格不夠，而擎天柱同時火種熄滅。
在黑山遭到汽車人攻擊時，突然被用索拉斯聖槌再次復生強化的擎天柱出現幫助汽車人，而黑山也被美軍擊毀，霸天虎全數撤退。
黑山一役後，霸天虎開始收集數千年前被震盪波派往地球的掠獸金剛複製品殘骸，企圖利用殘骸上的CNA重新創造出大量的掠獸金剛複製品。
期間，本應是野獸的巨猙獰竟然進化成具有變形能力和智慧型的變形金剛，使得威震天反悔並藉由汽車人之手摧毀其複製品。
接著，霸天虎開始研究合成能量晶體並希望以此把地球賽伯坦化，最後設計令聲波故意被俘虜並擄坎唯一懂得製作合成能量晶體的救護車。
救護車在麥卡登的威迫利誘下不得不協助霸天虎，同時暗中慫勇巨猙獰使他和威震天反目，兩人戰鬥的最後巨猙獰被拋出報應號；而霸天虎亦在報應號上製作出另一個終極之鎖。
汽車人在救護車的通風報信下進入了報應號，期間大黃蜂在介入擎天柱和威震天的戰鬥時被擊斃，屍體連同星辰劍一同時掉入終極之鎖中卻重新格式化，恢復了聲線，並以星辰劍貫穿了威震天的胸膛，最後威震天連同暗黑星辰劍一起掉落到地球。
最後，汽車人以報應號上的終極之鎖向賽伯坦的核心注入合成能量晶體，並使其復活；同時霸天虎殘黨以及巨猙獰則各散東西；而除了救護車外的汽車人眾人則為了復興他們的故鄉而離開地球————
最終章：掠獸金剛再臨
劇情承接第三季，自威震天一死，紅蜘蛛和震盪波失蹤後，除救護車外所有汽車人，以及擊倒等一眾被補的霸天虎們都回到了賽伯坦星並開始了復興母星的工作。
但在此時，兩頭不知名的掠獸金剛：黑鋼和天貓突然出現在通天曉和煙幕面前，並向兩人展開攻擊。
另一方面，核心早已被擎天柱用能源寶封印的宇宙大帝的意識再度復甦，並企圖利用雖身亡但仍殘留意識的威震天————
究竟汽車人、霸天虎以及巨猙獰能否團結一心，解決這最後的強敵？
關鍵物品
火種源(Allspark)
跟電影版相同，變形金剛的生命之源。
跟電影不同點在於這裡的火種源為一團藍色並由一個容器盛裝著的不定型火種，而且無法將機器變成變形金剛。
只在賽伯坦人間的對話中出現，一般用法是“MytheAllspark。”。
變形變速箱(Transformationcog)
掌握變形金剛的變形機能的重要器官。
一但失去它變形金剛便無法變形或啟動武器。
跟人類器官一樣無法自己重新製作一個新的出來，但是自我收復即是可以的。
鐵堡遺物(IaconRelics)
賽伯坦內戰時期由狂博兩派科學家所研發的高科技裝備和武器(包括創世13祖的遺物)，內戰結束後全都流放到宇宙中。
一部分落到地球上，此外在霸天虎另一艘戰艦先驅號(Harbinger)的殘骸里也有。
元始天尊聖約(CovenantofPrimus)
記載了變形金剛世界，以及所有平行宇宙的歷史和未來的預言之書。
在救護車和拉夫的對話中被提及。
當中記載的“當47顆行星連成一線之時，無盡的紛爭將席捲混沌的世間。黑暗的陰影會不斷蔓延，而弱者將隨之消亡。”正是暗示宇宙大帝的復活。
能源寶(MatrixofLeadership)
元始天尊在彌留之際給予擎天柱的神器，亦是威震天最想取得的東西。
樣子有別於所有作品，像藍色且發光的水晶。
矩陣能量之鑰(魔力神球)
第25集擎天柱交給傑克保管的東西。
為賽伯坦最珍貴的物品。
其元素不明，用途為補充能源寶的能量。
黑暗能量晶體(DarkEnergon)
威震天在流浪宇宙期間找到，及後在地球出現的物質。
被稱為宇宙大帝之血。
