主要職責
貫徹執行中共中央、國務院關於對台工作的方針、政策和省委、省政府有關工作部署；協調並會同有關部門研究、制訂涉台法律和地方性法規、政策；歸口管理閩台“三通”和向金門、馬祖供水工作；會同有關部門統籌協調和指導全省對台經貿工作；會同有關部門協調處理台資企業的糾紛和台商投訴工作；負責管理、審核、報批本省對台雙向交流的項目和人員；負責管理、審批台灣記者來閩的採訪事務；負責受理台胞捐贈的審批、管理工作。
內設機構
秘書處
負責協調處理機關文秘、行政等日常工作。受理審批台胞捐贈工作、信記工作。負責機關和下屬事業單位的幹部、人事工作和離、退休幹部的服務工作。
調研處
組織、協調全省涉台調研工作；參與研究制定地方性涉台法規、政策。
經濟處
會同有關部門組織、協調閩台經貿合作與交流工作；協同有關部門舉辦重大涉台經貿活動；負責受理全省涉台經濟糾紛、行政糾紛等投訴案件；協調配合有關部門和地市處理解決好涉台投訴案件。
聯絡處
協助處理落實台胞、台屬政策的遺留問題；協助做好來閩台胞的有關服務工作。
宣傳處
組織、開展涉台教育和有關宣傳工作；審批、管理台灣記者來閩採訪及閩台新聞交流有關事項；負責全省台辦系統幹部的培訓工作。
沿海處
負責指導、協調全省台灣漁船停泊點、避風點和台胞接待站的建設和管理工作，做好海上來閩台輪的接待服務和管理工作；協調、處理沿海和海上涉台突發性事件；會同有關部門實施兩岸“雙向遣返”工作；配合有關部門和沿海地區做好沿海管防和漁民教育工作。
交流處
指導、協調、管理、服務全省各地、各部門的對台交流工作；負責審批在閩舉辦的涉台交流活動和我省赴台交流有關事項；參與重要涉台交流活動。
三通處
負責組織、協調、處理我省沿海與金、馬、澎等地區直接往來工作及今後海峽兩岸直接“三通”的有關工作。
機關黨辦
負責辦機關與直屬單位黨群工作。
直屬單位
福建省台灣同胞接待站
福建省台灣同胞接待站成立於1986年7月，系財政核拔的正處級事業單位。其主要職責為：接待台胞，受理台胞投訴、協調處理涉及台胞台商的案件、糾紛、緊急事故及有關出入境等問題，收集貧困台胞工作。
辦公地點
地址：福州市華林路80號 郵政編碼：350003
