被告的確認
必須明確，行政訴訟的被告不是行政機關的工作人員，而是行政機關本身。在行政訴訟中，行政主體始終作為被告，這是行政訴訟的一大特點。根據行政訴訟法和最高院有關司法解釋的規定，行政主體作被告的情況主要有以下幾種：
1、作出具體行政行為的行政機關作被告。
作出具體行政行為的行政主體作被告主要有以下幾類：（1）“公民、法人或者其他組織向人民法院提起訴訟的，作出具體行政行為的行政機關是被告”； “兩個以上行政機關作出同一具體行政行為的，共同作出具體行政行為的行政機關是共同被告”；（2）“經複議的案件，複議機關決定維持原具體行政行為的，作出原具體行政行為的行政機關和複議機關是共同被告；複議機關改變原行政行為的，複議機關是被告”；“複議機關在法定期間內不作複議決定，當事人對原具體行政行為不服向人民法院起訴的，應當以作出原具體行政行為的行政機關為被告”。值得注意的是，公民、法人或其他組織對行政機關與非行政機關共同署名作出的處理決定不服，向人民法院提起訴訟的，應當以作出決定的行政機關為被告，非行政機關不能作被告。
2、改變原具體行政行為的複議機關作被告。
公民、法人或其他組織在起訴前，先按有關法律、法規的規定進行複議或選擇了先行複議，而複議機關改變原具體行政行為的，即視為複議機關作出了新的具體行政行為，所以，原告提起行政訴訟時，就必須以該複議機關為被告。
什麼情形屬於複議機關“改變”了原具體行政行為呢？一般說來，（1）複議機關改變了原具體行政行為所認定的事實；（2）複議機關改變了原具體行政行為所適用的法律、法規或者規定；（3）複議機關改變了原具體行政行為的處理結果，即撤銷、部分撤銷或變更原具體行政行為。在這三類情況下，即視為複議機關改變了原具體行政行為，而作出了一個新的處理決定。
此外，複議機關如在法定期間內不作複議決定的，當事人是對複議機關這種不作為的行為不服提起訴訟的，應當以複議機關為被告。
3、由法律、法規授權的組織所作的具體行為，該組織是被告。
有的組織原來不具有行政管理職權，但法律、法規授予了它在某一行政事務方面的管理權，公民、法人或其他組織如認為該組織所作的具體行政行為侵犯了其合法權益、應以該組織為被告提起訴訟。例如，《食品衛生法》規定：縣級以上衛生防疫站和食品衛生監督檢查所為食品衛生監督機構，有權對違反食品衛生法情節嚴重的個人或組織，給予行政處罰。該衛生防疫站和食品衛生監督檢驗所就是由法律、法規授權的這類組織。
4、委託某一組織作出具體行政行為的，委託的行政機關是被告。
行政訴訟法25條規定：“由行政機關委託的組織所作的具體行為，委託的行政機關是被告”。例如：鄉政府委託某村民委員會行使某項行政職權，該村委會按照委託的許可權作出某一具體行政行為，行政相對人對此不服的，必須以該鄉政府為被告提起訴訟。這就是行政法上的“權利可以委託、責任不能豁免”的原則的具體體現。值得注意的是，行政機關在沒有法律、法規或者規章規定的情況下，授權其內設機構、派出機構或其他組織行使行政職權的，應當視為委託。當事人不服提起訴訟的，應當以該行政機關為被告。
5、行政機關的內設機構、派出機構作出具體行政行為的，該行政機關是被告
公民、法人或其他組織對行政機關的內設機構、派出機構作出的具體行政行為不服，向人民法院起訴的，應以該行政機關為被告。但是，有的法律、法規對行政機關的內設機構、派出機構有作出具體行政行為的授權，在此時，可以比照“法律、法規授權的組織”，直接以該內設機構或派出機構為被告。例如，《治安管理處罰條例》賦予公安派出所作出警告、500元以下罰款的權力。
6、行政機關被撤銷的，繼續行使其職權的行政機關是被告。
在作出某一具體行政行為後，該行政機關被撤銷的，法律規定，由繼續行使其職權的行政機關作為被告；另外，還有就是，行政機關被撤銷後，沒有繼續行使其職權的行政機關，在這種情況下，應由決定撤銷原行政機關的上級行政機關或上級行政機關指定的行政機關作為被告。
被告資格轉移
有被告資格的主體被撤銷，其被告資格轉移給其他行政機關。這裡需要把握的問題是：
1.被告資格轉移的條件。有被告資格的行政機關或授權組織被撤銷，在法律上該主體已經被消滅。
2.行政機關被撤消後，其職權繼續由其他主體行使的，如職權歸入新組建的行政機關，分別由兩個機關行使或者被收歸人民政府。被告是繼續行使職權的機關。
3.行政機關被撤銷的，其行政職權隨政府職能轉變而不復存在，下放到企業或社會組織的，由作出撤銷決定的行政機關作被告。