有些類似電影版中的火種源，可以製造出邪惡的變形金剛。
能使無機物出現生命反應，以及使已亡的賽伯坦人化為不死的“殭屍”．恐懼獸(Terrorcons)。
合成能量晶體(SyntheticEnergon)
由隔板在賽伯坦資料庫(Cybertroniandatacylinder)找到的知識，並由救護車開發的黃綠色能量物質。
由於公式並不完全，用在變形金剛上雖然會令能力大幅上升，但是其性格會變得高傲自大起來。不過用在普通機械上則沒有問題。
第三季被霸天虎發現並開始研究，其中在紅蜘蛛的無理行為下得知，若和黑暗能量晶體一同注入變形金剛體內將會令其變成能量吸血鬼。
紅色能量晶體(RedEnergon)
第二季出現的新能量物質，來源並無被提及。
美軍將此物質封鎖在港口的貨櫃中。
不同於普通能量晶，依照紅蜘蛛的說法，紅色能量晶使用後可使賽伯坦人獲得超加速能力。
陸地橋‧太空橋(GroundBridge‧SpaceBridge)
前者為救護車所發明，後者為霸天虎利用相同方式製造。
注:電影中的太空橋為御天領導發明的能量柱啟動所形成，基本上功能也和陸地橋相同。
皆為雙向通道。
陸地橋只能在限制的地形(陸地橋固定的星球上)啟動；太空橋卻可以傳輸到太空任何座標。
太空橋是霸天虎製造並來到地球，最後威震天因為傳送恐懼獸(Terrorcons)時，被汽車人利用太空橋的致命弱點“能源反轉”徹底破壞掉太空橋。
若果兩個陸地橋互相併排的話，中間的空隙便會產生互一個通道，並把處於中間的位置吸進一個空間與空間之間的夾縫世界中無法離開。
星辰劍(StarSaber)
落在地球的鐵堡遺物之一，由索拉斯領袖製造。
為繼承領袖(Prime)之名和能源寶的人才能揮舞並發揮完整威力。
裡面收錄了一段由鈦師傅載入的信息。
目前由擎天柱所有，但在對移植了索拉斯領袖右臂的威震天一役中被暗黑星辰劍斬斷。
之後在鬼翼手中取得索拉斯領袖的鍛造錘後而修復完成，而且威力已提升到暗黑星辰劍同等。
台版命名為"擎天神劍"
終極之鑰(OmegaKeys)
鈦師傅收錄在星辰劍的信息中提及的物件，共四把，而其中一把被藏在煙幕體內。
內藏令賽伯坦起死回生的關鍵，同時四把拼在一起將會浮現一幅賽伯坦星的全息圖像，而上面則標示了拯救賽伯坦星的關鍵：終極之鎖的所在。
終極之鎖(OmegaLock)
令賽伯坦起死回生的裝置，並連線萬物之源的火種源，可以隨發動者的想法來一瞬間創造出巨大的建築物。
第二季最後被破壞，但是在第三季最後霸天虎在報應號上製作出另一個終極之鎖出來。
登場角色
汽車人
擎天柱（奧利安·派克斯）
OptimusPrime（OrionPax）
日語配音：森川智之
粵語配音：招世亮
台灣配音：吳文民
汽車人領袖，變形為和電影版類似的箱式拖車，
在第3季變形為全地形突擊戰車。
個性沉著冷靜，是個值得信賴的領袖。原名為奧利安·派克斯，是圖書館的資料管理員，後被震天威(以前的威震天)的理想吸引而成為好友，但最後因理念不合而決裂。最高議會(HighCouncil)選其為新領袖，並獲得了領導模組，成為最後的使徒——擎天柱，十分渴望做數據員時代的平靜生活。第一季最後在阻止宇宙大帝的行動時釋放領導模組的力量，再度封印其意識，但卻失去了所有作為擎天柱時的記憶，並被威震天帶走。在第2季時，由傑克透過領導模組鑰匙能量傳輸成功並恢復記憶。在第三季通過領導模組的力量和卓天越之錘升級，並獲得了飛行能力，實力能與沖雲霄抗衡（但仍略處下風）。平時會露出口部，在戰鬥時才會閉上面罩。在第一、二集中武器是由雙手變形成的雷射槍和大型戰刀。
