概述
自交系就是一個單株經過連續多代自交而形成的一個株系。植株是天然異花受粉作物，任何一個品種都是遺傳上十分複雜的群體，經人工嚴格自花授粉（自交）後，遺傳性上一系列特徵特性發生分化；而分化出來的各個家系，隨著自交代數的增加，遺傳性日趨純合整齊；最後，在每個家系中的所有個體均表現出一致的性狀，就形成整齊一致的自交系了。來源於同一單株自交形成的各自交系稱為“姊妹系”。
由於嚴格自花授粉，自交系一般都產生生活力衰退的現象。表現為植株變弱小，並出現一些平常少見的畸形性狀，如白苗，黃苗，條紋葉，叢生葉，對生葉，長出雌雄同花器官和無苞葉果穗等。這些大多數是隱性性狀，經自交才顯現出來的 。
自交分離
植株自交後會產生兩種現象，其一是引起植株生活力的顯著衰退，造成減產；其二是性狀出現多樣性，即分離現象。植株自交後發生的性狀分離，一般有以下幾種表現：
1．苗勢弱，出苗和生長緩慢，幼苗不整齊。幼苗葉色變化較大，由黃到綠有很多連續變化，並有白苗和黃、白條紋苗等。
2．植株形態多樣。如株高降低，高矮不等；葉形有呈直立或弧形下垂的，還有極度寬、窄、短、長等形態。
3．抽雄、吐絲及成熟期早晚很不相同。雄花序分枝多少，花葯的顏色，雌穗粗、細、長、短及花柱顏色等均有較大差別。有時出現雌、雄花期不協調及雌、雄花敗育的類型。
4．粒色有紅、黃、白、紫等色，軸色有白、紅、粉紅、紫紅等。籽粒類型有馬齒、硬粒、偏馬齒、偏硬粒型等。粒形有長、短、圓、扁、大、小等。粒重差異很大。
5．抗病性、抗倒性、抗旱性、耐高溫、耐澇性的強弱有很大差別 。
基本要求
一般觀點認為，為了產生適應於一定生態條件的高產穩產雜交種。優良自交系應具有的特點是：配合力高、產量高、性狀整齊一致。
1．配合力
配合力分為一般配合力和特殊配合力兩種，其遺傳控制系統比較複雜。配合力是自交系最重要的特性，一個優良自交系應具有較高的配合力。配合力在育種過程中可通過基因重組和優良基因型的選擇而得到改良。
2．產量
鑒於生產上以種植單交種為主，為了提高親本繁殖和雜交種的制種產量，降低生產成本．優良自交系應具有較高的自身產量和適宜高產制種的某些性狀。如種子發芽勢強、幼苗強壯、雌雄花期協調、散粉性好。父本花粉量較大，開花期長。母本吐絲快、結實性好、籽粒產量高，脫水快等。
3．植株及穗部性狀
株型包括緊湊、半緊湊和平展型。適宜株型的要求是：中稈或半矮桿；葉片寬度適宜，穗位在莖稈中部偏下；莖稈韌性好，根系和支持根發達，抗根倒和莖部倒折。苞葉長度適合、不過長、不露尖。穗型一般要求或長穗，或粗穗，穗軸較細，籽粒中大粒以上，粒形較長，粒色一致，結實性好，不禿尖，籽粒穗行數幅度為12～20行。
4．可見性狀整齊一致
性狀整齊度越高，表明自交系的純合程度越高。只有純度高的自交系才能生產出純合度高的雜交種，在自交系的繁殖過程中才便於保純，不致於因自交系個體間遺傳上的差異而迅速混雜退化，導致喪失其利用價值。自交系的配合力高低也與其純合程度有直接關係 。
