職責調整
（一）取消已由市政府公布取消的行政審批事項。
（二）增加統一履行全市範圍內太湖流域水污染防治工作綜合監管職責。
主要職責
（一）貫徹執行國家環境保護的方針政策和法律法規，參與擬訂與環境保護相關的經濟、技術、資源配置和產業政策；組織對全市重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價。
（二）擬訂市環境保護規劃和計畫。組織擬訂和監督實施由國家、省、市確定的全市重點區域及重點流域污染防治規劃和生態保護規劃；組織擬定全市環境功能區劃；參與擬訂全市經濟和社會發展中長期規劃、年度計畫、國土資源開發整治規劃、區域經濟開發規劃、產業發展規劃以及資源節約和綜合利用規劃；參與審核城市總體規劃，並負責組織評審其中的城市環境保護規劃；參與自然資源核算工作。
（三）負責大氣、水體、土壤、噪聲、固體廢物、有毒化學品以及機動車排放污染物等方面的監管及防治工作；組織全市重點區域、流域的水環境保護和水污染防治工作；協調解決有關太湖流域水污染防治工作的重大問題。
（四）統籌協調全市污染物總量減排工作；組織督查污染物總量減排各項措施的落實；負責全市環境統計和污染源普查工作。
（五）負責監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作。協調和監督全市自然保護區及風景名勝區、森林公園的環境保護工作；協調農村生態環境保護工作；參與全市濕地環境保護和生物多樣性保護工作；參與全市生態市創建，指導全市生態示範區和生態農業建設中的環境保護工作；管理生物技術環境安全。
（六）負責全市環境保護行政執法工作，組織監督各類污染源治理和污染物排放情況；發布市區企業環境行為信息；負責調查處理全市重大環境污染事故、生態破壞事件；指導協調解決全市各地、各部門及跨地區（流域）的重大環境問題；指導和監督全市環境保護行政執法工作。
（七）擬訂全市環境保護科技發展規劃和計畫；組織環境保護科技發展、重點科學研究和技術示範工程；按照國家和地方環境保護標準，管理全市環境保護管理體系（ISO14000）認證、環境標誌認證工作；組織實施環境保護資質認可制度。
（八）組織實施各項環境管理制度；負責環境保護行政許可事項，參與審批限額以上基本建設項目和技術改造項目以及國家級、省級區域開發建設項目的環境影響報告書；負責國家、省和地方環境保護基金投資項目和污染治理項目的專項投資管理、核查、審計工作；負責監督管理全市城鄉環境綜合整治工作。
（九）負責全市環境信息工作；組織實施全市環境質量監測和污染源監督性監測；統一發布全市環境質量綜合性報告和環境狀況公報。
（十）組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作，推動社會公眾和非政府組織參與環境保護。
（十一）開展環境保護領域的國際交流與合作；管理指導全市環境保護國際合作或援建項目的實施；組織協調全市履行環境保護國際條約的履約工作；負責環境保護科技項目引進的技術審核和重大環保工作的技術性把關。
（十二）負責全市電磁輻射源、放射源以及放射性廢物的監控和管理；參與全市核安全監督管理和核污染、輻射污染事故的應急處理；配合上級環境保護部門對全市範圍核心設施安全、核材料的管制和核承壓設備等實施安全監管。
（十三）承辦市政府交辦的其它事項。
內設機構
根據上述職責，市環境保護局設9個內設機構，均為正科級建制。
辦公室
組織、協調局機關政務工作；擬訂局機關年度工作計畫、工作總結和內部管理制度；負責局機關文電、會議、保密、保衛、安全、接待、財務報賬、政務信息、檔案管理、老幹部服務等工作；負責協調辦理信訪、人大代表建議和政協委員提案；負責重大環境污染事故和市際、縣級市際環境糾紛的情況通報、聯絡工作；負責本系統機構編制和人事管理工作。
總工室（環境監測和科技合作處）