在第三集則換成了一把火神加特林機槍和由手部變形的雷射炮（一擊可以打穿一隻機器昆蟲）。載具形態下可以發射飛彈。劇場版他為了讓塞伯坦星球重新恢復創造新生命的能力並打敗宇宙大帝，用領導模組融合了火種源。最後飛進了能源井，回歸到了火種源之中。
救護車（Ratchet）
日語配音：飛田展男
粵語配音：蕭徽勇
台灣配音：林谷珍
汽車人的醫療官兼副指揮，負責打理基地。
和擎天柱是多年的好友。
機械形態（Vehiclemode）為救護車。隔板對他的暱稱為“老救”（Ratch）。個性嚴謹，偶爾脫線，遇到有興趣的事會一直地研究起來，然而一發脾氣則非常恐怖。武器是由雙拳伸出的手術刀。因為負責戍守基地的一切，所以並沒有大戰時期的遠距離武裝。第64集為修復塞博特恩幫助威震天完成合成能量，用合成能量體作為塞博特恩網狀物的能量以修復母星。第65集選擇留在地球。劇場版中回歸。
阿爾茜（Arcee）
日語配音：伊藤靜
台灣配音：馮嘉德
粵語配音：謝潔貞
汽車人中唯一的女性，
身型瘦小，但卻很威悍的女性變形金剛。對隊友和藹，對敵人嫉仇是她的特徵。英語版中，隔板對她的暱稱為“小茜”（cee）。變形為藍色高速摩托。個性冷峻，喜歡獨來獨往。然而因為擋板的死，和毒蜘蛛有宿怨，她也是首位遭到機械黨攻擊綁架的汽車人，人類搭擋為傑克，武器是由雙拳變形成的雷射槍和腕刀。[3]
大黃蜂（Bumblebee）
和電影版中相同，
在內戰中發聲器被威震天破壞，所以只能通過電子音來“說話”。暱稱為“小蜂”（bee）。變形成黃黑相間的肌肉車。個性意外的多感情。人類搭擋為拉夫，平時亦會載著他上學。
汽車人第二位受到機械黨的攻擊的變形金剛，其變形齒輪曾被盜取。在第三季為了躲避霸天虎的追擊而更改自己的顏色。第65集因塞博特恩網狀物（Cyber-matter）修復發聲器，並用星辰劍殺死威震天。最後回到塞博特恩。武器是由雙拳伸出的雷射槍。
隔板（Bulkhead）
日語配音：長嶝高士
粵語配音：陳永信
前雷霆救援隊（Wrecker）成員，
阿爾茜、神子對他的暱稱為“小隔”(Bulk)。機械形態為ATV皮卡。個性粗獷，而且對不喜歡的人類會直接作出恐嚇。人類搭擋為神子。在第36集潛入了報應號，並引爆其動力爐。在第41集的毒能銷毀戰中，被炸彈重創而無法再回復以前的狀態。最初對新加入的煙幕有敵對意識，但在對塞拉斯一戰時終於冰釋前嫌。武器是由雙拳伸出的雷射炮和球形鐵錘。
飛過山（Cliffjumper）
日語配音：杉山紀彰
粵語配音：張錦江
台灣配音：李景唐
阿爾茜的搭檔，
阿爾茜對他的暱稱為“小飛”(Cliff)。在第1集被霸天虎的載具金剛部隊重創帶回報應號後被紅蜘蛛殺死。威震天用黑暗能量晶體將他變成殭屍，但因失控而被威震天腰斬。最後在爆炸中消失，而他的死深刻影響了阿爾茜。變形為道奇挑戰者。個性衝動，討厭別人弄斷他頭頂的角。第43集再次出現在阿爾西的回憶中，與阿爾西一起逃離霸天虎魔掌並告訴阿爾西擋板的事時，成為她的搭檔。武器是由雙拳伸出的雷射槍。
千斤頂（Wheeljack）
日語配音：泰勇気
粵語配音：何承駿
前雷霆救援隊成員，
