細菌對蛋白質的分解
蛋白質分子在細菌分泌的蛋白質水解酶的作用下，在肽鍵處斷裂，生成多肽和二肽。多肽和二肽在肽酶的作用下水解，生成各種胺基酸。二肽和胺基酸可被細菌吸收，胺基酸在體內脫氨基酶的作用下，經脫氨基作用生成氨。不同種細菌在不同的條件下所進行的脫氨基作用的方式（氧化脫氨基、水解脫氨基、還原脫氨基）及代謝產物也不同。可藉此鑑別細菌。如有些細菌能使色氨酸氧化脫氨基，生成吲哚、CO和HO.細菌還可以用脫羧酶使胺基酸脫羧，生成胺類（如組胺）和CO。
牛乳中蛋白腖化菌——好氧性芽孢桿菌屬
好氧性芽孢桿菌屬在牛乳中大多為耐熱性的孢子形成菌，其代表菌為枯草芽孢桿菌( Bacillus subtilis)。這是一類分解蛋白質的細菌，凡是能使不溶解狀態的蛋白質變成溶解狀態的簡單蛋白質的一類細菌，都稱為蛋白腖化菌( Peptonizing bacteria)。好氧性芽孢桿菌屬的適宜生長溫度為24～40℃，最高生長溫度可達55℃。這類細菌廣泛存在於牛舍周圍和飼料中，它們的芽孢菌體對熱和乾燥具有較強的抵抗力。許多這類細菌能產生兩種酶，一種是凝乳酶，另一種是蛋白酶。除枯草芽孢桿菌外，好氧性芽孢桿菌屬中還有巨大芽孢桿菌( Bacillus megatherium)、臘狀芽孢桿菌( Bacillus cereus)以及凝結芽孢桿菌( Bacilluscoagulans) 。
細菌分解蛋白腖產生吲哚試驗
原理：細菌分解蛋白腖中的色氨酸生成吲哚，與試劑中的對二甲氨基苯甲醛作用，生成玫瑰紅色吲哚。
試劑：對二甲氨基苯甲醛5g溶於75ml戌醇(或丁醇)內，加入濃鹽酸25ml。
方法：將待檢菌接種於蛋白腖水內，35℃培養22~48h，加入試劑，稍加振搖。
結果：試劑由黃色變成紅色為陽性。
質控菌：陽性：大腸桿菌；陰性：產氣桿菌 。
根據蛋白腖化菌製備牛乳瓊脂培養基
原理：能分解蛋白的細菌，在其生長區周圍，由於消化酪蛋白而形成透明區，一般24~48小時即可產生；發酵乳糖的厭氧菌在牛乳瓊脂培養基中由於產生酪蛋白的酸沉澱，而形成彌散的不透明區。
成分：基礎瓊脂，750ml；無菌脫脂牛乳，250ml
製法：溶化基礎瓊脂培養基，冷至55℃，按25%加入無菌脫脂牛乳，傾注於平皿中，備用。
用途：檢查培養物中的蛋白酶及類凝乳酶的活性。
注意事項：有些芽孢梭菌在該培養基中所形成的不透明區則是由於類凝乳酶的作用，此反應有時與蛋白分解的情形有混淆，遇此情形應選用僅選擇性分解酪蛋白活性的酪蛋白瓊脂培養基 。
