成立初期
1950年，當聯合國通過將衣索比亞與厄利垂亞聯合的決議時，衣索比亞獲得了海岸線和紅海港口（蘇紅航道）。 1955年，衣索比亞皇家海軍成立，其主要基地設立在馬薩瓦，總部則設立在亞的斯亞貝巴 。
衣索比亞海軍軍旗1956年開始，在阿斯馬拉成立了海軍學院，每一個衣索比亞海軍軍官必須進行為期52個月的學習。 每班平均有30-40名學生， 1957年，也在馬薩瓦成立了海軍非執勤官員學校。 1950年代末至60年代初，馬薩瓦成立了一個訓練特種突擊隊的潛水學校和一個海軍徵兵訓練的評級培訓機構 。
塞拉西皇帝身著海軍服裝與此同時，一些的衣索比亞帝國海軍官員在義大利利沃諾的海軍學院接受了教育，而另外一些則在馬里蘭州安納波利斯的美國海軍學院進修 。
共產主義時代
塞拉西的帝制在1974年被廢除，在1974年至1991年的門格斯圖（Mengistu Haile Mariam）統治時期，選定的海軍軍官繼續在蘇聯的列寧格勒蘇黎世海軍學院和巴庫學習。蘇聯在1978年被驅逐出索馬里之後，在阿薩布和達拉拉克群島建立了海軍基地，並開始將蘇聯的海軍航空飛機作為阿斯馬拉國際機場的基地;此外，蘇聯海軍人員擔任衣索比亞海軍學院的教練職務。畢業後的軍官繼續在馬薩瓦進行訓練，並進行了為期七年的徵兵工作 。
轉向蘇聯意味著海軍成為主要是蘇聯裝備的部隊。美國1977年停止向衣索比亞出售武器，蘇聯修造的巡邏艇和飛彈艇開始取代其他船隻。到1991年，衣索比亞海軍有兩艘護衛艦，八艘飛彈艇，六艘魚雷艇，六艘巡邏艇，兩艘兩棲艇，以及兩艘蘇聯製造的的支援和訓練艦艇 。
門格斯圖奪取權力後，海軍的六架UH-1型直升機被轉移到衣索比亞空軍。據悉，皇家海後期收購了兩架蘇聯製造的Mi-8（北約代號“Hip”）或 Mi-14（北約代號“Haze”）直升機。海軍還有一支配備兩台P-15 Termit（USDOD“SSC-3”，北約代號“冥河”）沿海防禦反艦巡航飛彈發車的海防旅 。
衣索比亞訓練艦“衣索比亞”號（ 原美國海軍USS Orca ）1991年5月下旬，EPLF攻克了阿斯馬拉，並包圍了阿薩布，地面部隊的火力在阿薩布港口擊沉了七艘衣索比亞海軍的艦艇 。
由於厄利垂亞人民解放陣線（EPLF）的叛亂，還能動的衣索比亞海軍的14艘艦艇不得不緊急撤離阿薩布，10艘艦艇撤往葉門，4艘撤往沙特。之後，厄特人解陣攻克了阿薩布。繳獲了衣索比亞留下來的多艘小艇 。
海軍的結束
1993年，撤往葉門的那些船隻被搬到了吉布地，有一段時間，大家都認為衣索比亞海軍可以在厄利垂亞的阿薩布或吉布地生存下去，而衣索比亞也提出要求租賃厄利垂亞阿薩布的碼頭空間，從而運營衣索比亞尚存的海軍。但是厄利垂亞拒絕了這一要求。還提出了厄利垂亞和衣索比亞平分這些船隻，不久後厄利垂亞又表示希望組建一個完全獨立的厄利垂亞海軍 。
在衣索比亞海軍總部遺址前的紀念碑到1996年，吉布地厭倦了在其港口駐紮一支外國海軍的行為。衣索比亞海軍在繳納港口租金後落下帷幕，吉布地在1996年9月16日把所有剩餘的船隻全部扣押，並將其付運拍賣。厄利垂亞對其中的16艘感興趣，但最終僅限於購買其中的四艘（一艘Osa-II級飛彈艇和三艘巡邏艇），以避免加劇與葉門的國際危機。其餘的船隻被報廢 。
1996年晚些時候，衣索比亞海軍在亞的斯亞貝巴的總部宣布解散，衣索比亞海軍不復存在。 它唯一的遺蹟是巡邏艇GB-21——被搬到到內陸的塔納湖負責運載衣索比亞的陸軍人員 。
