書敘海外有甲子石外澳，為天地所鍾，有一大樹上有刻字，是為奇文。曾有人將其文字帶入中原遍訪學者無人能識。後有一書生桑燭生嘗治金石篆刻，工刀法，識梵文。一日乘船南行，船破落水，抱住浮木，漂至甲子龠，於樹昏迷，醒來抬頭見樹上文字，識之並將之刻下，樹上所刻之處遂焦黑，不復再有字跡。因無法回歸，桑燭生跳海自殺，為捕魚人常大溜、沙小溜所救。這兩人大有遺民之風，不為官，他們責桑生糟踏天生所賜的生命，並指出現東南沿海五省有倭寇，不思報國而言輕生，是不合道德的行為。桑生悔。經二人安排，桑生於酒肆遇見現為指揮的甘鼎，並同他談論當地的天時地利以及營城布兵之道。甘鼎大喜，引之為股肱。與之一同察看地形，建設城寨，因城外之水凡居民將桶投入，桶底即脫。桑生利用自己的風水本領，指揮在城中掘四井。最後一井比其它井深兩倍，尚不見水，後桑生入井，得三篋，內藏天書，為預測、布兵之類。甘鼎與桑生合議，在秘室中造龕，將書藏在那裡，行軍之時則藏在枕中，如有用它的時候，就同桑生一起沐浴更衣，焚香拜揖然後再同視之。
先是甘鼎暫離城，有敵來犯，城中只有一百多號兵士，而倭有艦十餘，兵士四倍於城中。桑生設計，利用城中居民迷惑敵人以為兵力充足，又以引誘、埋伏等法大敗之，退回海。後又有倭敵攻打神泉，利達付衛怯戰避走。甘鼎按桑生之計奪回神泉，利達於三日後方回城。甘指揮言於節度使，斬之。
節度使參議區星告訴甘鼎：南海之鄙，石灣村之人將謀變者，為首者為鄺天龍，自署為廣州王，術士陰為畫策，嘗以妖火護天龍，變化萬端。甘鼎即密令各要處進行圍剿。有一矮道士，化作農夫，言節度使如果對他用刑將被調走隴西。節度使大怒，果然要對之用刑，道士以神行遁走。至甘鼎處，甘鼎知其為曾有恩於己之人。道士洞悉陰陽，知區參議病，欲往治。節度使果然被調走，甘鼎升安撫使。往區參議處，見其依然未愈，問之下，才知矮道士身在房中坐著，而首卻失去。後得龍女相助，長出首。區參議也復愈。經策劃，甘鼎自帶五十人，每人的衣服口袋裡都有龍女所指揮的異兵，先行暗中攻打石灣村。至石灣村，甘鼎兵不敵鄺天龍的魔火，遵龍女囑退至河邊，龍女以水攻之。鄺天龍以魔法再破，龍女於天上撒下仙帛收之。鄺天龍戰敗被俘，眾仙家啖其肉。庚申夜，矮道人吐火燒石灣。鄺天龍的餘黨萬赤逸去。矮道人見偽帳前有碑，看其文字，為將軍馮盎建。以劍畫地，碑自移去二百步。有妖出，道人撒布裹之，因聞有人呼，被妖挾布逃去。
甘鼎睹此云：此中妖多，不知何日能滅？桑生言多調兵將，有沙小溜潛於盜老魯處，傳密信言老魯反。甘鼎從桑生所言，招募鄉勇，勤加練兵。時老魯擄得十女，欲據為己有。其中有金娘和鐵娘與老魯的副手私通。因老魯對此大為不滿，引起內訌。老魯被殺，沙小溜鼓勵賊眾報官軍。
隴西公鎮守涼州，回民叛亂，圍攻涼州，情況危急。皇上召甘鼎至京，授其為元帥，支援隴西。龍女木蘭再來相助。因木蘭嫁給一河神，夫妻不睦，故離丈夫前來此助戰。得其相助，甘鼎斬將殲敵，有進無退。後來，甘鼎微服渡江東下，龍女木蘭從之。後返家，其弟也轉至姐姐家，先見姐夫與姐姐相爭並被士兵拒之門外，後半夜聽得姐姐喊叫，闖入，見她被縛並被鞭打，擊倒姐夫，救出木蘭。木蘭因與其夫恩斷義絕，故決絕而去。甘鼎路遇員夫人，請她出山相助平白苗。員夫人告訴他，平苗宜用文士；有蜀中秀士司馬季孫，是司馬相如後人，才高而不順於世。如果能命之持檄諭禍福，蜀中之苗，當兵不刃血而平。
