據說,洛陽牡丹等十二位花神在天上犯了罪,被玉皇大帝貶到人間,因此人間變成了萬紫千紅的花鄉。為感謝花神的恩賜,京城各花行便集資修建了這座花神廟。
舊曆二月十二日為花王神誕辰,謂之“花朝”,素有北京花鄉的豐臺一帶的花農都到此進香獻花。三月二十九日,附近各檔花會照例到此獻藝,謂之“謝神”。前清好年景時,要搭台唱“野台子”戲,少則一台,多則數台,有河北梆子、評戲、什不閒蓮花落等,城裡的“幽人韻士”也來看戲,並即興賦詩唱和。屆時,廟外的空地上有賣鮮花、花籽、薰香草的花農,有賣條柳什物等山貨和農具的老鄉,一時形成集市,熱鬧非凡。
解放後,花神廟改成北京第五十八中學。以後為花神廟國小。