前身是舟山市鍋爐壓力容器檢驗所和舟山市勞動安全衛生檢測站，分別始建於1985年和1988年。 2003年1月29日經舟山市機構編制委員會（舟編[2003]4號）批准，撤消舟山市鍋爐壓力容器檢驗所和舟山市勞動安全衛生檢測站，同時成立舟山市特種設備檢測中心。2008年更名為舟山市特種設備檢測院。
本院承擔省質量技術監督局授權範圍內的特種設備監督檢驗工作，轄區內現有各類特種設備11241台（其中工業鍋爐841台、一、二類壓力容器5047台、各類電梯1240台、各類起重機械2894台、廠內機動車輛785台），工業管道約950km。本院於2004年3月通過國家質檢總局綜合檢驗檢測機構核准審核，核准證編號為：TS7110062；同年4月通過浙江省產品檢驗檢測機構計量認證審查考核，證書編號為：（04）量認（浙）字（L884）。本院現有人員41人，其中各類專業技術人員35人，持證檢驗人員26人，各類檢驗檢測證書81項（其中鍋爐檢驗師2人、壓力容器檢驗師3人、壓力管道檢驗師4人、電梯檢驗師4人、起重機械檢驗師2人，Ⅱ級無損檢測人員13人項）。本院現有固定資產總額為760.6萬元，其中檢驗儀器裝備242台套，資產原值249.1萬元。現有辦公用房近800平方米。一直以來，本院全體員工緊緊圍繞“全面提升、超前務實、建設和諧質監”這一主線，牢牢把握“依法施檢、科學公正、準確可靠、優質高效”的質量方針，以“預防和減少特種設備事故，提高用戶滿意度”為目標，按照安全技術規範的要求，認真做好各項檢驗檢測工作。隨著我市海洋經濟快速發展和城市化進程加速推進，船舶修造企業的起重機械、高層建築的電梯、水產冷凍企業的壓力容器數量不斷增加，結構更加複雜。本院一方面加大人才引進力度，同時選派人員參加上級舉辦的各類學習班、研討班，加強與兄弟檢驗機構的技術交流，不斷提高檢驗人員的專業技術水平。通過理論學習和實踐鍛鍊，本院的檢驗工作質量和技術把關能力得到了進一步的提高。本院成立以來，檢驗質量事故為零，客戶滿意度調查滿意率99%以上，年度質量目標考核均合格， 2006、2007年度分別被上級主管部門評為優勝單位和優秀單位，2007年榮獲區“文明單位”稱號，2007年12月被省局評為“民眾滿意基層站所”。