甘鼎受教拜而別。一日矩兒說欲去青城山探母。至山，打殺二仔虎，母虎逃。見其母，員夫人袖出一幅剩錦付之，曰：後五百年迷道至■河江沉羽處，可踏此錦而渡。怪獸來攫時，亦可乘此而免。時有逸虎引來一群虎為子報仇，其母催其離去，乘錦而脫。甘鼎遇司馬季孫。季孫狂狷於世，因甘鼎易誠相邀，方許之。並於後日偕一人至，云：此吾湖海兄明化醇闡陰陽生死之機，願與吾同在幕府。甘鼎授二人為正副參軍。化醇先不滿被授付參，經眾人勸說方應。甘鼎至酉陽掃蕩叛亂的白苗。白苗的首領為樂般，下有一女謝，甘鼎派化醇到苗營使反奸計。樂般歌舞招待之。化醇見謝，大加讚賞。樂般以她賜之，並讓謝侍候化醇。化醇酒雖醉，但為煉道一直守陽丹，故能自持。拒絕之。後沉睡，謝女脫其衣見其陽具縮內，雖挑逗之亦無功。
後化醇的元精離其體與謝女媾合，破其元陽，化醇病萎。被送回漢軍營，臥床不起。謝女感化醇乃與手下四女合作，在樂般面前告其重要助手要霸占她的四婢且又圖對她非禮，因她是樂般的禁臠。故苗人內亂，樂般投漢家軍。平定白苗，又有紅苗叛亂。甘鼎又率軍至辰州。紅苗首領為噩青氣，所吐之氣能傷人，觸者無救，惟木蘭之弟矩兒不懼。噩也是逞匹夫之勇之徒。甘鼎於是先於絕處紮寨，然後于山谷中設伏兵，以弱卒誘敵。雖有兩人勸說，但噩青氣卻不聽從，闖入山谷，眾士卒被消滅，只有酋首噩青氣逃脫。噩有一西洋妖師瑪知古，有妖鏡，雖邊卅千萬里，心有所向，則鏡見之；若臨鏡而照戈甲，咒卅字，皆為枯朽不堪用矣。甘鼎等設計讓樂般和獷兒詐降。飲酒後求視其鏡的神驗。瑪知古不得已取出鏡。獷兒先以污水噴之，然而打之於地而碎之。二人乃逃回漢軍營。後瑪知古被俘。
一日，許、史兩都督來，甘鼎問東西兩路戰事如何？兩都督答：李節使被蠻女圍於來鳳，郭節為妖困於西鄉。甘鼎派司馬季孫和木蘭前往支援。蠻女實為一骸骨所化，性淫。司馬季孫設計選強勇等六十余壯勇男子，詐稱羨蠻女之色而求與之交合，蠻女見這六十餘人長相、壯勇都勝鮮于，大喜。先是探首入強勇褲中，覺其昂然雄偉，即站立與之交，但久久未得其入，後反反覆覆方成，至■而止，於是六十餘人輪番而喪女之元精。
李節使軍中乏糧，有兩山人來見，問之。為善點石的砭山先生和點金的針道人。針道人隻身至蠻女營外，戰勝而歸。不久，又去敵營，被層層包圍，不能穴地而逃。獷兒來救，苗人被戰敗，針道人方得脫身。
一日，噩青氣在營中，忽又來一西洋人，頗似瑪知古，言：婁萬赤新失明，命其來輔佐大王，報矮道人世仇，取其同黨砭、針二道人的頂骨。此人名叫利啞喻。噩青氣拜為國師，殺牛宰羊以待之。
矩兒因不懼噩青氣之毒氣，與之戰，大敗之。追進一苗地，入店飲食，中蠱臥床，四體乏力。後得異人相救，方存活。獷與其父樂般入山過小墟市，紅旗開處，飲者若狂。獷兒進去小憩，看見房子的東角有一人彈琵琶，唱黔中俚曲，詢問其姓名，為曹琵琶。平生練習武功，善於用毫尖利鋒鉤刺人，百發百中。今也欲以之行刺獷兒。幸得木蘭施法術將之殺死。