隔板的好友。隔板對他的暱稱為“老千”（Jackie），人送外號“爆炸千”。第32集中追蹤駭翼來到地球，雖然同時表明自己並不喜歡擎天柱這類當官的人士（第59集向阿爾茜透露，這是因為他認為當官的人士會改變雷霆救援隊隊員的行事風格和性格），但還是留了下來。變形為福特GT90。個性冷靜並略帶幽默。武器是背後的兩把武士刀以及雙拳的雷射槍。其招牌面罩在戰鬥時才會閉上。初次豋場時，被千面客“調包”，所幸最後解除危機。暫時擊退駭翼後，在眾人的勸說下留在地球。在第40集中戰鬥上完全可以跟聲波匹敵，但在他要殺死聲波時遭到其魔音攻擊下差點被殺害。在第42集為替隔板報復連同神子一起向硬殼攻擊但不敵，但在千鈞一髮之際在飛船上的神子所發出的飛彈救回。和通天曉關係不好，在和通天曉一起與沖雲霄激戰後，對其的態度有很大的改觀。最後與其他汽車人一起回到塞博特恩。
擋板（Tailgate）
日語配音：石上裕一
台灣配音：李景唐
阿爾茜過去的搭擋，在阿爾茜的回憶中出現。被毒蜘蛛當著阿爾茜的面殺死。
煙幕（Smokescreen）
日語配音：興津和幸
第44集出場的新角色，精英衛隊（EliteGuard）成員。
個性膽大心細，和千斤頂一樣略帶幽默性格，活力十分充沛，但與千斤頂不同的是，他是對擎天柱帶著景仰的心態。因劫持霸天虎戰艦墜落到地球，在汽車人被攻擊時他用能量晶炸死武裝獸和昆蟲聯隊，因此和汽車人相遇。傑克曾問他要不要變形成水泥攪拌車，他就一語預言了挖地虎的出場。利用大黃蜂奪得的移相器將紅蜘蛛剝離精銳護甲，但紅蜘蛛仍取得紅色能量晶。武器同為雙手伸出的雷射槍。變形為印帝500，在第3季換了塗裝。
通天曉（UltraMagnus）
日語配音：暫無
第54集出場的角色，
擎天柱的親傳弟子兼其首席副官，大戰時期被擎天柱任命為雷霆救援隊隊長。對人對己都極為嚴格地遵守紀律，極端教條主義（阿爾茜親口所言），因此眾汽車人往往對其又敬又怕（千斤頂與其關係曾很惡劣）。在大戰時期眾部下對他的命令都唯命是從，但來到地球後，發現自己的領導方式已經不再合適，因此欣然接受了擎天柱的建議，並與眾人的關係得到進一步改善。在劇場版參加重建塞博特恩。戰鬥力在汽車人中僅次於擎天柱，與震盪波決鬥時處於上風，更是可以憑藉自己超常的綜合戰鬥力與機械龍形態下的天貓抗衡（很諷刺的是他在戰鬥中因顧及煙幕分了心而被天貓重創，然後一直在病床上躺到了結局）。武器是雷射槍與榴彈炮。
霸天虎
威震天（Megatron）
日語配音：藤原啟治
粵語配音：葉振聲
台灣配音：林谷珍
霸天虎的領袖，
變形為塞博特恩戰機。武器是右手的融合炮和由其伸出的軍刀，其載具型態武器為雷射炮。個性與G1時代一樣，但因受黑暗能量影響而很不穩定。原名為與元祖十三使徒其中一人一樣為震天威（Megatronus）的角鬥士，“威震天”這名字是從政時改的。後因野心太大而被最高議會否定，同時與奧利安決裂。之後為了毀滅反對者而組織霸天虎，使塞博特恩陷入戰爭中。在過去一直在宇宙中流浪，之後找到黑暗能量回歸地球。之後吸收了黑暗能量，並獲得其力量。第一季最後和汽車人合作，阻止宇宙大帝的行動，但在其面前還是因受黑暗能量影響被控制。第2季隨著宇宙大帝被封印意識，再度變回正常。及後為對付取得星辰劍的擎天柱而移植了卓天越領袖的右臂，
並成功用這隻手控制了卓天越之錘，
用黑暗能量打造出一把黑暗星辰劍，砍斷了擎天柱的星辰劍。後由於駭翼把卓天越之錘還給汽車人，使擎天柱的星辰劍得以修復。在第52集中，兩人再次決戰，擎天柱用修好的星辰劍砍斷了威震天的這隻移植的右手，後面又裝回原來的右手。第65集中被復活的大黃蜂用星辰劍殺死。在之後的劇場版中被宇宙大帝復活和附身，
