植物吸收土壤中的銨鹽和硝酸鹽,進而將這些無機氮同化成植物體內的蛋白質等有機氮。動物直接或間接以植物為食物,將植物體內的有機氮同化成動物體內的有機氮。這一過程為生物體內有機氮的合成。動植物的遺體、排出物和殘落物中的有機氮被微生物分解後形成氨,這一過程是氨化作用。在有氧的條件下,土壤中的氨或銨鹽的作用下最終氧化成硝酸鹽,這一過程叫做硝化作用硝化作用產生的無機氮,都能被植物吸收利用。在氧氣不足的條件下,土壤中的硝酸鹽被反硝化細菌等多種微生物還原成亞硝酸鹽,並且進一步還原成分子態氮,分子態氮則返回到大氣中,這一過程被稱作反硝化作用。由此可見,由於微生物的活動,土壤已成為氮循環中最活躍的區域。
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