頒布對象
各省、自治區、直轄市和計畫單列市國家稅務局、地方稅務局。
頒布原因
為進一步規範稅收違法案件發票協查工作，提高協查質量和效率,在充分調研和廣泛徵求意見的基礎上，稅務總局制定了《稅收違法案件發票協查管理辦法(試行)》，現印發你們，請認真貫徹執行。對執行過程中遇到的情況和問題，請及時反饋稅務總局（稽查局）。
辦法內容
第一章 總 則
第一條 為了規範稅收違法案件發票協查工作，提高協查管理工作效率，根據《中華人民共和國稅收徵收管理法》、《中華人民共和國發票管理辦法》及相關法律法規，制訂本辦法。
第二條 稅收違法案件發票協查是指查辦稅收違法案件的稅務局稽查局（以下簡稱委託方）將需異地調查取證的發票委託有管轄權的稅務局稽查局（以下簡稱受託方），開展調查取證的相關活動。
第三條 協查工作遵循合法、真實、相關和效率的原則。
第四條 稅務局稽查局負責實施稅收違法案件發票的協查。
第五條 國家稅務總局應當逐步推進稅收違法案件發票協查信息化，將稅收違法案件發票協查全面納入協查信息管理系統進行管理。
第二章 委託協查
第六條 委託方對稅收違法案件中需調查取證的發票採取發函或者派人參與的方式進行協查。
發函是指委託方向受託方發出《稅收違法案件協查函》，包括寄送紙質協查函和通過協查信息管理系統發出協查函。紙質協查函原則上採取同級發函的方式進行。
派人參與是指重大案件或者有特殊要求的案件，委託方可派人參與受託方的調查取證，提出取證要求。
第七條 委託方根據案件查辦情況，確定協查對象，需要發起委託協查的，向受託方發出《稅收違法案件協查函》。
《稅收違法案件協查函》內容包括：委託方案件名稱、基本案情、涉案發票記載的信息、已掌握的疑點或者線索、作案手法、提出有針對性的取證要求、回復期限、組卷及寄送要求、聯繫人和聯繫方式等。
第八條 國家稅務總局督辦案件的發票協查應當按照《重大稅收違法案件督辦管理暫行辦法》有關規定執行，並在協查函中予以說明，註明督辦函號。
第九條 已確定虛開發票案件的協查，委託方應當按照受託方一戶一函的形式出具《已證實虛開通知單》及相關證據資料，並在所附發票清單上逐頁加蓋公章，隨同《稅收違法案件協查函》寄送受託方。
通過協查信息管理系統發起已確定虛開發票案件協查函的，委託方應當在傳送委託協查信息後5個工作日內寄送《已證實虛開通知單》以及相關證據資料。
第十條 委託方收到協查回函後，根據協查回函信息依法對被查對象進行查處。
第十一條 委託方派人協查方式進行協查的，應當向受託方通報情況、溝通案情，派出人員需攜帶加蓋本單位公章的《介紹信》和《稅收違法案件協查函》、《稅務檢查證》以及相關身份證明，參與受託方的調查取證，提出取證要求。
第十二條 委託方應當及時登記《委託協查台賬》，跟蹤協查函的發出、回復和處理情況。
《委託協查台賬》包括以下內容：
（一）函件發出日期，派人協查日期；
（二）函件名稱、編號或者文號、是否督辦；
（三）涉及企業名稱、資料種類、數量；
（四）是否立案；
（五）負責檢查的人員；
（六）協查回函情況、回函日期；
（七）案卷號和歸檔地；
（八）其他。
第三章 受託協查
第十三條 受託方收到《稅收違法案件協查函》後，應當根據協查請求，依照法定許可權和程式調查，並按照要求及期限回函。
第十四條 《稅收違法案件協查函》涉及的協查對象不屬於受託方管轄範圍的，受託方應當在收函之日起5個工作日內，出具本轄區縣（區）級主管稅務機關證明材料，並將《稅收違法案件協查函》退回委託方。
