歷史沿革
1978年，江蘇省革委會決定成立江蘇省環境科學研究所。
南京環科所1983年，江蘇省環境科學研究所更名為城鄉建設部南京環境科學 研究所。
1988年，原城鄉建設環境保護部撤銷，環境保護部門分出成立獨立的國家環境保護局，研究所隨之更名為國家環境保護局南京環境科學研究所。
1998年，國家環境保護局升格為國家環境保護總局，作為直屬機構，研究所隨之更名為國家環境保護總局南京環境科學研究所。
2008年，國務院機構改革，成立環境保護部，研究所更名為環境保護部南京環境科學研究所。
2018年，環境保護部組建為生態環境部，研究所更名為生態環境部南京環境科學研究所。
科研條件
人員編制
根據2019年2月研究所官網顯示，生態環境部南京環境科學研究所有在職職工444人，其中中國工程院院士1名、高級職稱117人、博士130人。 截至2018年10月，研究所有3位專家入選國家環境保護專業技術領軍人才、4位入選青年拔尖人才、2位入選國家“百千萬人才”、14位專家入選江蘇省“333”高層次人才，享受政府特貼專家14人。
科研團隊中國工程院院士（1人）：蔡道基（專職）
國務院政府特殊津貼專家（5人）：高吉喜、蔣明康、薛達元、林玉鎖、閻爾平
國家“百千萬人才”（2人）：高吉喜、徐海根
國家環境保護專業技術領軍人才（3人）：高吉喜、徐海根、劉標
國家環境保護專業技術青年拔尖人才（6人）：龍濤、鄒長新、曹銘昌、李海東、汪龍眠、王國慶
科研部門
實驗設施根據2019年2月研究所官網顯示，生態環境部南京環境科學研究所有部級 重點實驗室3個、所屬研究中心6個及所屬野外觀測站7個；此外，還有科技諮詢中心5個。
部級重點實驗室（3個）：國家環境保護農藥環境評價與污染控制重點實驗室、國家環境保護生物安全重點實驗室、國家環境保護土壤環境管理與污染控制重點實驗室
所屬研究中心（6個）：自然保護與生物多樣性研究中心、生態保護與氣候變化回響研究中心、有毒有害化學品生態效應與環境健康研究中心、土壤污染防治研究中心、農村環境研究中心、流域生態保護與水污染控制中心
所屬野外觀測站（7個）：福建武夷山生物多樣性監測基地、西藏生態安全螢幕障綜合監測站、內蒙古科爾沁生態綜合觀測與生態資產增值試驗站、土壤環境管理與污染控制野外研究基地、農藥環境風險與監控野外試驗基地、太湖流域生態環境研究基地、農村環境綜合整治技術與模式研究示範基地
設施資源
•圖書資源
截至2018年底，生態環境部南京環境科學研究所圖書館有期刊71種，圖書74類。 研究所與南京信息工程大學共享數字資源，資料庫總量40餘種，累計中外電子圖書總量為171萬種，電子期刊1.9萬種。
•設備設施
根據2019年2月研究所官網顯示，自然保護與生物多樣性研究中心有辦公區和實驗區約1238平方米，其中辦公室466平方米，實驗室772平方米，溫室80平方米，建有國家環境保護生物安全重點實驗室（2004）和國家環境保護武夷山生態環境科學觀測研究站（在建）。共有科研儀器設備643台套，其中大型儀器設備66台套，總價值2800餘萬元，包括普通化學分析、生態學、植物學、微生物學、分子生物學、土壤學、毒理學等方面的儀器設備。建有溫室及野外觀測基地/站點27處，總投資1359萬元，在江蘇南京、徐州以及河南安陽建立了轉基因作物野外實驗基地，在福建武夷山、江蘇鹽城等地建立了生物多樣性監測示範基地。
