歷史沿革
2009年7月底，中共福建省委八屆六次全會作出了設立福州（平潭）綜合實驗區的決定。
2009年8月27日上午，福建省福州市平潭縣召開四套班子聯席會議，中共福州市委副書記、組織部長周振華在會上宣布了中共福建省委員會一項重要人事任命決定：杜源生同志任中共福州市委常委、福州(平潭)綜合實驗區管委會主任，全面主持實驗區工作。
2009年9月3日，中共福州市委福州（平潭）綜合實驗區工作委員會、福州（平潭）綜合實驗區管理委員會正式成立，在當天召開的平潭縣四套班子領導會議上，中共福州市委組織部副部長柳欣在會上宣布了中共福州市委員會關於福州（平潭）綜合實驗區人事任命決定：杜源生同志任中共福州市委福州（平潭）綜合實驗區管委會工作委員會書記，林義銘、陳東榮、陳文波任中共福州市委福州（平潭）綜合實驗區管委會工作委員會副書記；林義銘、陳東榮、陳文波、左美俊任福州（平潭）綜合實驗區管委會副主任；左美俊、金昌明、林傑、藍桂蘭、成蘇明、歐小寧、俞天成、陳詩強、陳行武、林翔任中共福州市委福州（平潭）綜合實驗區管委會工作委員會委員。
福州（平潭）綜合實驗區在體制上將採取混合型管理模式，即實行“政區合一”（行政區+實驗區）管理模式，以期實現機構精簡、事權統一、運行高效。
2010年2月，福州（平潭）綜合實驗區更名為福建省平潭綜合實驗區，升格為地市級行政級別。
機構設定
工作部門
福建省平潭綜合實驗區管理委員會辦公室
福建省平潭綜合實驗區經濟發展局
福建省平潭綜合實驗區環境與國土資源局
福建省平潭綜合實驗區交通與建設局
福建省平潭綜合實驗區公安局
福建省平潭綜合實驗區財政金融局
福建省平潭綜合實驗區統計局
福建省平潭綜合實驗區森林園林局
1.福建省平潭綜合實驗區管理委員會辦公室
2.福建省平潭綜合實驗區經濟發展局
3.福建省平潭綜合實驗區環境與國土資源局
4.福建省平潭綜合實驗區交通與建設局
5.福建省平潭綜合實驗區公安局
6.福建省平潭綜合實驗區財政金融局
7.福建省平潭綜合實驗區統計局
8.福建省平潭綜合實驗區森林園林局
直屬機構
平潭縣人民政府
1.平潭縣人民政府
部門管理機構
福建省平潭綜合實驗區規劃局（由平潭綜合實驗區環境與國土資源局管理）
1.福建省平潭綜合實驗區規劃局（由平潭綜合實驗區環境與國土資源局管理）
歷任主要官員
杜源生（中共福州市委常委，中共福州市委福州（平潭）綜合實驗區工作委員會書記，福州（平潭）綜合實驗區管理委員會主任）
龔清概（中共福建省人民政府黨組成員，中共福建省委平潭綜合實驗區工作委員會書記、委員，福建省平潭綜合實驗區管理委員會主任）
1.杜源生（中共福州市委常委，中共福州市委福州（平潭）綜合實驗區工作委員會書記，福州（平潭）綜合實驗區管理委員會主任）
2.龔清概（中共福建省人民政府黨組成員，中共福建省委平潭綜合實驗區工作委員會書記、委員，福建省平潭綜合實驗區管理委員會主任）
現任主要官員
中國共產黨福建省委員會平潭綜合實驗區工作委員會
•書記：李德金
福建省平潭綜合實驗區管理委員會
•主任：李德金（兼任中共福建省人民政府黨組成員，中共福建省委平潭綜合實驗區工作委員會委員、書記）
•副主任：尤猛軍、趙曉波、汪茂昌、周青松、陳東榮
書記主任簡介
李德金同志李德金，男，福建莆田人，1962年12月出生，1986年5月加入中國共產黨，1981年8月參加工作，在職研究生學歷，經濟學碩士，高級經濟師。1995年8月任莆田市湄洲島國家旅遊度假區黨工委書記、管委會主任；1997年11月任仙遊縣委書記，期間在農業部掛職任市場與經濟信息司司長助理；2002年5月曆任莆田市委常委、政法委書記、常務副市長；2006年7月任福建省發展和改革委員會副主任、黨組成員，福建省重點項目建設領導小組辦公室主任；2008年4月任福建省交通廳（福建省交通運輸廳）廳長、黨組書記；2013年10月任中共福建省人民政府黨組成員，中共福建省委平潭綜合實驗區工作委員會委員、書記，福建省平潭綜合實驗區管理委員會主任。