在宇宙大帝被打敗後終於認識到自己的錯誤，離開解散霸天虎團隊，流浪遠行。
紅蜘蛛（Starscream）
日語配音：鶴岡聡
粵語配音：雷霆
台灣配音：梁興昌
霸天虎的副指揮，
後被汽車人、霸天虎放逐，只好自立門戶。性情十分兇殘、善變，也十分欺善怕惡。擊倒戲稱其為“小紅”（screamy）。變形為F-16“戰隼”戰鬥機。與G1時代一樣滿懷野心，同時對自己實力非常自信。也和塞拉斯聯手攻擊狂博兩派。武器是由雙臂上的飛彈以及雙手的雷射槍。但雷射槍甚少使用，擊倒曾對他說:“你的裝備好像過時了”。在第31集中被塞拉斯暗算，搶走了變形齒輪。第39集在擎天柱和駭翼的戰鬥中奪得鐵堡遺物之一的鎧甲，不過在紅色能量晶體爭奪戰中，被煙幕以相位器揪出來。在第49集中，他因為從煙幕手上偷到終極之鑰，明白汽車人和霸天虎之的新角逐，並利用紅色能量晶體從汽車人的基地里拿到剩下的終極之鑰作為重回霸天虎的籌碼。在第50集中被威震天重新接納，威震天甚至為了他親手殺死想為天震報仇而追殺紅蜘蛛的駭翼。在第51集中被修復變形能力，並和擊倒一起發現終極之鑰和終極之鎖的秘密。在第三季被威震天命令去看管巨猙獰。第65集中因威震天被殺，與震盪波逃離。在劇場版，最後還是登上了領袖的寶座，被來到他地盤的巨猙獰群毆......
聲波（Soundwave）
“聲波優越，汽車人低劣。”（1986大電影台詞，第62集首次說話）
“當心這種悶騷型的。”（第26集中，聲波放倒毒蜘蛛後，擊倒評論）
最先加入霸天虎，
亦是第三把交椅，負責入侵對方網路和偵查。變形為MQ-9捕食者偵察機。第一季至大結局本身無法說話（僅在第62集中說過一句），只會發出預先錄取的聲音。個性完全不明，本身沒有武器，但是能依靠身上伸出的觸手進行攻擊。在格鬥戰上亦相當超群，能輕鬆擋下毒蜘蛛的攻擊（詳見第26集）。可以自己開啟陸地橋。第65集中被拉夫送入暗影空間，再也不能回來。
雷射鳥（Laserbeak）
由聲波胸部的部件變成的四翼機械鳥。
負責偵查和捕捉人類目標。在第40集和千斤頂的戰鬥中完全勢均力敵，最後要用音炮殺死千斤頂時，被雷射鳥的訊號吸引而沒能殺死千斤頂。
擊倒（KnockOut）
日語配音：増谷康紀
粵語配音：潘文柏
台灣配音：林谷珍
霸天虎的醫療官。
變形為阿斯頓·馬丁DBSV12。個性我行我素、自大自戀；口甜舌滑，初期曾參與非法賽車。在任務中常利用打擊和其他老實體壯的夥伴幫他搶功。與打擊的關係很好，所以看到用上其遺體的塞拉斯也少有的露出憤怒的表情。武器是由雙手伸出的電鋸和矛。第65集中因威震天被殺投靠擎天柱（他當時表明自己“本來就是牆頭草”），被神子擊暈。劇場版中正式加入汽車人。
打擊（Breakdown）
日語配音：伊丸岡篤
粵語配音：朱子聰
台灣配音：李景唐
霸天虎醫官的助手，
在對抗MECH（機械黨）時失去右眼後，帶上眼罩以記取該次失敗的教訓。機械形態為騎士掠奪者XV。個性憨厚老實，沒有架子，可惜特點意外地多災多難。武器是由雙拳伸出的鐳射槍和鐵錘、左肩的鐳射炮和飛彈發射器。似乎對毒蜘蛛有好感，卻在第2季諷刺地死於毒蜘蛛利爪之下，遺體還被五馬分屍，屍體後落入機械黨手中，並被用來復活塞拉斯。後來變成殭屍吸血鬼，被毒蜘蛛恢復理智後死去。