組織編制全市中長期環境保護規劃，制定年度科研計畫；組織開展重大環境規劃、區劃的技術審核；參與審核城市總體規劃和其他部門規劃中的環境保護內容；擬訂環境監測計畫，管理監測網路，建立和完善監測制度；組織實施環境監測標準化建設；組織對環境監測機構(實驗室)的資質認證工作；組織協調污染事件、重大環境污染事故和生態破壞事件的環境監測工作；組織協調國家、省、市環保科技項目的實施；管理環境保護科研項目成果，組織環保新技術的示範與推廣；負責貫徹執行國家和地方環境標準；參與擬訂環境保護產業政策，指導和推動循環經濟、清潔生產與環保產業發展工作；承擔全市環境保護國際合作與交流的管理工作；管理全市環境保護國際合作或援建項目；承辦有關環境保護國際條約的履約工作；參與涉外環境保護事務。
政策法規處
擬訂本市地方性環境保護法規、規章及規範性行政措施。負責全市重大經濟和技術政策、發展規劃和重大經濟開發計畫的環境影響評價工作；承辦環境保護目標責任制實施中的相關業務工作；負責環境保護行政處罰、行政複議和應訴工作；指導監督環境行政執法工作，管理全市環境監察工作。
計畫財務處
參與擬訂全市環境保護髮展規劃與計畫；參與審核環境保護專項規劃；管理市本級環境保護專項資金和污染防治資金及項目；組織申報中央、省級環境保護專項資金和項目，負責對經費使用的監督管理和項目驗收；管理局機關財務工作。
環境影響評價處
負責市本級許可權內的建設項目環境影響報告的審批，並按照許可權對建設項目的試生產進行審核和竣工驗收；負責各類開發區、工業集中區等區域規劃環境影響評價報告的審查；參與審批許可權以外的市區基本建設項目和技術改造項目環境影響報告的審查；參與國家級、省級區域開發項目的環境影響報告書的審查；配合上級環境保護部門監管全市環境影響評價持證單位的資質；審查上市公司環境行為的鑑證申請。
污染防治處（輻射和固廢管理處）
擬訂全市環境功能區劃；擬訂大氣、土壤、噪聲、固體廢物、有毒化學品以及機動車排放污染物等污染防治管理制度，負責固體廢物和有毒化學品處置、轉移（包括國內異地轉移）等審批工作；負責全市環境綜合整治定量考核、排污申報登記，核發排污許可證和危險廢物經營許可證；負責全市排污收費和審批污染治理補助資金使用申請；執行污染源限期治理、行政代執行等管理制度；配合有關部門實行污染物集中控制處理，監督淘汰污染嚴重的落後工藝和設備；組織擬訂國家、省、市確定的全市重點區域污染防治規劃並監督實施；負責建立重大環境污染事故和生態破壞時的應急處置及防控預案；參與核污染或輻射污染事故應急處置和調查；管理全市電磁輻射、放射性廢物處置；配合有關部門對電磁輻射源、放射源、核材料或核設施等環境安全進行監督管理；組織開展創建國家環境保護模範城市工作。
污染物排放總量控制處
擬訂全市污染物總量減排的有關政策性檔案；編制全市污染物總量控制計畫並組織實施和考核；負責污染物總量控制核定；下達並組織實施本市污染物總量年度減排計畫，統一協調管理全市污染物總量減排工作；組織督查污染物總量減排工作的落實情況，檢查與污染物總量減排相關的重點治理項目建設進度和運行情況；組織開展全市環境統計和污染源普查工作；組織開展排污權交易工作。
自然生態保護處
擬訂和組織實施自然生態保護行政性措施；監督檢查生物技術環境安全，參與檢查生物多樣性保護；指導、協調和監督自然資源開發活動中的環境保護和自然保護區、風景名勝區、森林公園環境保護工作；監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；參與和監督野生動植物保護和濕地環境保護工作；組織協調農村環境保護工作，指導農村環境綜合整治工作；指導全市生態示範創建和生態農業建設；監督管理農村土壤污染防治工作。
宣傳教育處（信息處）
