藤原賴嗣(延應元年11月21日(1239年12月17日)- 康元元年9月25日(1256年10月14日)),又名 九條賴嗣,是鎌倉幕府第五代征夷大將軍。
攝家將軍藤原賴經之子、母親為藤原親能之女大宮殿。妻為執權北條經時之妹檜皮姬。
寬元二年(1244年)4月21日元服。4月28日任為從五位上右近衛少將、征夷大將軍宣下。8月25日升任正五位下。
寬元三年(1245年)1月13日兼任美濃權介。
寬元四年(1246年)11月23日升任為從四位下右近衛少將及美濃權介。
寶治二年(1248年)8月25日升任為從四位上右近衛少將及美濃權介。
建長元年(1249年)1月23日升任為正四位下右近衛少將及美濃權介。6月14日轉任左近衛中將。
建長二年(1250年)1月13日兼任美濃權守。
建長三年(1251年)6月13日升任為從三位左近衛中將。
建長四年(1252年)2月20日辭任征夷大將軍。 3月回京都。