（一）正常菌群的含義
人自出生後，外界的微生物就逐漸進入人體。在正常人體皮膚、黏膜及外界相通的各種腔道（如口腔、鼻咽腔、腸道和泌尿道）等部位，存在著對人體無害的微生物群，包括細菌、真菌、螺鏇體、支原體等。它們在與宿主的長期進化過程中，微生物群的內部及其與宿主之間互相依存、互相制約，形成一個能進行物質、能量及基因交流的動態平衡的生態系統習慣稱之為正常菌群（Normal flora）。正常菌群大部分是長期居留於人體的又稱為常居菌，也有少數微生物是暫時寄居的，稱為過路菌。
（二）人體正常菌群的分布
皮膚上的細菌 往往與個人衛生及環境情況而有所差異。最常見的是革蘭氏陽性球病，其中以表皮葡萄球菌為多見，有時亦有金黃色葡萄球菌。當皮膚受損傷時，可引起化膿性感染，如癤、痛。在外陰部與肛門部位，可找到非致病性抗酸性恥垢桿菌。
口腔中的細菌，口腔溫度適宜，含有食物殘渣，是微生物生長的良好條件。口腔中的微生物有各種球菌、乳酸桿菌、梭形菌、螺鏇體和真菌等。
胃腸道的細菌，因部位而不同，胃酸的殺菌作用，健康人的空腸常無菌。若胃功能障礙，如胃酸分泌降低，尤其是胃癌時，往往出現八疊球菌、乳酸桿菌、芽胞桿菌等。成年人的空腸和迴腸上部的細菌很少，甚至無菌，腸道下段細菌逐漸增多。大腸積存有食物殘渣，又有合適酸鹼度，適於細菌繁殖，菌量占糞便的1/3。大腸中微生物的種類繁多，主要有大腸桿菌、脆弱類桿菌、雙歧桿菌、厭氧性球菌等，其他還有乳酸桿菌、葡萄球菌、綠膿桿菌、變形桿菌、真菌等。
呼吸道的細菌，鼻腔和咽部經常存在葡萄球菌、類白喉桿菌等。在咽喉及扁桃體黏膜上，主要是甲型鏈球菌和卡他球菌占優勢，此外還經常存在著潛在致病性微生物如肺炎球菌、流感桿菌、乙型鏈球菌等。正常人支氣管和肺泡是無菌的。
泌尿生殖道的細菌，正常情況下，僅在泌尿道外部有細菌存在，如男性生殖器有恥垢桿菌，尿道口有葡萄球菌和革蘭氏陰性球菌及桿菌；女性尿道外部與外陰部菌群相仿，除恥垢桿菌外，還有葡萄球菌、類白喉桿菌和大腸桿菌等。陰道內的細菌隨著內分泌的變化而異。從月經初潮至絕經前一般多見的為陰道桿菌（乳酸桿菌類）；而月經初潮前女孩及絕經期後婦女，陰道內主要細菌有葡萄球菌、類白喉桿菌、大腸桿菌等。
機體的多數組織器官是無菌的，若有侵入的細菌未被消滅，則可引起傳染。因而在醫療實踐中，當手術、注射、穿刺、導尿時，應嚴格執行無菌操作，以防細菌感染。
參考條目：細菌
