磁碟碎片定義
在Windows的邏輯卷中，檔案並不總是保存在磁碟連續的簇中，而是被分散保存在不同的位置。當應用程式所需的物理記憶體不足時，Windows會在磁碟中生成交換檔案（通常為：pagefile.sys），將該檔案所占用的磁碟空間虛擬成記憶體，即：虛擬記憶體。由於需要在物理記憶體和虛擬記憶體中頻繁進行數據交換，故Windows虛擬記憶體管理程式會對硬碟頻繁地讀寫，從而產生大量的碎片，這是產生磁碟碎片的主要原因。另外，產生磁碟碎片的另一主要原因是系統或應用程式頻繁生成的臨時檔案，例如：瀏覽器在在瀏覽網頁時，由於需不斷地進行快取，會產生大量的磁碟碎片。另外，在安裝或下載新軟體時，系統通常會在對檔案來說足夠大的第一個連續可用空間上存儲檔案。如果沒有足夠大的可用空間，Windows會將儘可能多的檔案保存在最大的可用空間上，然後將剩餘數據保存在下一個可用空間上，並依此類推。
磁碟碎片危害
系統在運行一個程式時，硬碟驅動器的磁頭首先要搜尋該程式運行所需的檔案，然後將數據讀取到記憶體或磁碟高速快取（Cache）中。搜尋時間在硬碟性能指標中被稱為平均尋道時間（Average Seek Time），單位為毫秒（ms）。如果能將應用程式的相關檔案放在磁碟的連續空間內，磁頭搜尋的時間將會減少很多。讀取時也是如此，硬碟讀取位於磁頭下方扇區的數據所需時間僅為將磁頭移到另一地點再讀取數據所需時間的五分之一。讀盤時，系統會先檢查數據是否在Cache中，如果有則直接讀取；如果沒有則從硬碟上讀取。當需要多次讀取同一數據時，Cache的作用很大，但對於第一次讀取某個檔案，Cache就無能為力了。因此，搜尋時間和讀取時間在很大程度上影響著程式執行的效率。
按微軟官方文檔：卷中的碎片越多，計算機的檔案輸入/輸出系統性能就越低。我們也可理解為：過多的磁碟碎片，造成磁頭不斷地在不同的地方搜尋和讀取隸屬一個檔案的數據，由此降低了系統運行的效率和速度。長此以往，也會降低硬碟的使用壽命。
綜上，我們有必要定期（例如：每月一次）對磁碟碎片進行分析和整理。磁碟碎片整理程式可以分析本地卷、整理合併碎片檔案和資料夾，以便每個檔案或資料夾都可以占用卷上單獨而連續的磁碟空間。這樣，系統就可以更有效地訪問檔案和資料夾，以及更有效地保存新的檔案和資料夾了。通過合併檔案和資料夾，磁碟碎片整理程式還將合併卷上的可用空間，以減少新檔案出現碎片的可能性。
最佳操作
整理碎片之前進行分析在整理碎片之前請對卷進行分析。對卷進行分析後，一個對話框會告訴您該卷中碎片檔案和資料夾的百分比，以及建議是否進行碎片整理。應定期對卷進行分析，而只有在磁碟碎片整理程式建議時才整理碎片。至少每周進行一次卷分析是很好的指導準則。如果不需要經常對卷進行碎片整理，那么可以每月進行一次卷分析，而不用每周。
添加大量檔案後進行分析當用戶添加大量的檔案或資料夾後，卷上可能有過多的碎片，這種情況下一定要對卷進行分析。一般來講，應對訪問頻繁的檔案伺服器上的卷比單個用戶所使用的卷更經常地進行磁碟碎片整理。
確保磁碟至少有 15% 的可用空間磁碟必須至少有 15% 的可用空間，磁碟碎片整理程式才能進行完全充分的碎片整理。磁碟碎片整理程式使用該空間作為檔案碎片的排序區域。如果卷的可用空間少於 15%，那么磁碟碎片整理程式只能部分地對其進行整理碎片。要增加卷的可用空間，請刪除不需要的檔案或將其移至其他磁碟。
在使用率較低期間進行碎片整理請在低卷使用期間對檔案伺服器的卷進行碎片整理，以便將磁碟碎片整理過程對檔案伺服器性能的影響降到最低程度。磁碟碎片整理程式對卷進行碎片整理所花費的時間取決於幾個因素，包括卷的大小、卷上零碎的檔案數及可用的系統資源。
安裝軟體或安裝 Windows 之後進行碎片整理安裝軟體、升級或全新安裝 Windows 後對卷進行碎片整理。安裝軟體之後卷上會形成許多碎片，所以請運行磁碟碎片整理程式以幫您獲得最佳的檔案系統性能。
常用的碎片整理程式
VoptXP、Diskeeper、DEFRAGGLER等