甘鼎招降白苗後，因妖氣仍熾，被奪去帥職，令斛斯貴代。後與噩青氣戰。噩驅苗雛男女蠱流人者誘斛斯貴上鉤。斛斯貴果然中計，幾乎被害死。幸得木蘭、獷兒相救。
甘鼎於賬中，得木蘭陳報苗人形勢。問：矩兒在哪兒？木蘭答：■苗悅其小而善戰，欲以女妻之。矩兒婚後，即在苗營提供情報。這時斛斯貴來營，將帥印交還甘鼎。矩兒夫婦也於其後救出困在烏蠻江苗營中的木蘭。
斛斯侯要攻打西南苗人，聽說他們擅長火攻，很擔心。木蘭說苗人的火器不難克制，但他們的飛箭大多敷有毒藥，射中就無救，卻是防不勝防防。賀蘭說梵僧教遍體塗神魚膏，就可以防止毒箭。
這時候木蘭率軍隊乘船南征。交址人見中國戰船，以火炮攻擊，木蘭又以法術調動水來破之，大獲全勝。
甘鼎在楚南大營派兵與紅苗噩青氣交戰，把他打下馬，士卒將之捆住，於是投降。噩跪著請求率紅苗三百人，攻島賊以效力，斛斯侯欣然同意。噩用魔吟等計，捉住島賊多稼。後多稼驚死於戰車中。
此時梅賊在顯教島城，聽說種種巨變，驚慌得不知計之所出。後梅賊被擒，立即被斬。
當時苗人叛亂尚未平息，甘鼎在廣東沿海掃蕩叛苗後，又轉過頭來至預州援助石中壽。桑燭生與鄔郁奉命訪虞山都毛子。毛子為常熟知縣，年將近四十，善於幻術，能從畫圖中見一閣而上都天。甘鼎因其有奇能，故下書聘請他，轉而向楚王推薦。楚王成接見他並請教退敵之策。毛子施展驚天動地的本領，大退賊人之兵。
被俘的瑪知古已歸順漢人，時率雲南廣東一帶萬餘人，直搗黃苗諸寨。斛斯侯親自率領賀蘭神奇兵力平島有功者千人出黃苗背後，與蔡小武作戰。黃苗從背後偷襲，斛斯侯臥病，不久死。時苗酋■被俘，楚王命速斬。豫州行省傳來詔書，封甘鼎為開國舅。甘鼎自願請求先趕赴黔省平苗，至，與蔡小武戰，擒之。周俘邱說，以為應當剽烹，以祭斛斯侯、賀蘭二公。自是黃苗叛亂被平。
甘鼎與撫軍區星合擊交址，抵達交址王宮，擒交址王，再斬婁萬赤。區星上書奏善後，立交址行省。自甘鼎以下諸人或掛印除居，或辭官歸里。
小說集妖魔神怪於一體，時有西洋異術，比《封神演義》尤為荒誕，而情節既已混亂，人物亦無色彩血肉。書前有杜陵子男序云：怪怪奇奇，形形色色。……其將帥則一韓一范之流也，其兵機則九天九地之神也，其凶妖則蠶蠱貓鬼之餘也，其醜類則鐵額銅頭之屬也。言雄武則鞭石成橋，鑄銅作柱，未之先也。言詭異則■酒■角、甌粥召神不足喻也。”
《恩福堂筆記》和黃人《小說小言》以為書中甘鼎是以清平苗將軍傅鼐為原型。“此小說中之協律郎詩，魁紀公文也。書中主人甘鼎，蓋指傅鼐。傅之材力在明韓襄毅、王威寧右，而未竟其用，舉世悼惜，故好事者撰為是書，以同時一切戰績，歸傅一身，致崇拜之意。但懼於忌諱，故出之以庾詞隱語，飾之以牛鬼蛇神，以炫閱者之耳目。”
《蟫史》可謂為我國古代最長的文言小說，但卻沒有唐傳奇、《聊齋志異》等讀來流暢，淺顯易懂，而是詰屈拗口，難以卒讀。《中國小說史略》評之“雖華艷而乏天趣，徒奇崛而無深意”。
書過荒誕，有淫語，又有影射之嫌，所以被丁日昌列入應禁淫書。