第十五條 有下列情形之一的，受託方應當按照《稅務稽查工作規程》有關規定立案檢查：
（一）委託方已開具《已證實虛開通知單》的；
（二）委託方提供的證據資料證明協查對象有稅收違法嫌疑的；
（三）受託方檢查發現協查對象有稅收違法嫌疑的；
（四）上級稅務局稽查局要求立案檢查的；
第十六條 國家稅務總局督辦的案件，受託方在回函期限前不能完成檢查工作的，可以逐級上報國家稅務總局申請延期，在得到國家稅務總局同意後，在延期期限內給予回復。
申請延期應當說明延期理由、延期期限以及與委託方溝通的情況。
第十七條 受託方需要取得協查對象的稅務登記、變更、註銷、失控或者查無企業、發票領用、發票鑑定、納稅申報、抵扣稅款、免稅、出口退稅等征管資料和證明材料的，應當向其縣（區）級主管稅務機關提出要求。縣（區）級主管稅務機關應當在5個工作日內提供相關資料並出具相應的證明材料。
第十八條 受託方應當依據調查取證所掌握的情況及所獲取的證據材料，向委託方出具《稅收違法案件協查回復函》。
《稅收違法案件協查回復函》的內容包括：
（一）協查來源；
（二）涉案企業的基本情況及協查發票記載的信息；
（三）協查取證要求的說明；
（四）協查結論或者協查結果；
（五）稅務處理和稅務行政處罰事項；
（六）其他應予說明的事項。
第十九條 受託方應當對取得的證據材料，連同相關文書一併作為協查案卷立卷存檔；同時根據委託方協查函委託的事項，將相關證據材料及文書複製，註明“與原件核對無誤”，註明原件存放處，並加蓋本單位印章後一併寄送委託方。
受託方通過協查信息管理系統收到的協查函，應當通過協查信息管理系統進行函復。經檢查有問題的以及委託方要求寄送取證材料的，應當在回復協查結果後5個工作日內將相關證據材料及文書複製，註明“與原件核對無誤”，註明原件存放處，並加蓋本單位印章後一併寄送委託方。
第二十條 受託方應當在收到協查函後60日內回函。
通過協查信息管理系統發出的協查函,受託方應當在收到協查函後30日內回函。
國家稅務總局對協查回函期限有特殊要求的，應當按照相關要求辦理。
第二十一條 受託方應當登記《受託協查台賬》，及時掌握協查工作安排、回復、處理情況。
《受託協查台賬》包括以下內容：
（一）函件收到日期，來人協查日期；
（二）函件名稱、編號或者文號、是否督辦；
（三）涉及企業名稱、資料種類、數量；
（四）是否立案；
（五）負責檢查的人員；
（六）協查復函情況、復函日期；
（七）案卷號和歸檔地；
（八）其他。
第四章 協查管理
第二十二條 地市級以上稅務局稽查局應當定期對本轄區協查台賬進行統計匯總，全面掌握本轄區協查情況，督促指導下級協查工作。
第二十三條 上級稅務局稽查局對下級稅務局稽查局的協查質量和效率進行考核，包括受託方按期回復情況、委託方選票針對性、協查函和回復函的信息完整性等。
第二十四條 稽查機構設定發生撤銷、合併、增設的，應當及時向上一級稅務局稽查局提出與本稽查機構對應的協查信息管理系統節點的變更申請，並逐級上報國家稅務總局備案。
第二十五條 稅務違法案件發票協查資料按照《稅務稽查工作規程》的規定歸檔。
第五章 附 則
第二十六條 本辦法適用於各級稅務機關。
第二十七條 各級稅務局可以依據本辦法對轄區內稅務違法案件發票協查工作制定考核制度和獎懲實施辦法。
第二十八條 本辦法所稱以上、日內，包括本數(級)。
第二十九條 本辦法自發布之日起施行。2008年5月14日印發的《國家稅務總局關於印發〈增值稅抵扣憑證協查管理辦法〉的通知》（國稅發〔2008〕51號）同時廢止。
