定義
菌種是國家重要的生物資源，是食用菌生產、科研工作的基礎。優良純正的菌種是食用菌栽培的基本保證。菌種的優劣直接關係到食用菌生產的成敗。因此，對分離、轉化、選育、引進的菌種，應予質量鑑定，留優去劣。所謂菌種質量，一般應包括兩個方面：一是菌種的“種性”。即菌種自身的生物學特性，這是菌種的內因與基礎，栽培地的生產條件必須首先要適合它的“種性”。比如，一個菌種(株)在南方某地選育馴化成功，並表現良好，若將其引種至北方地區，就不一定有好的生產表現。二是菌種的製作質量。一個原本優良的菌種(株)，在配套設施設備不齊全、操作技術不規範等條件下，在逐級轉接擴大生產的過程中，就會造成菌種的質量下降，如感染雜菌，菌種老化、退化等現象。這些菌種套用到栽培時，勢必會有產量低、品質差、抗性差、發病率高，甚至不出菇等後果。
鑑定菌種是通過菌種質量標準進行的。菌種的質量標準就是衡量菌種培養特徵、生理特徵、栽培性狀、經濟效益所制訂的綜合檢驗標準。一般從菌種的純度、長勢、顏色、菌齡、均勻度和出菇快慢6個方面進行鑑定。
菌種的鑑定有多種方法，但是最可靠的也是最實際的方法就是出菇試驗。只要通過出菇試驗，就不難知道它是什麼菌種以及菌種的產量及生產性能，只有產量高、品質好的菌種才是優良菌種。
鑑定的內容
各種食用菌的菌絲體形態特點雖然不同，但作為優質菌種鑑定的內容主要應注意以下幾點：
(1)菌種性能可靠：投入生產的菌種必須是經過試驗，具有高產優質、適應性強的純菌絲體。
(2)菌絲健壯：菌絲體生長應粗壯、潔白、濃密，生活力強，並具該品種所特有的風味。不能有菌絲萎縮、發黃、脫壁或產生菌皮等老化現象。
(3)無病蟲害：菌種應無任何雜菌污染，無害蟲侵蛀，無積水、高溫圈、菌絲自溶等現象產生。
(4)菌齡適宜：一般母種菌絲占斜面2/3以上。原種瓶、栽培種袋菌絲長滿後1周左右，且不能有大量原基出現。
(5)標誌明顯：出售菌種，必須註明種類、級別、品種、生產單位、接種日期等，否則不能使用。
鑑定的方法
直接觀察法
直接觀察法，即通過“觀其形，嗅其味”來鑑別菌種質量的優劣。優質菌種一般菌絲健壯、濃密、色澤正、無雜菌，具有本品種特有的香味。如果培養基、瓶壁、管塞上出現異常顏色的菌落，說明已被雜菌污染；菌種瓶(袋)上有黃褐色高溫圈，是由於異常高溫導致菌絲生長不良而形成；脫壁是因菌齡過長，或不良環境(缺水、乾燥、高溫)導致的菌絲體萎縮、色澤變暗、培養基收縮的離壁現象；菌絲自溶是由於菌齡過長或高溫影響，導致生理老化，菌絲自溶而產生黃褐色代謝水現象。除此之外，如有積水、菌皮或大量原基形成，均屬不合格菌種。直觀觀察法簡便易行，但必須具有一定的實踐經驗。
鏡檢法
鏡檢法，即挑取微量菌絲(或孢子)固定於載玻片上，在顯微鏡下觀察菌絲的形態結構，鎖狀聯合的有無、孢子的形狀、大小等，從而鑑定菌種的類別及優劣，通過鏡檢還可區分培養菌絲與雜菌，從而鑑定侵染雜菌的種類。
培養觀察法
對於分離、選育或者引進的菌種，通過培養，觀察其菌絲體對乾濕度和溫度等方面的適應性。可將菌絲體置於偏乾、偏濕和乾濕相宜的條件下培養，若菌絲在前兩種條件下能良好生長，而在乾濕相宜的條件下生長最佳，則說明是好的菌種。也可在菌種瓶中挑取一小塊菌絲體，接種在PDA斜面培養基試管中，置於23～25℃恆溫箱中培養，經1周后檢查菌種生活力及純度，如果菌絲生長快、整齊純一、健壯濃密，則是生活力強的菌種。
出菇耳試驗法
對分離或引入的菌種，在投人生產之前，必須作出菇(耳)試驗。通過試驗鑑定其遺傳性狀、產量質量的高低優劣等。出菇試驗應根據菌株的生物學持性及實際條件，採用床栽、瓶栽、袋栽、箱栽、塊栽等方式試驗栽培每次應達到一定數量，並且要有3次以上重複栽培過程，要詳細記錄發菌天數(菌絲恢復、定植天數)、出菇期(每潮菇的起止時間、持續天數)、產量(單產、總產)、子實體形態(菇形、色澤、菇蓋直徑及厚度，菌柄長度和直徑、單菇質量等)以及對環境條件的反應等內容。
