職能調整
（一）劃出的職能地方電網建設方面的政府職能，交給市經濟貿易局。
（二）劃入的職能
原市水土保持辦公室承擔的組織全市水土保持工作職能。
主要職責
（一）貫徹執行國家有關水利工作的法律法規和方針政策，研究擬定全市水利工作的方針政策、規章制度並監督實施。（二）會同有關部門對全市水資源進行監測和調查評價以及制定全市和跨鎮（街）水中、長期供求計畫、水量分配方案，並監督實施；組織有關國民經濟總體規劃、城市規劃及建設項目的水資源和防洪的論證工作；發布全市水資源公報；負責管理全市水文工作。
（三）按照國家、省和福州市以及福清市有關資源與環境保護的法律、法規和標準，擬定水資源保護規劃；組織水功能區的劃分和向飲水區等水域排污的控制；監測江河湖庫的水量、水質，審定水域納污能力;提出限制排污總量的意見。
（四）組織、指導水政監察和水行政執法；協調並仲裁部門間和鎮（街）間的水事糾紛。
（五）編制、審查綜合利用的市管水利工程的項目建議書、可行性研究報告和初步設計檔案，並按國家規定的基本建設程式辦理有關手續；組織水利科學研究和技術推廣；組織實施水利行業技術質量標準和水利工程的規程、規範並監督實施。
（六）組織、指導全市水利設施、水域及其岸線的管理與保護;組織指導江河、河口的治理和開發，負責海岸灘涂的圍墾工作和海堤建設與管理工作；辦理跨市（縣）河流協調事務；對全市水利建設工程進行管理。組織建設、管理監督具有控制性的或跨鎮（街）的水利工程；組織、指導水庫、電站大壩的安全監管。
（七）指導農村水利工作；組織協調農田水利基本建設，指導鄉鎮供水和農村農田節水灌溉工作；指導水利行業的供水、小水電及多種經營工作。
（八）負責全市水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施規劃，組織水土流失的監測和綜合防治。
（九）指導和管理全市水利隊伍的建設；負責管理全市水利科技和外經、外事工作。
（十）指導全市水利行業的水電工作，組織協調農村水電電氣化工作。
（十一）組織、協調、監督、指導全市防汛抗旱排澇工作；承擔福清市人民政府防汛抗旱指揮部的日常工作。（十二）承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
（一）辦公室1、協助局領導組織和協調機關日常政務工作。2、承辦文秘檔案、政務信息、保密保衛、會議組織和信訪工作。3、負責機構編制、人事勞動工作。4、指導安全生產工作。5、負責行政後勤工作。6、會同有關部門制定全市水中、長期供求計畫；制定流域、區域和專項規劃。7、承辦市水利基本建設項目的項目建議書和可行性報告的編制、審查工作。編制全市水利基本建設投資計畫和前期工作計畫。8、主管局機關財務，承辦水利綜合統計。9、管理水利系統對外經濟技術合作和交流工作。指導水利產權制度改革。
（二）水利設施管理科（水政水資源科）
1、指導全市水政監察和水行政執法工作。2、承辦鎮（街）間和部門間水事糾紛協調的有關工作。3、承辦水利局行政訴訟、行政複議和普法教育工作。4、擬定鎮（街）間水量分配方案並組織實施。5、負責全市水資源公報編制工作。6、擬定水資源保護規劃。7、組織水功能區的劃分和向飲水區等水域排污的控制。8、組織監測江河湖庫的水質，掌握水域納污能力，提出限制排污總量的意見。9、負責對入河排污口設定、改建、擴建的審查。10、組織、指導全市水利設施、水域及其岸線的管理與保護。11、指導江河和水利樞紐工程防洪及安全運行。12、組織指導水利樞紐工程除險加固、挖潛配套和技術改造。13、組織指導水庫的安全監管。14、指導水利行業的水電管理工作。組織指導水電站大壩的安全監督，組織協調農村水電電氣化工作。
（三）水利建設科
1、組織指導主要江河的治理和開發。2、管理全市水利工程建設。3、指導全市城區防洪排澇工程的建設。4、主管科技情報和水利技術管理工作。5、管理全市水利行業質量技術監督。6、指導水利行業的供水管理。7、指導全市農田水利、灘涂圍墾、鄉鎮供水、人畜飲水和農村節約用水工作，對農村供水實行行業管理。8、組織實施節水灌溉，推廣節水型水利技術。9、指導全市農村水利社會化服務體系建設。10、指導冬春農田水利工程建設。
掛 靠 機 構
（一）市人民政府防汛抗旱指揮部辦公室
負責組織全市防汛抗旱工作，承辦市人民政府防汛抗旱指揮部的日常工作；按照市人民政府防汛抗旱指揮部的指示，統一調控和調度汛期全市水利、水電設施的水量。
核定事業編制6名（人員待遇和管理辦法參照黨政機關有關規定執行）。
（二）市水土保持委員會辦公室
負責市水土保持委員會的日常工作。
核定事業編制3名（人員待遇和管理辦法參照黨政機關有關規定執行）。
