萬曆二十三年進士。選庶吉士,授兵科給事中。帝既冊立東宮,上太后徽號,瑜請推廣孝慈,以敦儉、持廉、惜人才、省冤獄四事進,皆引《祖訓》及先朝事以規時政,辭甚切。三十年,京師旱,陝西河南黃河竭。禮官請修省,瑜言:“修省宜行實政。今逐臣久錮,纍臣久羈,一蒙矜釋,即可感格天心。”末言礦稅之害。皆不報。
累遷工科都給事中。帝於射場營乾德台,瑜抗疏力諫,又再疏請斥中官王朝、陳永壽,帝不能無憾。會瑜論治河當專任,遂責其剿拾陳言,謫廣西布政使照磨。以疾歸。光宗立,起光祿少卿,三遷太常卿。給事中倪思輝、朱欽相,御史王心一以直言被謫,瑜抗疏論救。
天啟二年,由通政使拜刑部右侍郎,署部事。鄭貴妃兄子養性奉詔還籍,逗遛不去,其家奴張應登訐其通塞外。永寧伯王天瑞者,顯皇后弟也,以後故銜鄭氏,遂偕其弟錦衣天麟交章劾養性不軌。瑜以鄭氏得罪先朝,而交通事實誣,乃會都御史趙南星、大理卿陳於廷等讞上其獄,請抵奴誣告罪,勒養性居遠方。制可。明年進左侍郎。卒官。贈尚書。