明世宗朱厚熜重用奸佞嚴嵩，嘉靖二十一年(1542)，將南京吏部尚書嚴嵩升為武英殿大學士，直入文淵閣作為內閣首輔。嚴把持朝政，並與其子嚴世蕃、爪牙趙文華等結黨營私，殘害名臣良將。他們巧取豪奪，賄賂公行，以致兵備廢弛，國庫空虛，導致倭寇擾掠東南沿海，內侮外患，民不聊生，使明王朝危機四伏。一些憂國憂民的官員，多次彈劾嚴嵩父子，但因世宗昏庸，對彈劾嚴嵩者動輒廷杖、監禁、流放，甚至有殺身之禍。於是百官互相告誡，緘口旁觀。而蕭應龍不顧個人安危，敢於參倒嚴嵩父子，為朝廷剷除貪官，為民除掉大害。
嘉靖四十一年(1562)，明世宗對嚴黨的昭彰劣跡有所察覺，當時嚴嵩年老昏瞶，朝政多由其子嚴世蕃處理。由於世蕃驕橫貪婪，使世宗對嚴氏父子漸漸疏遠而親近大學士徐階。蕭應龍認為時機已到，就上疏參劾，大意說：”工部侍郎嚴世蕃憑藉父權，貪得無厭，賣官鬻爵，賄賂公行：刑部主事項治元以1.3萬金轉吏部，舉人潘鴻業以2000金得知州，司屬郡吏之賄賂以千萬計，平時，由其子錦衣嚴鵠、中書嚴鴻、家人嚴年及幕客中書羅龍文為之收受贓賄。遇嚴嵩生日，嚴年動輒獻萬金祝壽。
嚴嵩父子故籍袁州(今江西宜春縣)，而在南京、揚州等地廣置良田美宅不下數十處，由豪仆嚴冬主管，兼併侵奪，民怨沸騰。
世蕃喪母時，世宗以嚴嵩年高，特留侍養，令嚴鵠扶柩南下，世蕃乃聚狎客、擁艷姬，酣歌曼舞，滅絕人倫。而嚴鵠以祖母喪為奇貨，所至驛站，百般勒索。
現今各地有水、旱之災，寧夏有強度地震，外患不斷。而內外百官無不以民脂民膏填塞嚴氏私囊，百姓怎能不貧?臣若有一言失實，甘受殺戮。嚴嵩溺愛惡子，亦宜早日放歸田野，以清政治。
明世宗早得知嚴世蕃喪居縱淫，十分厭惡。那時，正當方士藍道行以扶乩受皇帝寵幸。世宗問藍道行：“當今輔臣是否賢明?”藍道行利用扶乩假託神仙意志，說：“嚴嵩父子玩弄權術，以致天下不治。”世宗從此疏遠嚴嵩而信任大學士徐階。當他接到鄒應龍的奏章後，就勒令嚴嵩致仕，將嚴世蕃等謫戍雷州(屬廣東省)。
然而嚴世蕃未至戍地而逃回江西。嘉靖四十四年(1565)三月，南京御史林潤主管江防，查知嚴世蕃與羅龍文日夜誹謗朝政，藏匿江洋巨盜，並招收勇士四千人南通倭寇，北通韃靼，圖謀不規。林潤上疏後，世宗大怒，就逮捕嚴世蕃與羅龍文處斬。並抄嚴世蕃家產，得黃金三萬兩、銀三百萬兩，其它珍寶飾物所值數百萬，同時罷黜嚴嵩及其孫。同年八月，又抄沒嚴嵩家產。兩年後，嚴嵩老死於墓舍。
鄒應龍參倒嚴嵩父子後，被升為通政司參議。隆慶元年(1567)，鄒任副都御史，總管江西、江南鹽屯，後升為工部右侍郎。鎮守雲南的黔國公沐朝弼專橫欺壓百姓，朝廷商議舉薦德高望重的人去鎮撫，就提升鄒應龍為兵部侍郎兼右僉都御史巡撫雲南。鄒到任後，公布了沐朝弼的罪狀，沐因而被捕問罪。
1572年神宗朱翊鈞登位，次年改年號為萬曆。他年僅十歲，大權落在司禮太監馮保之手，馮又掌管東廠，氣焰萬丈。蕭應龍因得罪馮保，同時遭到巡按御史郭善梧、給事中裴應章讒言誣陷，被削職回鄉，死於家中。
萬曆十六年(1588)，陝西巡按王璇向朝廷上疏，認為蕭應龍剛正清廉，死後留田不過數畝，住房不過數間，沒有恤金，朝野為之鳴不平，神宗才恢復鄒的官銜，給以祭葬。