毒蜘蛛（黑寡婦）（Airachnid）
日語配音：柚木涼香
粵語配音：曾秀清
台灣配音：李明幸
阿爾茜的仇人。
曾脫離霸天虎的霸天虎成員，重返霸天虎後卻迅速取代紅蜘蛛的位置，也曾跟塞拉斯聯手威脅達比母子。機械形態為BAH-66“卡曼奇”直升機。天性兇殘，喜歡狩獵自己身處的星球的生物。第一季最後企圖奪權，卻被聲波阻止；在第二季再次脫離霸天虎，成了博、狂兩派的眾矢之的。武器是平時用來行動的背部的三對蜘蛛腳、噴出蜘蛛絲(常用於限制敵人行動)、腐蝕性毒液、腐蝕性雷射。在與阿爾茜的一次決鬥中，因不慎踩中機器昆蟲的冷凍艙開關而被冷藏，失去活動能力，並被帶回汽車人基地。在第52集報應號摧毀汽車人基地後，霸天虎給關到儲藏室中，後被聲波傳送到離塞博特恩不遠處的一顆隕石上。後變成吸血鬼吸食跟隨過來的機器昆蟲的能量。
天震（Skyquake）
日語配音：岩崎征実
粵語配音：何承駿
第一季初期被紅蜘蛛激活的霸天虎成員，
威震天的徒弟，初始時無機械形態，後獲得機械形態F-35閃電II戰鬥機，後被擎天柱與大黃蜂消滅。接著被紅蜘蛛以黑暗能量變成殭屍。變形形態為F-35閃電II戰鬥機。對威震天非常忠心，但缺乏腦筋。武器是一台加特林機槍，載具型態則有機關炮、飛彈。
千面客（Makeshift）
粵語配音：翟耀輝
唯一可以變形成博狂類的變形金剛。
假扮千斤頂混入汽車人，以找出汽車人總部的位置。最後被千斤頂和汽車人看穿，被隔板啟動腰部一顆手雷而做成炸彈以破壞報應號的一部份。
駭翼（Dreadwing）
日語配音：岩崎征実
第2季出場的角色，天震的兄弟。性格對比起天震較為冷靜和沉著。外表除顏色外都與天震相同。機械形態同樣為F-35閃電II戰鬥機，第三位掃描福勒載具的變形金剛。武器是一台加特林機槍和一把戰刀，機械形態則有機關炮、飛彈，但實際他慣用的武器是計時炸彈。第二季跟隨千斤頂一起降落地球並發生戰鬥，並開始為天震向汽車人展開報仇而行動。和聲波一樣對毒蜘蛛無任何好感。
雖然站在霸天虎一方，但卻是個挺重義氣、正直又講究軍紀的傢伙。在第50集從威震天讀取紅蜘蛛的記憶的過程中知道自己的兄弟是被紅蜘蛛間接害死的，又對威震天重新接納紅蜘蛛感到不滿，把卓天越之錘偷出來還給汽車人，並決定殺死恢復了變形能力的紅蜘蛛，結果自己被威震天殺死。
機器昆蟲（Insecticon）
日語配音：加藤賢崇
霸天虎的原型機械昆蟲獸，
震盪波的屬下之一。雖然經受不住強大炮火的攻擊，但卻有著強大的戰鬥力（因此在第33集，威震天才會在無法開炮的情況下與其進行了長時間的肉搏戰）。第一隻在第29集塞博特恩出場，襲擊了正要補充矩陣能量之鑰能源的阿爾茜和傑克，並擊倒了阿爾茜。最後要將傑克殺死時，被傑克引誘吸屑蟲將其粉身碎骨。次只在毒蜘蛛命令下攻擊紅蜘蛛和威震天，威震天在和它戰鬥中將其斬首。第2季第10集，成千上萬的機器昆蟲受毒蜘蛛的控制去襲擊霸天虎戰艦，但在脫離毒蜘蛛控制後紛紛歸順威震天。在第三季第8集再次脫離威震天，跟隨被復活的毒蜘蛛一起被傳送到賽博特恩。變形形態為大力士甲蟲。
硬殼（Hardshell）
日語配音：岩田光央
機器昆蟲之一，
是唯一已知的有名字的機器昆蟲。是來到地球上的一批機器昆蟲中最強大的。在第41集將隔板打成重傷，但在42集就被神子用千斤頂的飛船上的炮彈擊斃。
震盪波（Shockwave）
日語配音：三宅健太
