劇情簡介
芬奇和里瑟成功保護了“機器”核心並在根的幫助下重建了“機器”，與此同時“撒馬利亞人”組織對他們一夥人的追殺仍在持續著。在“機器”的掩護下，他們繼續隱藏身份維持正義，制止犯罪。肖被“撒馬利亞人”控制著並試圖通過她找到“機器”的下落，但肖通過頑強的意志成功逃了出來並與根他們會合。芬奇不小心暴露了行蹤，“撒馬利亞人”的殺手對他們展開了窮追不捨的追殺，最終芬奇的好友根和以利亞在保護芬奇的途中犧牲。悲痛的芬奇決定放棄自己那一直謹守的規則與“撒馬利亞人”正式開戰，他盜取了電腦病毒冰封9來對抗“撒馬利亞人”，最終在里瑟和肖的幫助下他成功開啟了病毒，為了解決掉“撒馬利亞人”的最後備份，芬奇和里瑟做出了最後的努力，最終“撒馬利亞人”被徹底摧毀，而“機器”用自己留存下來的備份重獲新生並繼續著自己的使命。
演員表
| 角色 | 演員 | 備註 |
| 詹姆斯·卡維澤 | John Reese | |
| 麥可·愛默生 | Harold Finch | |
| 薩拉·沙希 | Sameen Shaw | |
| 艾米·阿克 | Root | |
| 凱文·查普曼 | Detective Lionel Fusco | |
| 約翰·諾蘭 | John Greer | 簡介 撒瑪利亞人Admin |
分集劇情
第1集約翰·里瑟和他的朋友根、哈羅德·芬奇正被人全城追殺中，兇手是一個名叫“撒馬利亞人（Samaritan）”的神秘組織。“撒馬利亞人”是一個新型的人工智慧系統，有人想讓撒馬利亞人替代芬奇製造的“機器（The Machine）”。芬奇和里瑟護送著裝有“機器”記憶體晶片的工具箱返回他們的地下老巢。警察萊納爾·弗斯科護送的兩名黑幫大佬在護送途中被人射殺，聯調局和內務部的人一起對弗斯科進行調查。根在逃亡的途中前往一位以前僱主的工廠尋求他的幫助，根拜託他幫自己偽造一個新身份逃避撒馬利亞人的追捕，但僱主接受了“撒馬利亞人”的好處出賣了根，緊急關頭裡瑟及時出現救了根。里瑟在電話中告訴弗斯科向警方承認是他射殺了黑幫大佬，雖然無法理解，但弗斯科還是按照里瑟的話做了。果然聯調局立馬撤銷了對弗斯科的懷疑，認為弗斯科是正當防衛，並歸還了弗斯科的配槍。在根和里瑟的幫助下，芬奇嘗試解壓“機器”。
第2集芬奇成功喚醒了“機器”，然而由於承載機器的設備太過於簡陋，機器一直出現各式各樣的故障。里瑟與芬奇給機器偷回來了一組全新的GPU，“機器”終於運轉起來了，並且相比以前開放了自身系統——可以搜尋任何事任何人！“機器”重新開始工作，里瑟和弗斯科根據“機器”的分析提示，前往制止可能發生的犯罪事件。可是里瑟和弗斯科分別跟蹤的“嫌犯”目標卻並沒有真正要犯罪的樣子，與此同時，“機器”將芬奇和根認為是威脅目標並將他們關在了工作的車廂里。芬奇意識到，“機器”雖然成功甦醒，但是它卻沒有了時間概念。那些過去存在危險行為的人，都被它列入到威脅目標的名單里。“機器”不僅困住芬奇和根，還派出殺手去追殺里瑟。最終在芬奇的努力下，“機器”成功回憶起芬奇他們的身份。
