政治統治
第三任王后，瓦盧瓦的伊莉莎白，法國公主。腓力二世繼續執行其父在西班牙執行的一切強化中央集權的制度。在他統治時期，中央政府真正開始剝奪一些歷史上的王國和民族地域的獨立性。1554年，當時還是王儲的腓力二世與英格蘭女王瑪麗一世結婚，但婚後腓力二世幾乎不曾在英格蘭住過。腓力二世與瑪麗均為天主教徒，他們共同對國內的新教徒實行恐怖政策。
腓力二世撲滅了1590年至1591年阿拉貢為保持其自治地位而發動的暴動。他並且取消一些城市的自治法規，可能是為了更有利於王室獲得直接的稅收。在腓力二世時代，西班牙的集權程度和官僚體系的臃腫可與東方國家媲美。
腓力二世對低地國家實行毫不妥協的鐵腕統治；1567年他任命著名的將領和劊子手阿爾瓦公爵（ 費爾南多·阿爾瓦雷斯·德·托萊多）為尼德蘭總督。後者嚴厲鎮壓尼德蘭人民的一切反抗活動，處死了大約8000人。
老年的菲利普腓力二世為堅定而狂熱的天主教徒大力支持天主教宗教裁判所，使大批持異端邪說的人（無論是真有其事還是受到陷害）在火刑柱上化為灰燼。他的另一項政策則使1568年—1570年被強制遷徙到西班牙內地的摩爾人受到殘酷迫害，引發了摩里斯科戰爭。
從阿拉貢的斐迪南二世開始的對穆斯林和猶太人的迫害和驅逐最終使西班牙的種族構成趨於“純化”。
繼承遺產
腓力二世是強大的神聖羅馬帝國皇帝查理五世（西班牙的卡洛斯一世）的兒子，母為伊莎貝拉 （葡萄牙）。
在查理五世於1556年宣布退位後，腓力二世繼承了哈布斯堡帝國除家族起源地奧地利和德意志之外的其餘所有部分。查理五世的弟弟神聖羅馬帝國皇帝斐迪南一世繼承了神聖羅馬帝國的皇帝稱號和有名無實的在德意志的最高地位，而哈布斯堡王朝的軍事與經濟實力來源——西班牙和尼德蘭——都歸於腓力二世。
腓力二世總共繼承了下列領地：西班牙、尼德蘭、西西里與那不勒斯、弗朗什孔泰、米蘭及全部西屬美洲和非洲殖民地。
國際舞台
西班牙王腓力二世腓力二世執行了積極的對外政策，似乎他有決心也有能力推動一場把整個歐洲統一到一面旗幟下的運動。在即位之初，腓力二世曾因為希望維持他對義大利領地的支配和削弱教會力量而與教皇保羅四世發生一場不小的衝突。他也繼續進行其先輩為之努力的義大利戰爭。
1557年，西班牙軍隊在聖康坦戰役中擊敗了法國軍隊。腓力二世於1559年和法國國王亨利二世簽訂了對西班牙有利的卡托-康布雷齊和約，從而結束了綿延半個世紀的義大利戰爭。
1565年，奧斯曼帝國的海軍圍攻馬爾他島，引起了一場惡戰。1571年，奧斯曼軍隊占領賽普勒斯，基督教世界感到安全受到了極大威脅，腓力二世與教皇以及威尼斯結成同盟，組成了一支強大的海上遠征軍。
同年10月7日，兩個帝國海軍主力在希臘西部的勒班駝海峽相遇，爆發了歷史上最大的海戰之一的勒班多海戰。奧斯曼有230艘戰艦，基督教方面有208艘戰艦，基督教的艦隊最終戰勝了伊斯蘭的艦隊，但他們也付出了慘重代價（損失帆漿戰船16艘，8000人戰死，21000人受傷）雖然這場戰爭阻止了奧斯曼人的擴張，但西班牙也無法再進行這樣大規模的海上作戰了。同時西班牙偉大作家塞萬提斯也是勒班駝海戰中的一名士兵，並且在戰鬥中受了傷。
腓力二世1580年，腓力二世派遣阿爾瓦公爵率軍強行合併葡萄牙，當上了葡萄牙的國王。稱菲利普一世。