霸天虎的得力幹將，首次出場於第43集阿爾茜的回憶中。其特點都與G1出奇的相似。“logical”（邏輯）是他的口頭禪。駭人的氣勢與力量讓剛見到他的飛過山都不禁嘆道：“我們可能比我預想的還要慘。”身體除眼睛外的部位被飛過山與阿爾茜打中數槍都毫髮無傷。在第43集阿爾茜與飛過山試圖通過太空橋逃跑時，也潛入太空橋追擊飛過山與阿爾茜，但被阿爾茜打中眼睛後開始敗下陣來。
第3季預告中，他帶著超級野獸機器戰士——沖雲霄（龍形）回歸霸天虎。大結局看到威震天被殺，覺得大勢已去，與紅蜘蛛逃離。在劇場版中被一群殭屍巨猙獰圍毆，可他竟只是損了眼睛，掉了漆還活著回來了。
機械兵（Vehicon/Eradicon）
霸天虎旗下的士兵。機械形態分跑車和戰鬥機兩種。武器是由雙拳伸出的鐳射槍。
霸天虎僕從（DecepticonMiner）
霸天虎旗下的發掘兵。載具型態不明。負責發掘能量晶體。
報應號（Nemesis）
根據前傳塞博特恩的隕落的劇情，
其應該是被威震天改造了的鐵甲龍。在64集透露出，霸天虎在其上面重建了終極之鎖，最後被汽車人用其注入原始天尊的心臟（火種源之井），復甦塞博特恩。
巨猙獰
沖雲霄（Predaking）
日語配音：暫無
第54集末出場，
變形為一條巨龍。在第61集展示出變形能力，
機器人形態下有著王者一般的容貌。本身有著非常強的力量，除了升級的擎天柱，沒有誰能以自身的力量與之匹敵（擎天柱仍略處下風）。雖然變成機器人形態時力量與防禦相對減弱（速度卻提升），但仍可輕鬆放倒威震天。起初為了報恩和復興種族而為霸天虎效力，但在第64集得知害怕失去權利的威震天借刀殺人後，與霸天虎決裂，並憤怒地殺死了霸天虎戰艦上的部分雜兵，
進而向威震天復仇，但被威震天用計轟出了戰艦。第65集末時前往塞博特恩某處，
似乎察覺了什麼。在劇場版中和其餘巨猙獰同汽車人聯手，一起對付宇宙大帝和他的殭屍巨猙獰。
元祖十三金剛
最初由原始天尊創造出的十三位領袖，
利用原始天尊創造的神器協助原始天尊打敗宇宙大帝。
震天威（Megatronous）
墮落金剛的本名。從威震天最初給自身冠以其名來看，他應是威震天的導師。（第一季第26集開始時，醫生介紹擎天柱和威震天的歷史時候說：擎天柱原名奧利安·派克斯，最初曾追隨震天威，後者幾乎成為其導師。而當震天威進入政壇後，他認為威震天這名字更適合他）
卓天越（SolusPrime）
元祖十三金剛中唯一的女性，是一名武器匠。其武器卓天越之錘可鑄造出各種強大的武器裝備，同時也擁有強大的力量，但此武器的威力只有使徒才能發揮出來。（卓天越之錘在第31集中被威震天拿走，在第51集中被駭翼還給汽車人，在第61集的打鬥中被沖雲霄掰斷。）
其他角色
原始天尊（Primus）
變形金剛之神，正義與創造的化身。宇宙形成之初與宇宙大帝進行了數億年的決鬥，直到創造了十三金剛才擊敗宇宙大帝。在擊敗宇宙大帝後與塞博特恩的核心融為一體，並用自身力量創造新生命。可後來隨著霸天虎與汽車人的戰爭而消逝（詳見遊戲塞博特恩之戰-汽車人戰役），最後在65集被汽車人用合成能量晶體的能源復甦。
宇宙大帝（Unicron）
日語配音：中村秀利
邪神、邪惡與毀滅的化身。
宇宙形成之初與原始天尊怎進行了數億年的鬥爭。與原始天尊一樣具有創造力，但創造出來的是雖然數量很多但卻無意識的殭屍，因此被原始天尊與十三金剛擊敗。自被擊敗後變成星球形態沉睡，後由於天體運動形成了地球（他就是地核）。在第一季最後3集，他在力量還非常虛弱的情況下企圖甦醒，但被擎天柱用領導模組封印，繼續沉睡。在劇場版中透露出其能量形態沒有被封印。利用威震天的軀體復活，最後被關在儲存火種源的容器里。
