神奇寶貝收藏家吉爾露太為了實現一則有關傳說中的神奇寶貝的預言，試圖捕獲火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥以最終捕捉到“海之神”洛奇亞。吉爾露太乘坐氣墊船向著橘子群島的核心進發並成功捕捉了火焰鳥，但神鳥為了平衡勢力範圍引起了世界範圍內氣候的崩潰，導致了全球範圍內災難天氣的出現。小智一行被困在風暴中並被衝上地處橘子群島中心的亞西亞島。得知島上的大型慶典即將開始，小智被慶典聖女——一個名叫芙蘆拉的女孩——選為“指揮者”。
在慶典宴會上，芙蘆拉告知小智他必須到三聖鳥的島嶼分別取回三個玻璃球，並將它們帶回到河馬王守護的亞西亞島神廟，芙蘆拉則會在那裡奏響慶典音樂——事實上是洛奇亞之歌。小智隨即同焦慮的皮卡丘一道出發。被小美船長帶到火之島後，小紙盒皮卡丘找到了火焰鳥的寶藏，但被火箭隊所干擾。小霞、小建和芙蘆拉承小美的多用船到達，閃電鳥緊隨其後試圖征服小島。吉爾露太出現誘捕了閃電鳥，並誤捉了小智一行人。與此同時，大木博士、內木博士和小智的母親花子乘直升機趕往亞西亞島，但是他們最終於小島上失控墜落。吉爾露太釋放了小智一行並試圖捕捉急凍鳥，卻在執行時意外地喚醒了洛奇亞。同時，小智一行設法放出了火焰鳥和閃電鳥並使氣墊船墜落。
之後，火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥發起了戰鬥，釋放出自身所有的能量試圖摧毀對方。小智一行人設法脫險的過程中得到了閃電鳥的寶藏，並被一股洛奇亞帶起的神秘的水流帶回了亞西亞島。洛奇亞試圖隻身中斷爭鬥，但卻為三隻神鳥聯合起來的實力所壓制。洛奇亞通過心靈感應，指明三神鳥的戰鬥與惡劣天氣都可以被“指揮者”——小智——所終止。小智同意趕往冰之島以取回最後的寶藏，但他的去路卻被三神鳥阻斷。火箭隊乘著——由廢品和報廢的直升機螺旋槳改裝成的——衝鋒舟趕到，希望能夠通過拯救世界來繼續他們的惡行。一行人衝上了急凍鳥的神廟並取回了寶藏，但在他們動身趕回之前三神鳥出現了。閃電鳥破壞了衝鋒舟，小智目睹了急凍鳥被閃電鳥和火焰鳥重創。洛奇亞救起了小智和皮卡丘，而火箭隊在意識到他們在拖後腿之後毅然決定跳海。吉爾露太試圖捕捉洛奇亞，但洛奇亞使用了空氣爆炸擊毀了氣墊船並在墜海前拋出了小智與皮卡丘。
小霞和小建救出了小智與皮卡丘二人冒險前往神廟並將最後的寶藏與先前的寶藏放到一起。芙蘆拉奏響了洛奇亞之歌，結束了颶風和三鳥的爭鬥。洛奇亞從海中升起，並帶起了引起氣候巨變的洋流。稍後，三鳥回到了各自的島嶼，在對小智道謝後洛奇亞離開了。花子與兩位博士趕到，前者目睹了兒子所做的一切並告誡他要更加小心，小智一一遵從。火箭隊一天后來到了島嶼上，他們被河馬王告知觀眾們看到了他們的義舉。三人開始審視改變他們的所做所為。