然而在瑪麗一世死後，同情新教的伊莉莎白一世登上英格蘭王位。腓力二世曾向伊莉莎白求婚未果。伊莉莎白對新教的明顯偏愛，使腓力二世作出入侵英國的決定，他於1588年建立了歷史上赫赫有名的無敵艦隊。
雖然在當時（16世紀八十年代），美洲的收入達到了200萬金幣，但僅建造無敵艦隊的費用就高達1000萬金幣，而且這1000萬在幾天時間內就打了水漂，這就預示著西班牙的衰落開始，對此，腓力二世不以為然。
1588年5月，擁有130艘艦隻和3萬餘名戰士的無敵艦隊在麥迪納—西多尼亞率領下向英格蘭發起遠征。在英吉利海峽遭遇戰中，這支艦隊被機動靈活的英國海軍擊潰了。在返航途中，又由於風暴因素而在蘇格蘭海域折損了很多艦隻。一些倖存的艦隊往北逃竄，繞過蘇格蘭、愛爾蘭再返回西班牙，損失慘重。
在無敵艦隊對英國的進攻遭受巨大的挫折之後，西班牙大傷元氣。儘管其強大實力還未倒塌但從此西班牙在海上的威力就趨於衰落。他們軍隊不可戰勝的神話於是破產，西班牙的海上優勢從此不復存在。
腓力二世的另一項錯誤決定同樣源於他的宗教熱情。在法國發生可怕的法國宗教戰爭之後，腓力二世馬上倒向了天主教神聖聯盟一邊，該聯盟由吉斯家族領導，致力於消滅法國的胡格諾派教徒。
1591年形勢最混亂的時候，西班牙的軍隊甚至開進了巴黎。腓力二世希望他的女兒與第四代吉斯公爵吉斯公爵 （第四）-查理·德·洛林結婚，並使後者繼承法國王位，但最終未能成功。
1595年，腓力二世被納瓦拉的亨利（此時已是法國國王亨利四世）擊敗。後來腓力二世終於承認了亨利四世的國王地位。他的辦法是：還不起債的時候就宣布破產，這樣可以賴掉舊債，再借新債。
家庭情況
配偶：
（1）葡萄牙女親王，瑪麗亞·曼努埃拉(1527-1545)，終年18歲。
（2）英格蘭女王，瑪麗一世(1516-1558)，終年42歲。
（3）伊莉莎白·德·瓦盧瓦(1545-1568)，終年23歲。
（4）奧地利的安娜女大公(1549-1580)，終年31歲。
子女：
•卡洛斯，阿斯圖里亞斯親王(1545-1568)，未婚，終年23歲。
•伊莎貝爾·克拉拉·尤金妮亞(1566-1633)，原本自幼和魯道夫二世訂婚，經過多般拖延，後者在她30歲後悔婚。33歲改嫁其七弟阿爾布雷希特七世(1559-1621)，享年67歲。
•卡塔莉娜·米凱拉(1567-1597)，18歲嫁薩伏伊公爵卡洛·埃馬努埃萊一世，終年30歲。
•斐迪南，阿斯圖里亞斯親王(1571-1578)，未滿七歲夭折。
•卡洛斯·洛侖佐(1573-1575)，未滿2歲夭折。
•迭戈，阿斯圖里亞斯親王(1575-1582)，8歲夭折。
•腓力三世(1578-1621)，終年43歲。 他的王位繼承人。
•瑪麗亞(1580-1583)，3歲夭折。
相關評價
腓力二世是有作為的偉大君主，他統治時期的西班牙國力昌盛，給人以深刻印象。但是，他的雄心壯志是建立在無視國家整體經濟環境的前提之下的。
為保障無休止的軍事行動，西班牙支出了巨額的軍費；腓力二世不得不多次增稅。儘管西班牙有美洲殖民地的強力支撐，他仍未能解決軍費浩蕩作成的財政危機，以至腓力二世在1557年、1575年和1598年三次宣布國家破產。
毫不妥協的宗教政策也使腓力二世到處樹敵。由於這些弊端，腓力二世的統治從長遠看對國家產生了不利影響。
1598年在他去世後，留給了他兒子腓力三世的一億金幣的債務，是他父親留給他的5倍，光付債款的利息就需要國家2/3的收入。西班牙很快衰落了。
