討論會前，由臨床和病理醫師，共同按照一定的目的來選擇病例。提供討論的病例，一般應對疾病發生、發展過程有較完整而詳細的臨床診療記錄、實驗室檢查資料和屍檢結果。為使討論比較深入，提前向參加者提供雖經整理卻是如實反映情況的病歷摘要，明確提出討論要求，便於臨床和病理雙方都進行認真、周密地準備。
討論會通常由有較高威望的臨床醫師來主持，一般按以下程式進行：
臨床報告
首先由該病例的醫師報告病史及其他臨床檢查資料（包括出示X線照片等）。並作中心發言來分析症狀、體徵和鑑別診斷，提出臨床診斷意見，對治療處理，提出建議或評估。然後，由與會臨床醫師自由發言，提出臨床診斷意見，對治療處理提出不同的診斷意見和質疑。病理報告
由病理醫師向與會者報告會前暫時保密的病理檢查和病理診斷，出示病理標本（包括放映病理組織學改變的幻燈片等），解釋病變與臨床表現的關係並分析死因。臨床病理講座
這是把討論會真正引向深入的關鍵，通常由病理醫師根據與會者的提問，對病理檢查結果及病變與臨床表現的關係作擴展性的說明，並可介紹一些較新的文獻資料。與會醫師可結合病理髮現該病例的臨床表現，對該疾病的發生、發展、診斷、鑑別論斷、合理處置等各方面進行深入的討論。主持者總結
對本例的特徵、所討論問題在臨床中的意義及吸取的經驗教訓等作扼要小結，給討論會"畫龍點睛"。通過討論會常期望獲得以下效果；① 密切臨床病理聯繫
通過對臨床和病理檢查的討論，與會者既可了解病例患病的全部臨床過程，又可重溫與該病有關的病理學知識，使臨床表現得到滿意的病理解釋，還可了解到一些新進展。尤其對於青年醫師和實習的醫學生，能通過具體病例，對該病的臨床和有關基礎醫學知識獲得更好的教學效果。② 總結經驗教訓，提高醫療質量
討論會上臨床醫師都力求"邏輯思維強、推理嚴謹，引據有力"地緊密聯繫病例的實際情況進行討論。若臨床的分析和診斷與最後的病理診斷相符合，則會使與會者從中學到正確分析病例的方法；反之，也可以通過回顧性地分析、討論，找出造成誤診的原因，總結經驗或汲取有益的教訓，以提高醫療診治水平。③ 促進學術交流，推動科學研究
臨床醫師能從不同角度有根據地提出各自的診斷依據，也往往對病理診斷提出諮詢甚至異議，因此討論會又常是學術爭鳴的場所。通過討論常能提出一些值得深入研究的新問題或新線索，促進和推動醫學科學的發展。在病理學教學中，也開展類似臨床病理討論會的教學活動，可促進學生複習所學病理學知識，加深形態學印象，體現病理學的橋樑作用，把病理知識和臨床密切結合，培養學生獨立思考和分析、解決問題的能力，為養成正確的臨床思維方法打下良好的基礎。其進行方式是：由教師提供要討論病例的臨床和病理資料，學生在詳細閱讀這些資料和討論要求的基礎上，將有關資按系統或器官進行歸類，確定病變在何系統，主要累及何器官，哪些病變是原發的，哪些病變是繼發的或伴發的等，抓住重點、分清主次地作出臨床診斷和病理診斷，進而分析疾病發生過程及各種有關因素的因果關係，找出引起死亡的直接原因。
