戰爭爆發
這場戰爭歷時三年,起始於22BBY(BBY是Before the Battle of Yavin的縮寫,時間單位,比如雅汶戰役前32年記作32 BBY)的吉奧諾西斯戰役。銀河共和國末期,由於政府腐敗無能,眾多星系開始有組織地脫離共和國,成立獨立星系邦聯。面對越來越緊張的形勢,共和國動用了一支龐大的複製人軍隊,在吉奧諾西斯星球先發制人地對分離主義軍隊實施軍事打擊。這次戰役共和國獲勝。
混亂的三年
吉奧諾西斯戰役之後的三年內,戰火燃遍銀河系的各個角落。絕地武士紛紛被授予將軍之職,領導共和國軍隊在各地的軍事行動。最高議長帕爾帕庭被授予更大的權力,並成為共和國大軍的最高統帥。
尾聲
這場星際戰爭結束於19BBY。這一年中,分離主義軍隊先後失去了政治領袖杜庫伯爵,和軍事領袖格里弗斯將軍,雖然各地的駐軍發動了一些大規模進攻,但是這些攻勢大多在複製人軍隊的反擊下漸漸瓦解。
戰爭接近尾聲時,銀河共和國最高議長帕爾帕廷發布密令,讓複製人部隊剿滅分散在各地的絕地武士將領。在這次大清洗之後,帕爾帕廷宣布將共和國重組為銀河系第一帝國(銀河帝國),並命令徒弟達斯·維德前往分離主義勢力的據點,殺死了所有分離主義勢力的首腦人物,關閉了分離主義軍隊駐紮在各地的軍隊。由於共和國在這次戰爭中使用了大量複製人士兵,且贏得了最終勝利,故這次大規模星際戰爭被稱為“複製人戰爭”。