根據2019年2月研究所官網顯示，生態保護與氣候變化回響研究中心實驗室購置了攜帶型地物波譜儀、螢光光譜儀、攜帶型水中葉綠素測定儀、全自動太陽光度計、攜帶型光合作用儀、植物根系生長監測系統、植物冠層分析儀、攜帶型土壤水分測定儀、土壤呼吸測量系統、水蝕測量系統、風蝕測量系統、超攜帶型自動氣象站、地面小氣候觀測系統等。配置了高精度遙感分類軟體、Inpho攝影測量軟體、MODIS衛星資料遙感業務系統等軟體平台，以及磁碟陣列、圖形工作站、數據伺服器等。形成了一定的室內測試、外業調查條件和能力，為預警防控生態風險、保障國家和區域生態安全提供了長期觀測數據和決策依據。
根據2019年2月研究所官網顯示，土壤污染防治研究中心/國家環境保護土壤環境管理與污染控制重點實驗室辦公和實驗室用房分別占地200平方米和400平方米，擁有污染場地土壤及地下水調查、採樣、監測的專業設備，建有先進完善的環境分析體系，包括化學分析、生態毒理、土壤修復和環境工程三個專業實驗室，各類大型分析檢測儀器60多台套，能滿足土壤及其他環境樣品中無機污染物（重金屬）和有機污染物（揮發性有機污染物和半揮發性有機污染物及農藥）的定量分析，複雜環境介質中的痕量污染物的快速篩查與定性，水生和陸生生態毒性測定，以及野外現場快速檢測等研究工作的需要。此外，建有化工類污染場地修復技術試驗平台和野外研究基地。
根據2019年2月研究所官網顯示，流域生態保護與水污染控制中心已建成流域水環境監控預警、流域面源水污染防治、儀器分析、水污染治理新技術、飲用水安全保障、水生態模擬及流域水生態修復等8個實驗室，面積約265平米。主要儀器設備有荷蘭的全自動水質化學分析儀SKALAR SAN++、圖形工作站-PC伺服器、YSI水質測量系統、美國Agilent公司氣相色譜儀、紫外分光光度計、多參數水質測定儀、生物顯微成像系統等設備及常規分析儀器。
學術交流
根據2019年2月研究所官網顯示，生態環境部南京環境科學研究所與聯合國環境署、世界自然保護聯盟等10多個國際組織，以及美國、德國、荷蘭、挪威等30多個國家開展了科研項目合作和人員交流。
科研成就
科研成果
獲獎證書截至1999年底，研究所共完成大中科研項目400餘項，其中，國家政府 部門下達項目100餘項，國際合作、資助項目40餘項。累計獲得國家、省部級科技進步獎38項。聯合國環境規劃署全球環境500佳1項。
“十五”期間，研究所科研經費總計約1.34億，全所承擔各類創新研究項目近150項，課題涉及973、863、攻關、部門專項等，獲得省部級科研成果獎4項。“十一五”期間，科研經費總計約7.2億，全所承擔各類創新研究項目近300項，累計獲得國家、省部級科研成果獎20項。 “十二五”期間，科研經費總計約15.6億，全所承擔各類創新研究項目近450項，累計獲得國家、省部級科研成果獎46項。
根據2019年2月研究所官網顯示，生態環境部南京環境科學研究所在中國國內外重要學術期刊上發表論文2200餘篇，出版專著110餘部，獲得國家發明和實用新型專利400餘項，獲國家和省部級科技進步獎50餘項，“十二五”以來，全所共主持制訂並由國家相關部委頒布實施了140項國家環境保護標準、技術規範、技術政策等。
| 獲獎時間 | 獲獎名稱 | 獲獎類別 | 獲獎等級 |
| 2016 | 國家環境分區-排放總量-環境質量綜合管控關鍵技術與套用 | 國家科學技術進步獎 | 二等獎 |
| 2015 | 中國生態交錯帶生態價值評估與恢復治理關鍵技術 | 國家科學技術進步獎 | 二等獎 |
| 2014 | 區域生態資產評估技術方法與套用研究 | 國家環境保護科學技術獎 | 一等獎 |
