主要職責
（一）執行國家審計工作的方針、政策、法規。
（二）向縣政府、市審計局報告和向有關部門通報審計情況，提出制定和完善加強政策法規，巨觀調控措施的建議。
（三）直接進行下列審計：
1、縣本級財政預算執行情況和其他財政收支。
2、鄉（鎮）政府和龍崗綜合經濟開發區、肥東新區、肥東循環經濟園區預算執行情況和預算外資金的管理和使用情況。
3、縣屬各部門、事業單位及下屬單位和其他接受財政撥款單位的財政財務收支。
4、國家和縣財政投資的建設項目預算執行情況和決算。
5、縣政府部門管理和受縣政府委託由社會團體管理的社會保障資金、社會捐贈資金以及其他有關基金、資金的財務收支。
6、縣屬國有企業、國有控股企業的資產、負債、損益情況。
7、國際組織、外國政府援助、貸款項目的財務收支。
8、縣政府派駐縣外機構和國家投資控股企業的財務收支及其經濟效益。
9、組織領導縣經濟責任審計局承辦的領導幹部任期經濟責任審計。
10、辦理大要案線索審計查證，配合有關部門查處經濟案件。
11、承辦上級審計機關授權的審計項目和縣委、縣政府交辦的其他審計事項。
12、法律法規規定的其他審計事項。
13、組織實施對貫徹執行國家財經方針政策和巨觀調控措施情況的行業審計、專項審計和審計調查。
14、指導和監督內部審計，檢查監督社會審計組織的審計業務質量。
15、負責審計幹部的教育和培訓，加強隊伍建設。
內設機構
根據審計局職責，縣審計局內設5個職能科室和肥東縣經濟責任審計局。
（一）辦公室
協助局領導處理局機關日常政務，協調各科室工作關係；制定局機關各項工作制度，起草有關檔案和報告；負責會議組織、文電處理、檔案、信訪、統計、保密和機關行政事務管理工作；協助做好紀檢、監察工作；負責審計宣傳、審計信息、普法教育工作；負責辦理局機關和經濟責任審計局的機構編制及其人事管理、工資福利；負責局機關目標責任制的考核工作，負責離退休人員的管理工作。
（二）財政金融審計科
負責審計縣本級預算執行情況、縣地方稅務系統稅收征管情況、縣國庫辦理縣級預算資金和收納撥付情況；負責審計鄉（鎮）、開發區預算執行情況和決算以及縣財政局下屬單位的財務收支情況。根據上級審計機關授權，負責審計國家政策性銀行、商業銀行、保險公司和信用社、地方商業銀行的資產、負債和損益情況。開展有關財政、金融等方面的專項審計調查，承辦縣政府交辦的審計事項。
（三）行政事業審計科
負責審計與縣財政有撥款關係的縣人大、政協、法院、檢察院機關和縣政府工作機構、黨群組織和社會團體及其所屬單位的財政財務收支；審計有關養老、醫療、工傷、失業、就業的財務收支和社會福利、救濟救災、優撫安置、社會捐贈和殘疾人的資金管理使用情況；開展行政事業專項審計和調查；辦理上級審計機關授權和縣政府交辦的審計事項。
（四）農業審計科
負責對縣農口及其所屬企事業和扶貧、開發、農業綜合開發、土地出讓、資源環保等資金的籌集、管理和使用情況的審計監督，組織對農村鄉鎮資金的審計工作；負責對使用外資或援贈款項目的審計。進行相關的專項審計及調查，辦理上級審計機關授權及縣政府交辦的審計事項。
（五）經貿審計科
負責審計書商務、經貿、糧食、供銷、交通、物資等部門及下屬國有企業的財政財務收支；負責審計縣建設局、建管局、旅遊局等部門的財政財務收支；開展相關的專項審計或調查；辦理上級審計機關授權及縣政府交辦的審計事項。
（六）基建審計室
負責組織對全縣運用財政、國債資金新建的固定資產投資建設項目進行工程決算審計；對全縣重大工程建設項目進行跟蹤審計。
（七）肥東縣經濟責任審計局（副科級）
負責研究草擬全縣經濟責任審計工作的規定、辦法和工作計畫；與有關部門協調聯繫，組織實施對縣所屬機關、鄉鎮副科級以上事業單位領導幹部任期經濟責任審計；承辦縣紀檢、監察、法務部門要求協助配合涉及領導幹部經濟案件的查證工作；承辦縣委、縣政府和合肥市經濟責任審計局交辦的審計任務；承辦相關的統計、計畫和信息管理工作。
