構成花色的藍、紫、紅等色素物質為水溶性、多是溶於細胞液中的花色素類或β-花青苷類,而黃、橙、紅色等色素物質是非水溶性的,絕大多數是由於在有色體中含有類胡蘿蔔素類的緣故。在黃色素中,黃波斯菊、大理菊的黃色花等色素是以水溶性的天然色素為主體,由於鹼(氨,菸草的煙)能使之變紅,因而可與類胡蘿蔔素區別開來,含有花色素的紅花用鹼處理則變藍,而含類胡蘿蔔素的則無變化(墨西哥向日葵)。
白色花多含有用氨水能變黃的黃酮類(花黃色素anthoxanthin),但黃酮類的黃色肉眼是認不出的。花瓣中生成的色素,在葉及其它部位幾乎不出現,但也有含同一或同系統色素的情況(如大理菊的紅葉)。這裡的類胡蘿蔔素與植物葉綠體中的類胡蘿蔔素相比較,通常在質上是明顯不同的。