早年經歷
拉斐爾·莫拉1814年2月出生於聖何塞，他所屬的莫拉·波拉斯家族是哥斯大黎加最大的咖啡園主家族，他的弟弟米格爾·莫拉·波拉斯曾在1849年擔任哥斯大黎加臨時總統，另一個弟弟何塞·華金·莫拉·波拉斯在1850~1856年擔任哥斯大黎加陸軍總司令，他的妹妹與何塞·瑪麗亞·蒙特亞萊格雷·費爾南德斯（哥斯大黎加後來的總統）結婚，他的姐姐與何塞·瑪麗亞·卡納斯·埃斯卡米利亞（反對威廉·沃克戰爭中的重要軍事將領）結婚。拉斐爾·莫拉早年曾經營貿易，1837年便被任命為聖何塞市長，1846年～1847年任議會議長和立憲會議代表，在1847年被任命為副總統，同年與前國家元首曼努埃爾·阿基拉爾·查孔的女兒結婚，兩人共育有7個子女。
胡安·拉斐爾·莫拉·波拉斯總統生涯
胡安·拉斐爾·莫拉·波拉斯1849年拉斐爾·莫拉再次當選為副總統，同年11月26日，拉斐爾·莫拉逼迫自己的弟弟米格爾·莫拉·波拉斯辭去總統職務，自己擔任總統，在執政期間實行了一系列措施促進哥斯大黎加的發展。
為政舉措
哥斯大黎加貨幣上的拉斐爾·莫拉拉斐爾·莫拉執政期間，修改憲法，廢除了只有出生於哥斯 達黎加的男性才能獲得公民身份並有權參與投票的規定，改為以年收入作為獲得公民身份的條件。實行一系列軍事改革，擴大軍隊規模到9000人，僱傭波蘭和法國軍事顧問，推動軍隊邁向專業化。修公路特別是通向大西洋沿岸的公路，以促進經濟發展。推行宗教改革，限制教會權力，與教會發生激烈衝突。1852年，拉斐爾·莫拉與羅馬天主教會簽訂協約，把教會財產的裁判權由教會轉移到政府手中。1859年又下令對牧師徵稅，驅逐拒絕納稅的安塞爾莫·約倫特·拉富恩特主教。此外，拉斐爾·莫拉下令將聖何塞四郊的公有土地分配給貧苦農民，創辦了不利於高利貸的銀行。在此期間，西班牙正式承認哥斯大黎加為獨立主權國家。
抵禦入侵
胡安·拉斐爾·莫拉·波拉斯（1859年）1855年，美國冒險分子威廉·沃克率領一支軍隊進入尼加拉瓜，瘋狂干預政局，直至成為尼加拉瓜總統，美國總統富蘭克林·皮爾斯承認他是尼加拉瓜合法的領導人。之後，在美國南部奴隸主們的支持下，沃克以尼加拉瓜為基地，侵略中美洲其他國家。哥斯大黎加人民在拉斐爾·莫拉總統的領導下，堅決抗擊沃克入侵。1856年 3月~4月，哥斯大黎加軍隊在聖羅莎、薩迪納爾、南聖胡安、里瓦斯等地與侵略者激戰，取得一系列勝利，並進入尼加拉瓜，後因軍中流行鼠疫，被迫從尼加拉瓜撤退。1856年9月拉斐爾·莫拉正式向威廉·沃克宣戰，哥斯大黎加與其他中美洲國家組成聯軍，與沃克戰鬥，控制聖胡安河，切斷侵略軍的物資供應線。1857年9月，各國聯軍攻克侵略者大本營里瓦斯城。沃克被迫逃亡，後來從宏都拉斯登入，但被當地軍隊捕獲，1860年9月遭槍決。
反侵略戰爭結束不久，尼加拉瓜政府宣布對聖胡安河擁有 主權，引起哥斯大黎加不滿。在薩爾瓦多調停下，兩國1858年4月簽署《卡尼亞斯——赫雷斯條約》，肯定尼加拉瓜對聖胡安河的主權，但哥斯大黎加獲得在聖胡安河下游自由航行的權利和對瓜納卡斯特的主權。
遭遇殺害
拉斐爾·莫拉的雕像（聖何塞）拉斐爾·莫拉的舉措得到了下層人民的支持，但觸犯到了富人和保守勢力的利益，1859年8月，何塞·瑪麗亞·蒙特亞萊格雷·費爾南德斯發動政變，推翻了拉斐爾·莫拉。1860年8月，拉斐爾·莫拉率領軍隊在彭塔雷納斯登入，試圖發動起義重新掌權，但起義失敗，隨後遭到政府逮捕，並於9月30日將拉斐爾·莫拉殺害。拉斐爾·莫拉遇害時，年僅46歲，他去世後，人們稱他為“祖國之父”。