第3集“機器”給出了新的“號碼”——亞歷克斯·鄧肯，為一家國際諮詢公司工作的電腦碩士。芬奇為里瑟偽造了身份幫助里瑟進入鄧肯公司進行調查，里瑟發現鄧肯在下班後，潛入上司的辦公室偷取檔案。就在里瑟打算繼續跟蹤鄧肯時，鄧肯卻被CIA帶走，CIA行動的領隊居然還是里瑟的老上司——比爾。另一方面，根被“機器”派去運輸公司執行任務，根調查出“撒馬利亞人”正在大規模安插自己的惡意軟體。里瑟從比爾手上救出了鄧肯，鄧肯向里瑟坦白，他並非是間諜也沒有偷國家機密，他只是在找有關自己哥哥保羅的信息。5年前保羅因叛國罪被CIA調查，而恰巧的是里瑟和同伴被比爾派去殺了保羅。鄧肯調查到保羅曾接到命令去運送一批武器，而這批武器是被國家禁止提供給外國盟友的，因此鄧肯的調查可能已經觸及到某些人的利益。里瑟和鄧肯被CIA抓住，押送的途中里瑟編了個故事告訴鄧肯他的哥哥是位英雄，在一次空襲中遇難，比爾也識趣的配合了里瑟。最后里瑟帶著鄧肯成功逃了出來，而比爾也沒有強行抓捕里瑟，他知道里瑟有著自己的使命，決定繼續讓他用自己的方式打擊犯罪。
第4集薩姆恩·肖被“撒馬利亞人”組織抓住，並被他們在耳後植入晶片，藉此來控制肖。“撒馬利亞人”通過對肖進行虛擬現實模擬實驗來追尋肖的同夥及“機器”的下落，在一次模擬實驗中，肖成功逃了出去。肖假裝搶劫一家超市，藉此讓“機器”追蹤到她並給她的同伴傳送信號。“機器”能截獲的信息“撒馬利亞人”同樣能夠截獲，一夥殺手前往超市抓捕肖，緊急關頭，根及時趕到救了她。由於擔心“撒馬利亞人”在追蹤肖，里瑟他們並沒有帶肖回到“機器”那裡。幫肖取出被植入的晶片後，芬奇解析了晶片發現只是安慰劑，同時肖的行為也有些異常。里瑟對根說出了自己對肖的懷疑，他懷疑肖已經被“撒馬利亞人”策反，不料他們的談話被肖監聽，氣憤的肖當面暴露行蹤與“撒馬利亞人”開戰。肖的舉動成功引出了頭目格里亞，她們將格里亞囚禁起來，並在他身上找到了毀滅裝置。肖突然再次意識不清起來，她殺了格里亞並告訴里瑟所謂的毀滅裝置其實是木馬病毒，擔心芬奇他們有危險，肖帶著里瑟前往芬奇和“機器”處。途中肖再次神誌異常起來並槍殺了里瑟，根趕到後肖為了不繼續傷害同伴選擇了自殺。一切回到現實中來，原來之前發生的事情都只是發生在肖的虛擬世界中…
第5集：伊森·加文里瑟正在實時犯罪中心觀察著新“號碼”——伊森·加文，加文是一名尋槍系統的聲音分析師，主要工作是在出警前從各種噪音里剔除誤報。在結束了12個小時的夜班之後，加文對女友撒謊取消了約會…芬奇將一個與“撒馬利亞人”類似核心代碼負責到了“機器”上，並在一系列控制模擬下讓他們互相接觸，讓“機器”的代碼在“撒馬利亞人”的代碼里尋找弱點。加文下班後闖入一個名叫克魯帕的女大學生宿舍，並朝壁爐開了3槍，原來三天前的凌晨兩點，尋槍系統的麥克風在克魯帕住的這座樓里接受到三聲響聲，程式說那只是爆竹聲，但加文堅信那是槍聲，他告訴里瑟他懷疑克魯帕已經遇害。一切證據都暗示著食品公司的老闆卡里克買兇殺人，但芬奇分析出其實這一切都是“撒馬利亞人”設計出來的誘餌，目的就是引出並抓住他們。“機器”與“撒馬利亞人”的模擬已經運行了超過一百億次，“機器”一次都沒有贏…
第6集：新人婚禮在“撒馬利亞人”組織對肖進行7000多次的模擬後，肖依舊憑藉著她驚人的意志力讓他們沒有半點收穫，組織首腦覺得換個方式對肖進行模擬，讓她親眼目睹“撒馬利亞人”是如何打擊罪犯的，藉此希望能夠拉攏肖。新“號碼”指向了一對新人，新娘是億萬賽馬帝國的繼承人，而新郎只是一名普普通通的律師。因此芬奇認為很可能是某些家庭成員不希望這場婚禮的舉行，芬奇和里瑟假扮身份混進的婚禮現場進行調查，最後根也趕過來幫忙。里瑟他們在婚禮現場發現了可疑人員，根和里瑟制服了他們，但是里瑟從殺手身上的照片發現殺手的目標並不是婚禮的新人，而是新娘家的家族攝像師——瑪姬。由於瑪姬在一次拍照中不小心拍下了新娘妹妹簡娜給賽馬餵禁藥的照片而被簡娜派人追殺，雖然瑪姬已經答應刪除照片，但簡娜依然不願留活口。弗斯科獨自調查著人口失蹤案件，最後從一次電話錄音中找到了線索，前往一座廢棄的地下管道，發現了那些失蹤人員。而正在此時，管道發生了爆炸…
