①組成型啟動子(constitutive promoter)是指在該類啟動子控制下，結構基因的表達大體恆定在一定水平上，在不同組織、部位表達水平沒有明顯差異。目前使用最廣泛的組成型啟動子是花椰菜花葉病毒(CaMV)35S 啟動子、來自根癌農桿菌Ti 質粒T-DNA 區域的胭脂鹼合成酶基因Ocs 啟動子，後者雖來自細菌，但具有植物啟動子的特性。
②組織特異啟動子(tissue-specific promoter)又稱器官特異性啟動子。在這類啟動子調控下，基因往往只在某些特定的器官或組織部位表達，並表現出發育調節的特性。例如菸草的花粉絨氈層細胞中特異表達基因啟動子TA29，豌豆的豆清蛋白(leguimin)基因啟動子可在轉化植物種子中特異性表達，馬鈴薯塊莖儲藏蛋白(patatin)基因啟動子在塊莖中優勢表達。
③誘導型啟動子(inducible promoter)是指在某些特定的物理或化學信號的刺激下，該種類型的啟動子可以大幅度地提高基因的轉錄水平。目前已經分離了光誘導表達基因啟動子、熱誘導表達基因啟動子、創傷誘導表達基因啟動子、真菌誘導表達基因啟動子和共生細菌誘導表達基因啟動子等。
目前植物基因工程中常採用的終止子是胭脂鹼合成酶的nos終止子和Rubisco小亞基基因的3′端區域。
