生平
出生
百武三郎佐賀縣人，佐賀藩士百武庭藏的第三字。佐賀國中，攻玉社學習，1892年江田島海軍兵學校19期畢業。甲午戰爭的時候作為少尉候補生乘坐「松島號」隨軍。1894年少尉任官。「八島號」返航委員英國出差。1902年，海軍大學甲種畢業。
從政生涯
此後，歷任吳鎮守府參謀，「日進號裝甲巡洋艦」魚雷長，第3艦隊參謀，參加日俄戰爭，任第4艦隊參謀，從1905年起德國，奧地利留學，1910年回國。任朝日號戰列艦副長，軍務局職員，磐手號裝甲巡洋艦艦長，伊勢號戰列艦裝備委員長，榛名號戰列艦艦長，第2艦隊參謀長等，1917年晉升海軍少將。佐世保鎮守府參謀長，教育本部第2部長，第3戰隊司令官，鎮海要港部司令官，舞鶴要港部司令官，練習艦隊司令官，佐世保鎮守府長官，軍事參議官，1928年，成為海軍大將，同年編入預備役。
在當第3戰隊司令官的時候，屬下多摩號輕巡洋艦的艦長就是他的弟弟百武源吾。耿直的三郎和豪放的源吾之間有過許多衝突，不過，在幕僚們看來，他們還真是一對親兄弟。
百武三郎二·二六事件的時候，鈴木貫太郎侍從長被襲擊身負重傷，為了對抗陸軍，他被推薦繼任。對鈴木退休深感失望的昭和天皇問隨從：“百武是個什麼樣的人物？”深感驚恐的百武害怕自己乾不長，沒想到卻幹了8年，1936年1944年一直擔任昭和天皇的侍從長，辭職後直到1946年是都樞密顧問官。
年譜
明治年間
明治25年(1892)7月26日海軍海軍學校畢業(19期)、海軍少尉候補生、金剛乘組
明治26年(1893)5月10日松島乘組
明治27年(1894)9月25日海軍少尉任官、佐世保鎮守府海軍士兵團分隊士兵
明治27年(1894)12月11日千代田分隊士兵
明治28年(1895)9月28日嚴島分隊士兵
明治29年(1896)4月20日松島乘組
明治29年(1896)12月7日八島返航委員(英國出差)
明治29年(1896)12月11日八島乘組返航委員
明治30年(1897)12月1日海軍中尉晉升
明治31年(1898)4月1日鎮護者一帶航海長實習、分隊長實習
明治31年(1898)5月30日海軍大尉晉升，鎮護者一帶航海長分隊長
明治31年(1898)10月1日赤城航海長
明治32年(1899)6月17日宮古航海長
明治32年(1899)7月1日宮古航海長分隊長
明治32年(1899)9月29日宮古航海長
明治32年(1899)12月4日宮古航海長分隊長
明治33年(1900)3月24日待命
明治33年(1900)5月20日海軍大學甲種學生
明治35年(1902)7月8日待命
明治35年(1902)7月17日吳鎮守府參謀
明治36年(1903)10月15日吳鎮守府參謀副官
明治37年(1904)2月3日橫須賀鎮守府附
明治37年(1904)2月16日日進水雷長分隊長
明治37年(1904)7月13日海軍少佐晉升
明治37年(1904)8月14日第三艦隊參謀
明治38年(1905)6月14日第四艦隊參謀
明治38年(1905)12月20日德國駐在
明治39年(1906)4月1日功四級金鵄勳章
明治40年(1907)9月28日海軍中佐晉升
明治41年(1908)1月23日奧地利駐在
明治41年(1908)2月15日駐奧地利大使館附海軍武官
明治42年(1909)10月15日奉命回國
明治43年(1910)3月19日朝日副長
明治44年(1911)12月1日海軍省軍務局職員
大正年間
大正元年(1912)12月1日海軍大佐晉升
大正4年(1915)7月19日磐手艦長
大正5年(1916)9月1日伊勢裝備員長造船造兵監督官
大正5年(1916)12月1日榛名艦長
大正6年(1917)9月15日第二艦隊參謀長
大正6年(1917)12月1日海軍少將晉升
大正7年(1918)11月10日佐世保鎮守府參謀長
大正8年(1919)12月1日海軍教育本部第二部長
大正10年(1921)12月1日海軍中將晉升、將官會議議員
大正10年(1921)12月26日第3戰隊司令官
大正11年(1922)12月1日鎮海要港部司令官
大正12年(1923)6月1日舞鶴要港部司令官
大正13年(1924)10月4日練習艦隊司令官
大正14年(1925)4月15日佐世保鎮守府司令長官
大正15年(1926)12月10日軍事參議官
昭和年間
昭和2年(1927)6月30日功勳一等瑞寶勳章
昭和3年(1928)4月1日海軍大將晉升
昭和3年(1928)5月16日待命
昭和3年(1928)7月30日預備役編入
昭和11年(1936)11月28日侍從長
昭和12年(1937)4月28日後備役編入
昭和15年(1940)4月29日勛一等旭日大綬章
昭和17年(1942)4月28日海軍退伍
昭和19年(1944)8月28日辭職
昭和19年(1944)9月1日樞秘密顧問官
昭和21年(1946)4月17日辭職
昭和38年(1963)10月30日以92歲死去
