生平
有間皇子之變
658年（齊明天皇4年），齊明天皇去紀溫湯（溫泉名）休養之際，蘇我赤兄被任命為京城的留守官。十一月初三，蘇我赤兄對有間皇子（齊明天皇的弟弟孝德天皇之子）說：“齊明天皇所治政事有三失。大起倉庫，積聚民財，是其一。長穿渠水，損費公糧，是其二。於舟載石，運積為丘，三也。”有間皇子對蘇我赤兄的靠攏很高興，對蘇我赤兄說：“我明年年初就會起兵”。十一月初五，有間皇子與蘇我赤兄在蘇我赤兄的府中二樓密議時，夾膝自斷，被認為是不祥之兆，於是互相盟誓中止陰謀的實施。當夜，有間皇子回府。蘇我赤兄卻命令物部朴井鮪率領營造宮殿的兵丁包圍了有間皇子府，並派驛使向齊明天皇急報。不久，有間皇子與守大石、坂合部藥、鹽屋鰶魚、新田部米麻呂等被補，被送往紀溫湯。十一月初九，中大兄皇子（後來的天智天皇）盤問有間皇子：“為什麼要謀反？”有間皇子回答：“只有天和蘇我赤兄知道。我什麼也不知道。”十一月十一，有間皇子和鹽屋鯯餚、新田部米麻呂一起被處以絞首刑，守大石被流放至上野國，坂合部藥被流放至尾張國。成為國丈
667年（天智天皇6年），天智天皇正式即位，除了立古人大兄皇子之女倭王（倭王為人名）為皇后之外，也納了四位嬪妃，其中有一位即是蘇我赤兄之女蘇我常陸娘。蘇我常陸娘為天智天皇生下了山邊皇女。筑紫率時期
669年（天智天皇8年）元月初九，蘇我赤兄被任命為筑紫率（當時日本九州島的最高行政長官）。十月十六，藤原鐮足去世。十月十九，天智天皇臨幸藤原氏的府邸，令大錦上蘇我赤兄宣讀恩詔，並由蘇我赤兄賜予藤原氏金香爐。但是《藤氏家傳》記載，這時被派來宣讀詔書的是“宗我舍人”。《藤氏家傳》中關於蘇我氏，曾有將蘇我入鹿稱作“鞍作”的例子，“宗我舍人”也應該就是蘇我赤兄，也有的觀點認為“宗我舍人”應該是指蘇我赤兄之外的另一個人。之後，蘇我赤兄前往筑紫赴任，不久後就返回都城了。蘇我赤兄之前的筑紫率是668年（天智天皇7年）七月任命的栗前王（栗隈王），蘇我赤兄之後的筑紫帥（即筑紫率，日語同一讀音的不同漢字寫法）仍然是栗隈王。
榮升左大臣
671年（天智天皇10年）元月初二，大錦上蘇我赤兄和大錦下巨勢人進至殿前，上奏慶賀新年。元月初五，天智天皇任命大友皇子（弘文天皇）為太政大臣，蘇我赤兄為左大臣，中臣金為右大臣，蘇我果安、巨勢人、紀大人等3人為御史大夫。同年天智天皇病篤時，召見大海人皇子（天武天皇），以皇位相許。但大海人皇子自幼追隨兄長天智天皇左右，深知自大化改新以來，天智天皇在“古人大兄皇子之亂”（645年）、“蘇我石川麻呂事件”（649年）、“有間皇子之變”（658年）等事件中排斥異己的手段，大海人皇子推舉大友皇子為皇太子，自己則申請出家，退回吉野宮（今奈良縣吉野），靜觀時局，以圖再起。當時左大臣蘇我赤兄、右大臣中臣金、大納言蘇我果安等人將大海人皇子送走後，談論道：“這回是放虎歸山了。”
同年十一月廿三，大友皇子在內里西殿織佛像前，左大臣蘇我赤兄、右大臣中臣金、蘇我果安、巨勢人、紀大人等五人隨侍左右。大友皇子手執香爐，先起誓盟曰：“六人同心，奉天皇詔，若有違者，必被天罰。”左大臣蘇我赤兄等人手執香爐，隨次而起，誓盟曰：“臣等五人隨於殿下，奉天皇詔，若有違者，四天王打，天神地祇，亦復誅罰。三十三天，證知此事，子孫當絕，家門必亡。”
十一月廿九，左大臣蘇我赤兄、右大臣中臣金、蘇我果安、巨勢人、紀大人尊奉大友皇子，再次在天智天皇面前盟誓。
壬申之亂和流放
672年（弘文天皇元年）的壬申之亂中，蘇我赤兄雖然沒有特別的事跡，但作為近江朝廷最高位的官員輔佐大友皇子。在七月廿二的最後的決戰瀨田橋之戰中，蘇我赤兄隨大友皇子（弘文天皇）一同出陣，戰敗後逃亡。七月廿三，大友皇子自殺。七月廿四，蘇我赤兄被捕。八月廿五，蘇我赤兄及其子孫、巨勢比等及子孫、中臣金之子、蘇我果安之子一起被流放，流放的地點不明。家族成員
曾祖：蘇我稻目（大臣）祖父：蘇我馬子（大臣）
伯父：蘇我蝦夷（大臣）
父親：蘇我倉麻呂
兄長：蘇我石川麻呂（右大臣）
弟弟：蘇我日向（筑紫宰）
弟弟：蘇我連子（右大臣）
弟弟：蘇我果安（御史大夫）
堂兄弟：蘇我入鹿（大臣）
女兒：蘇我常陸娘（天智天皇之嬪）
女兒：蘇我大蕤娘（天武天皇之夫人）