第7集：神秘節目弗斯科在爆炸中倖存下來，里瑟一夥前去醫院探望他。根一直在試圖尋找肖的訊息，她請求“機器”給她提供幫助，“機器”卻沒有直接給她提供信息，而是指引根前往一家廣播公司。該廣播公司有一檔名為《神秘傳送》的節目，主持人麥克思專門與來電的觀眾分享他們遇見的那些超出人們理解範圍的奇事。在“機器”的幫助下，根偽裝身份在廣播公司給麥克思做搭檔。根接到一位名叫沃倫的聽眾的來電，他點名要與麥克思通話，沃倫聲稱這世上存在思想控制波，人們正被這種聲波控制著。根向麥克思打聽沃倫，麥克思告訴根他發現聲波中存在這某些特定的有規律的雜音，就像在傳遞某種信息一樣，他讓沃倫幫他調查。沃倫再次來電，稱他正被控制著，一股莫名的力量正要他自殺。根讓里瑟去沃倫家中調查，里瑟趕到沃倫家，發現他已經死亡，但根那邊與沃倫的通話卻依然進行著！根意識到聲波中的代碼可能是“撒馬利亞人”給組織特工傳送指令的方式，而麥克思和沃倫打算公開他們的這一發現從而導致被滅口。根用同樣的方式給肖傳送了訊息，而肖因為無數次的模擬已經漸漸分不清虛擬與現實了。
第8集：國際商人里瑟跟蹤著“號碼”孔——一名國際商人，他本應該坐飛機到倫敦，卻在中途因身體不適來到了急診室，醫生診斷孔得了流感並給他注射抗病毒劑治療他的病情。弗斯科前往安全屋找卡爾尋求調查線索。孔在注射抗病毒劑後，死在了急診室，醫生們採取了緊急隔離措施，芬奇也趕來幫忙。孔的血檢結果顯示他來急診室前就已經感染了禽流感，在醫生給他注射活性人流感病毒後兩種病毒融合產生了一種高致命高傳染性的新病毒！根通過調查發現給孔注射的那批抗病毒劑在運輸的途中被更改線路運送到了一間實驗室，顯然是有人製造了這起疫情。根讓“機器”分析了孔的血樣，在運行了五萬億次後才模擬出殺死孔的那種病毒的染色體，而能擁有同樣計算能力的只有一位——“撒馬利亞人”。最後“機器”分析出了治療疫情的抗體藥劑阻止了病毒的蔓延，但疫情過後，疾病控制及預防中心建議所有人接受體檢以便政府確定誰需要注射疫苗，然而這一切都是“撒馬利亞人”為了採集人們DNA的行為，一場陰謀似乎正在醞釀著…
第9集特里·伊斯頓正在一家處理上億資金賬戶的投資公司的門前圖謀不軌，芬奇分析這家公司肯定有價值不菲的絕密信息，特里就是來偷這些信息的。里瑟跟隨特里發現他手裡竟然拿著炸彈，里瑟阻止了特里並將他帶回警局調查。特里似乎非常害怕但他不敢開口透露任何訊息，芬奇從特里的手機里恢復出他妻子被綁架的照片。原來是有人用妻子的性命威脅特里，但特里也不知道那人是誰，只能稱呼他為“聲音”。芬奇認出“聲音”就是他們之前遇到的一個罪犯，為了抓到他芬奇決定去尋求以利亞的幫助。弗斯科抓到了一名叫阿米爾的殺人犯，警局也逮捕了一群名叫“聖堂武士”的混混幫派。里瑟調查處阿米爾曾為“聲音”效力過，並且試圖找出“聲音”的真身，而“聲音”為了除掉阿米爾派出“聖堂武士”進警局除掉阿米爾。最終“聲音”的真實身份被揭露——特里?伊斯頓，最後以利亞幫助芬奇除掉了特里。
