內設機構
辦公室
組織協調、參與局機關的政務工作。承擔局機關重要檔案的起草，負責機關文電、機要、保密、外事、文書檔案管理和會議組織；制定全局調研計畫，承擔綜合性調研工作；擬定工商行政管理宣傳規劃並組織實施；負責局機關行政後勤保障、安全保衛等工作。
人事教育科
負責本局幹部、人事、機構、編制管理工作；負責本局基層建設和隊伍建設工作；負責本局離退休人員的管理和服務工作；組織實施幹部教育培訓工作；組織實施評選表彰工作；組織、指導、協調本局的政治思想、黨建和精神文明建設工作；檢查指導本局的人事教育管理工作。
監察室
監督檢查本局各部門及其工作人員貫徹執行法律、法規和政府的決定、命令以及本局各類規章制度情況，保證政令暢通，促進依法行政。協助黨組抓好黨風（行風）廉政勤政建設和反腐敗工作。受理對本局工作人員違反黨紀、政紀行為的控告、檢舉，調查處理其違紀行為。受理本局工作人員不服黨紀、政紀處分決定的申訴以及法律、法規規定的其他監察機關受理的申訴。建立健全監察監督網路，對民眾反映涉及的問題和幹部違法違紀問題調查處理；支持、保護工作人員依法辦事；負責辦理12345訴求件;履行上級監察機關交辦的其他任務。
財務裝備科
貫徹落實區工商局財務指導，組織實施本局財務裝備管理；編制本局經費預算及審查決算方案；組織實施各項工商行政管理收費工作；負責本局會計報表彙編和財務統計工作；負責本局票據管理和內部審計、經費收支管理及監督檢查；組織管理本局國有資產；負責局機關及基層工商所的基本建設和物質裝備計畫工作；檢查指導本局的財務、裝備管理工作。
法制科
組織開展工商行政管理執法監督檢查工作；承擔本局行政案件的審核工作；承擔或參與行政案件的複議、聽證、應訴有關工作；依法審理行政賠償案件；組織工商行政管理法制宣傳；檢查指導本局的法制工作。
信息技術管理科
負責信息化網路的技術保障、安全防範、各類軟體的套用推廣、軟體升級維護、數據備份和資料庫平台的安裝、配置及調試等以及承辦上級領導交辦的有關工作。
註冊登記管理科
依法承擔在區工商行政管理局註冊的各類企業的註冊登記工作，並對本局的各類企業、個體工商戶的註冊登記工作進行協調指導和監督檢查；負責辦理在區工商局註冊登記的各類企業的年度檢驗，並對本局的各類企業的年度檢驗及個體工商戶的驗照工作進行協調指導和監督檢查；負責全區各類企業、個體工商戶註冊登記的信息統計和匯總工作。組織查處企業違反註冊登記法律、法規及規章的行為，負責全區企業信用體系建設，組織協調查處無照經營行為；指導全區個體私營企業協會工作；協調指導和檢查本局的各類企業和個體工商戶的監督管理工作；負責對全區各類企業、個體工商戶監督管理的信息統計和匯總工作。
市場契約科
負責依法對所轄各類消費品市場、生產要素和生產資料市場及各專業市場監督管理工作；檢查市場主體資格、查處無照經營、把好市場準入關；加強經紀行業監管；加強監管糧食收購市場，維護糧食流通秩序；依法查處市場交易中的違章違法行為；認真履行《契約法》、《拍賣法》、《擔保法》、《招投標法》及其它相關法律法規賦予的職責；指導和監督當事人訂立和履行契約，辦理各類契約見證、登記、備案，做好契約糾紛行政調解工作；推薦、審查、考核“守契約、重信用”企業，推行契約示範文本；辦理企業動產抵押物登記，查處違反企業動產抵押物登記辦法的行為；監督拍賣和招投標活動，查處違法行為；負責做好市場、契約監管各類統計報表和分析工作。
商標廣告監督管理科
負責商標使用許可契約及商標印製的監督管理工作；組織查處商標侵權假冒和虛假、違法廣告案件；組織福建省著名商標、福州市知名商標推薦工作；負責商標檔案的管理與有關數據統計；負責廣告登記工作、監督管理廣告發布及其它各類廣告活動；檢查指導全區商標廣告監督管理工作；指導商標代理機構工作。
公平交易消費者權益保護科
監督檢查市場主體的交易行為；制止壟斷和不正當競爭行為；依法查處不正當競爭及損害消費者權益等經濟違法違章行為；組織、指導、監督、協調全局查處經濟違法案件工作；組織查處侵犯消費者合法權益案件；查處市場管理中發現的經銷摻假及假冒產品等違法行為；指導12315消費者申訴舉報服務台、消費維權服務站及消費維權服務點有關工作；負責經濟違法案件的統計和檔案管理。
直屬單位職責
檢查大隊
依法或根據授權查處全區行政區域內在市場交易中的壟斷、不正當競爭、生產和銷售假冒偽劣產品、商業欺詐以及侵害消費者合法權益等經濟違法違章案件；查處轄區內陸上走私販私違法行為，配合有關部門開展反走私鬥爭；參與綜合治理，維護市場經濟秩序，受理上級機關及其他執法機關移送的違反工商行政管理法律法規的有關經濟違法違章案件。
12315消費者申訴舉報服務台
1、受理消費者在購買、使用商品或接受服務過程中合法權益受到侵害且屬於工商行政管理部門管轄的申訴；
2、受理對侵害消費者權益、制售假冒偽劣商品、不正當競爭、商業欺詐、虛假廣告、商標侵權假冒等經濟違法行為的舉報；
3、根據申訴舉報案件信息的性質進行分類，及時向工商所及內部有關職能部門分流，並收集反饋意見；
4、組織消費者申訴舉報的現場調處；
5、公布消費者申訴熱點，發布消費警示，正確引導消費；
6、負責對申訴舉報案件信息的整理分析、統計上報、儲備管理工作；
7、對有關社團組織、行業組織、市場主體進行消費者權益保護工作的指導；
8、提供工商行政管理法律、法規和規章的諮詢服務。
