2005年7月新校區建成，圖書館遷入16880平方米的新館，現已擁有一個中心館，三個分館，及部分系部資料室，總建築面積近1.8萬平方米。蚌醫圖書館已成為以“傳統圖書館穩步發展，數字圖書館快速成長，且相互融合”為特徵的複合型圖書館，館藏圖書、期刊、電子資源總計114.6萬餘冊，另有多功能電子閱覽室，配備有電腦400台和DVD點播系統100台。
圖書館作為教學科研的信息支撐平台，一直重視館藏資源建設、網路化數位化信息建設、以及信息服務建設，並且已經取得很大的成果。在基礎醫學、臨床醫學、檢驗醫學、護理學、影像醫學、藥學、預防醫學等領域積累了豐富的館藏。
為了加強校園文化建設，圖書館還加大了社會科學、文學藝術等領域館藏建設的力度。圖書館目前共有閱覽座位2000多個，所有書庫和書刊閱覽廳裡面全部實行開架模式，為師生讀者開展外借、閱覽、複印服務，圖書館原有文獻檢索信息諮詢工作基礎上，為教學科研及醫療提供科技查新、代查代檢、電話諮詢、網上諮詢服務。同時設有讀者意見箱，歡迎師生讀者提出意見和建議。
該館於1994年開始實現計算機管理，新引進的國內領先水平的金盤管理系統覆蓋圖書館主要業務工作。中外文圖書採訪、編目、典藏、流通、閱覽等業務工作已實現網路化管理，借書、還書、借閱證管理等已採用計算機管理，豐富的印刷版和電子版學術文獻保證了重點學科的需求。另外，圖書館還積極開展與中國科技大學、合肥工業大學、安徽大學重點高校的聯繫，參與館際互借服務，通過共建共享渠道，為讀者從全國乃至全世界範圍內獲取急需的文獻資料。