吸屑蟲（Scraplet）
塞博特恩有史以來最危險的害蟲。
吸屑蟲會肢解機器，再吃掉所有金屬部分——尤其是活的金屬。它們活吃機器人的情景：從裡到外將目標拆開，從小而多汁的部分開始，每根導線、每根電路吃個精光。
人類角色
傑克（Jack）
賈斯珀的一位少年，全名傑克達比，16歲。在KO汽車餐廳工作，搭檔是阿爾西，與流氓少年文斯有仇。在第二季第三集作為第一個來到賽博特恩的人類。幫過汽車人和阿爾西不少忙。
玩具系列
本系列的產品由Hasbro的製作群負責設計造型，由TakaraTomy負責玩具設計。因為TakaraTomy要設計次年的《變形金剛3：月黑之時》玩具系列，使得《變形金剛Prime》系列玩具沒法和動畫同時推出，動畫首播後美國版玩具足足遲了1年(2011年10月)才販售。
至於日本版於2011年12月開始販售,日本版部份角色的塗裝對比美版有一定的差異，但不太明顯。
主題曲
美版
Transformers：Prime
作曲：BrianTyler
日版
片頭曲[編輯]
1.FEELING(第1集-第13集)
歌：BIGBANG、作詞：G=DRAGON、T.O.P.SUNNYBOY、作曲：BOYSNOIZE、G-DRAGON、BOYSNOIZE
變形金剛日版系列作第一首非日本人主唱的主題曲，加上輕快的曲調與本作的黑暗、嚴肅風格不合，受到本土以及部份海外支持者的不滿。
2.TRANSFORMERZ(第14集-第26集)
歌：m-flo、作詞、作曲：m-flo&Minami、編曲：☆TakuTakahashi&MitsunoriIkeda
3.TRANSFORMERZ(version2.0)(第27集-)
歌：m-flo、作詞、作曲：m-flo、編曲：☆TakuTakahashi&MitsunoriIkeda
片尾曲
1.IBelieveinAll(第1集-第13集)
歌：CLUTCHO、作詞、作曲：YUTO、編曲：CLUTCHO
2.ALittleBit(第14集-第26集)
歌：CLUTCHO、作詞、作曲：YUTO、編曲：CLUTCHO
3.ディスコート(第27集-)
歌：東京女子流、作詞：鈴木靜那、作曲：大西克巳、編曲：松井寛
與前傳差異
雖然說電玩版《賽伯坦大戰》以及《賽伯坦的殞落》都是Prime系列的前傳故事，但是角色的造型和本作出入甚大，尤其以阿爾西、紅蜘蛛、大黃蜂等的外觀、載具模式和本作動畫版和漫畫相比差異甚多。而且前傳故事在動畫版被提及時也有許多出入。有人說雖然有這些差異，但故事模式方面則都是相同的，不用去理會差異有多重要。
系列作品
孩之寶於2011年末製作的【變形金剛:救難特警隊】(Transformers:TheRescue-bots)其實它的故事時間線和本作相同。但主要在敘述救難金剛和一個人類家族到處幫忙並給予其他人類幫助，並不插手擎天柱和其他汽車人對抗霸天虎的任務。而此作由於收視觀眾以幼童為主，所以並沒有提到任何有關霸天虎、賽伯坦毀滅的事情。但擎天柱和大黃蜂有在其中登場過。
另外，日本則直接以原創作品【參乘合體變形金剛Go！】(參乘合體トランスフォーマーGo!)來取代野獸獵人的劇情。
