基本概況
編成地：仙台
補給軍區：仙台
二戰投降時所在地：長沙
投降時所屬部隊：支那派遣軍
所屬步兵聯隊（投降時）：第65（會津若松），第104（仙台），第116（新發田）
歷代師團長
1 原口兼濟（1905年4月1日----1906年7月6日）
2 岡崎生三（1906年7月6日----1910年6月1日）
3 長岡外史（1910年6月1日----1913年1月15日）
4 秋山好古（1913年1月15日----1915年2月15日）
5 安藤嚴水（1915年2月15日----1918年7月24日）
6 西川虎次郎（1918年7月24日----1921年1月6日）
7 河村正彥（1921年1月6日----1923年8月6日）
8 井戶川辰三（1923年8月6日----1925年5月1日廢除）
9 荻洲立兵（1937年8月6日重建----1939年8月1日）
10 田中靜壹（1939年8月1日----1940年9月28日）
11 內山英太郎（1940年9月28日----1942年8月17日）
12 赤鹿 理（1942年8月17日----1945年1月20日）
13 吉田峰太郎（1945年1月20日----1945年9月10日）
歷史演變
日俄戰爭輕取薩哈林
日俄戰爭末期，日軍在本土的師團都已投入到滿州的前線，而本土一個師團也沒有，相當空虛。在這狀態之下，1905年4月四個師團（第13、14、15、16）被新設立。這時，日本為了在日俄戰爭之後的議和占有利的局面，所以立即計畫占領薩哈林。編成之後作為獨立第13師團被派往薩哈林。作為先鋒的是步兵第25旅團（步兵第49、50連隊和野炮兵第19連隊第1大隊），於7月7日在薩哈林登入，直撲薩哈林南部。而師團主力於7月24日在薩哈林北部登入。8月1日薩哈林的俄軍投降，第13師團在薩哈林的戰術任務完成。9月波茲馬斯議和條約被簽訂，南薩哈林變成了日本的領地。
日俄戰爭後，第13師團經過在朝鮮駐屯之後，於1907年成為了常設師團。自1920年1月到1921年5月為止出兵西伯利亞干涉了俄國革命。但是一戰之後世界各國普遍經濟下滑，1925年的裁軍中，4個師團的番號被取消了。而第13師團就是在1925年5月1日被廢除了。
侵華戰爭中的急先鋒
13師團軍旗1937年7月抗日戰爭全面爆發，根據前線的需要，第13師團被重建並參與淞滬會戰、江陰保衛戰與南京大屠殺。以仙台的第2師團為母體，步兵第58（高田，於1942年12月調往第31師團）、第65（會津若松）、第104（仙台）和第116（新發田）這4個聯隊構成了重建的第13師團。重建之後不久就被調往813事變的上海前線。在進攻江陰時遭到中國守軍重創，餘部參加了震驚世界的南京大屠殺。
1938年1月以後，該師團隨日軍主力參加徐州會戰、武漢會戰、隨棗會戰、第一次長沙會戰、第二次長沙會戰、鄂西會戰、常德會戰、長衡會戰、桂柳作戰，犯下了累累罪行。
南京大屠殺罪惡之首
日本人所著《昭和12年，支那南京攻略戰》記載：在旅團、聯隊一級中：佐佐木道一部、山田丹二部，65聯隊（以上都隸屬荻洲立兵第13師團）最勇猛，屠宰支那戰俘和南京平民，超過70000人。
上海事變之後，第13師團轉戰於南京、徐州。在武漢會戰中，第13師團在富金山前舉足不前，成就了國軍71軍、36師和宋希濂、陳瑞河的輝煌。太平洋戰爭爆發後，第13師團還是在華中駐屯。1944年5月參加了豫湘桂戰役（大陸打通戰），第二年因為戰線縮小向長江沿岸後退，1945年9月初在節節敗退中迎來了無條件投降的那一天。