| 2013 | 主要農業入侵生物的預警與監控技術 | 國家科學技術進步獎 | 二等獎 |
| 2012 | 碳酸氫銨壓粒深施 | 自然科學家 | 一等獎 |
| 2012 | 區域生態承載力與生態安全評估預警技術研究 | 國家環境保護科學技術獎 | 一等獎 |
| 2011 | 陸地生態系統變化觀測的關鍵技術及其系統套用 | 國家科學技術進步獎 | 二等獎 |
| 2011 | 中國典型脆弱區—生態交錯帶特徵評估與保護規劃研究 | 國家環境保護科學技術獎 | 一等獎 |
| 以上不列出全部獲獎成果，參考資料來源 | |||
學術期刊
•《生態與農村環境學報》
《生態與農村環境學報》系生態環境部主管、生態環境部南京環境科學研究所主辦的全國性學術期刊。學報先後被中文核心期刊（GCJC）、中國科學引文資料庫（CSCD）核心期刊、中國學術期刊評價研究報告（RCCSE）權威學術期刊、中國科技論文統計源期刊（中國科技核心期刊），被中國科技論文與引文資料庫（CSTPCD）、中文社會科學引文索引（CSSCI）、中國學術期刊綜合評價資料庫（CAJCED）、中國期刊全文資料庫（CJFD）、中國核心期刊（遴選）資料庫、CA、CABI、BA、BP、BD、UPD、GeoBase、ZR、EM、Scopus、AGRIS等中國國內外資料庫收錄。此外，學報曾獲全國優秀環境科技期刊，江蘇省優秀期刊。
人才培養
學科建設
根據2019年2月研究所官網顯示，研究所生態環境部南京環境科學研究所設有1個博士後科研工作站。
博士後科研工作站
生態環境部南京環境科學研究所博士後科研工作站
教學建設
•師資數據&學生成果
截至2018年10月，生態環境部南京環境科學研究所有兼職博士和碩士生導師26人。 根據2019年研究所官網顯示，研究所在站博士後9名，共參加科研項目12項，發表SCI論文4篇，參與制訂標準、規範等11項。博士後參與工作形成的成果獲得環境保護科學技術獎一等獎和二等獎各1項、以及西藏自治區科學技術二等獎1項。
資歷證書
根據2019年2月研究所官網顯示，生態環境部南京環境科學研究所擁有生態建設和環境工程專業工程諮詢甲級資質，市政公用工程（給排水）乙級資質（編制項目可行性報告、項目申請報告、資金申請報告、評估報告）、丙級資質（編制項目建議書）。
文化傳統
形象標識
所徽生態環境部南京環境科學研究所徽主體為Hb、NIES、綠枝，底色為綠色。其中Hb為環保的首字母組合，綠枝與綠色代表著自然、綠色事業，象徵著研究所保護生態環境的使命；NIES為研究所的英文簡稱。
精神文化
•所訓
團結、奉獻、求實、創新
機構領導
現任領導
| 職位 | 名錄 |
| 所長、黨委副書記 | 趙克強 |
| 副所長、黨委書記 | 劉國才 |
| 副所長 | 徐海根、李德波 |
| 黨委副書記、紀委書記 | 李紅兵 |
| 參考資料來源 | |
歷任領導
| 所長及任期 | 書記及任期 |
| 殷辰華（1980.03—1985.03） | 封行（1978.05—1984.03） |
| 夏家淇（1987.01—1989.08（代）） | 張烈山（1984.11—1991.04） |
| 秦文娟（1989.08—1994.08） | 徐鐵忠（1992.05—1999.03） |
| 高振寧（1994.08—2010.12） | 高振寧（2000.01—2010.12） |
| 參考資料來源 | |