負責全市環境保護宣傳教育和培訓工作。擬訂全市環境教育規劃和年度宣傳活動計畫；組織開展生態文明建設和環境友好型社會建設的宣傳教育工作；承擔局新聞審核和發布工作；負責環境信息資源的開發、利用和管理工作，組織編制全市《環境質量報告》和《環境狀況公報》，承擔全市環境信息發布工作；負責本部門網站的建設、維護和管理。
另按有關規定設定派駐紀檢組、監察室（合署辦公）。
市太湖流域水污染防治辦公室主要職責為：
（一）貫徹落實中央、省、市關於太湖水污染防治工作的方針政策和決策部署；對太湖水污染防治工作情況進行調查研究，及時向市委、市政府提出決策建議；協調解決有關太湖水污染防治工作的重大問題。
（二）參與擬訂太湖水污染防治地方性法規、規章草案和政策；參與擬訂全市水環境綜合治理中長期規劃，組織擬訂水環境綜合治理年度工作計畫。
（三）組織指導實施轄區內太湖水環境綜合治理中長期規劃和年度工作計畫；草擬全市水污染治理目標責任書，分解市各有關部門和市（縣）、區政府（管委會）水污染治理工作目標任務；經市政府授權，對市各有關部門和市（縣）、區政府（管委會）水污染治理目標任務完成情況進行督查考核。擬訂和組織實施水環境綜合治理考核獎懲制度。定期報告和通報全市水污染防治工作情況，統一發布水污染防治相關信息。
（四）組織各有關部門和市（縣）、區政府（管委會）編制太湖、陽澄湖等藍藻和“湖泛”大面積暴發應急預案，並協調做好應急工作；協調有關部門和市（縣）、區政府（管委會）做好轄區內影響水環境質量重大水污染事故的應急處置工作。
（五）牽頭組織安排市水污染防治專項資金，協調上級資金申請並做好資金使用的監督檢查工作。
（六）組織水污染防治與藍藻治理專家對水污染防治進行技術指導和決策諮詢，會同有關部門提出並實施水污染防治的重點科研計畫。
（七）承擔市太湖流域水污染防治暨陽澄湖水源水質保護委員會的日常工作。
根據上述職責，市太湖流域水污染防治辦公室下設2個內設機構，均為正科級建制。
水環境綜合規劃處
負責全市水污染防治工作重要檔案、文稿起草工作；協調和組織水污染防治工作方針政策、工作部署、重要情況的宣傳報導，編報水污染防治信息和工作簡報；聯繫市太湖流域水污染防治暨陽澄湖水源水質保護委員會成員單位；參與擬訂水污染防治地方性法規、規章草案、政策和水環境綜合治理中長期規劃，組織擬訂全市水環境綜合治理工作年度計畫，分解落實各有關部門和縣級市、區政府（管委會）年度目標任務；組織全市水污染防治調查研究工作；負責關於水環境綜合治理工作領導批示件的辦理工作，會同有關部門擬訂水污染防治科技計畫，協調開展科技攻關；組織水污染防治與藍藻治理專家開展技術指導和決策諮詢工作。
水環境督查應急處
定期組織對各有關部門和縣級市、區政府（管委會）的水污染治理目標責任書完成情況的督查；組織擬訂市級水污染防治專項資金分配計畫，組織對專項資金支持項目的審查論證，並對太湖水環境綜合治理實施方案中確定的重點治污工程和市級專項資金支持的重點項目效益的督促檢查；考核各成員單位完成年度目標任務的情況；協調指導影響水環境質量重大污染事故的調查處理；根據應急預案要求，協調全市範圍內藍藻和“湖泛”大面積暴發的應急處置工作；負責全市水環境綜合治理和應急處置工作的信息收集、整理工作，承辦應急管理日常事務。
人員編制
市環境保護局（市太湖流域水污染防治辦公室）機關行政編制為44名（含離退休幹部服務人員編制1名），後勤服務人員編制另行核定。
領導職數為：局長1名，副局長5名，另核派駐紀檢組組長1名，市太湖流域水污染防治辦公室副主任1名。正副處長（主任）16名，其中正處長（主任）12名（含監察室主任1名），副處長（副主任）4名。
其他事項
（一）環境監察執法職責經市環境保護局授權，由市環境監察支隊、市固體廢物管理中心、市核與輻射安全監督站承擔。
（二）市環境保護局（市太湖流域水污染防治辦公室）組織全市環境污染事故預警預測和應急回響處置工作的有關職責由市環境應急與事故調查中心承擔。
（三）所屬事業單位的設定、職責和編制事宜另行規定。