第10集芬奇前往和女友第一次約會的咖啡店回憶往日的時光，不料他的這一舉動卻暴露了他，里瑟接到“機器”的報警和根一起前去保護芬奇。回到安全屋後，“撒馬利亞人”的殺手緊隨而來，以利亞依靠以往的人脈將芬奇送往安全地並隨行保護他。可是“撒馬利亞人”仍然找到了他們，在護送芬奇的途中以利亞中槍身亡，芬奇被帶走。在芬奇被“撒馬利亞人”轉移的途中，根與肖及時趕到救下了芬奇，在肖的掩護下根帶走芬奇駕車離開。逃亡路上，根和芬奇依舊不斷被追殺，根勸芬奇不能再像現在這樣一味的防守了，是時候用“機器”開展反擊了，但芬奇仍然猶豫不決。在一次被伏擊中根中槍了並且他們的車被警察攔下，芬奇被帶往市中心的警察局，根被送往了醫院。在警察局的芬奇回想到身邊的好友一個個的倒下，他終於決定放棄自己那一直謹守的規則，他決心向“撒馬利亞人”開戰！“機器”解放了全警察局的囚犯幫助芬奇趁機越獄，與此同時，根犧牲的噩耗傳來…
第11集芬奇獨自一人前往根的家鄉得州，似乎是打算前往她的出生地悼念她，“機器”一直陪伴著他。里瑟和肖正打算去尋找芬奇，卻接到新的“號碼”——美國總統！總統即將出席一個高級別的籌資晚會，里瑟和肖混進了晚會現場對總統實施保護。里瑟及時發現了定時爆炸裝置解除了危機，可是晚上現場的電視劇機螢幕上卻出現了警告語，在抓住了一名假扮的服務生後，肖對其一番審問候假裝放走他並順藤摸瓜的找到了恐怖分子的老巢，原來是參議員的妻子為了反對政府對公民的監控行為，而決定為自由而戰。肖在“機器”的幫助下成功脫困，弗斯科發現恐怖分子計畫用無人機襲擊總統的座駕，最後肖成功延緩了總統上車的時間避免了這次危機。但肖、里瑟、弗斯科都被特勤組逮捕，這時候三位以前的“號碼”分別出現救出了他們三人。芬奇前往根家鄉的途中來到了一所軍事基地，盜取了裡面封存的電腦病毒——冰封9，這時芬奇他們唯一能擊潰“撒馬利亞人”的機會…
第12集“機器”知道芬奇一直在猶豫是否要釋放冰封9病毒，因為芬奇深知冰封9可以消滅“撒馬利亞人”但同時“機器”也將一同消亡。“機器”給芬奇放映著里瑟、肖、弗斯科這些芬奇身邊夥伴以前的模擬，給他看一個沒有“機器”的世界藉此幫他做決定，但最終還是得芬奇自己拿主意。在“機器”的幫助下，芬奇進入了國家安全局，他將在裡面的機房釋放冰封9。由於國安局裡設定了靜電禁止場，“機器”只能暫時切斷與芬奇的聯繫，它給里瑟和肖傳送信息讓他們前來幫助芬奇。就在芬奇即將輸入最後的語音密碼釋放冰封9時，“撒馬利亞人”的特工找到了他並控制了他，頭目格里亞將自己和芬奇困在密封的房間，在得知只有他一人知道語音密碼後，格里亞下令抽空房間的空氣打算與芬奇同歸於盡。緊急關頭裡瑟和肖接通了連線外界的路由器，“機器”重新激活救出了芬奇。最終，芬奇說了出語音密碼釋放了病毒。
第13集冰封九被釋放後，撒馬利亞人和機器的運作開始混亂；但是在撒馬利亞人的指令下，根的遺體被挖出來好用她的人工耳蝸追蹤其他成員。在機器的庇護下，芬奇、傅思科和肖逃過一劫；機器臨死之前，告訴肖它認為根會想跟她講的話；又留下一個語音訊息，讓爾後機器的另一個備份可以知道從何學起。里斯為了上傳機器的備份而不幸犧牲；而機器到衛星後，最後終於感染撒馬利亞最後的備份讓兩個人工智慧同歸於盡。 機器觀察人們的結論是：人總是獨自死去，不過如果你幫過某人、或讓某人愛過，或只是讓某人記得，那或許你根本沒死，或根本還沒結束。機器的備份連絡上肖，而芬奇終於在義大利和未婚妻重逢。
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