系統設定
前兩作的系統在指令選單的設計上非常繁複,操作也不太簡便,那些初級玩家和剛接觸這個系列的朋友因此而怨聲載道,為此,Xenosaga 3在系統和操作方面都進行了追本溯原的設計。雖然還是採用了系列一貫的3人組隊方式,隊中角色將根據敏捷度(AGI)來決定攻擊的次序和頻率(顯示在螢幕左上方的行動順序表上)。但由於Break與Boost系統的加入,遊戲的戰略性卻比以往起了更大的變化,Break計在角色遭到敵人攻擊時會緩緩上升,超過上限時該角色將會強制停止行動兩回合;Boost計卻是以攻擊敵人的戰鬥方式來積攢的。通過裝備特殊的道具可以提高Boost的上限,每耗費1個單位的Boost,可讓該角色可以完全不管原來的行動順序而直接展開下一步的行動。通過Boost系統,玩家可以搶先對敵人實施必殺的攻擊,這樣一來,必殺等級不但會隨使用次數的增多而達到快速升級的目的,同時,也能更快地解決戰鬥,避免自己控制的角色受到上海,經驗值的獎勵也當然是水漲船高了。除了普通戰鬥外,機體戰鬥也同樣精彩絕倫,機體覺醒和連攜戰鬥的要素加入,使整個戰鬥過程變得更加豐富和刺激了。