若以黃教的教義體系而言,甚深觀的教義是以《入中論》(Madhyamaka^vata^ra)為代表;廣大行則以《現觀莊嚴論》(Abhisama-ya^lam!ka^ra)為代表;因而顯教學部的研究,即以此二論為中心。而甚深觀的教義源流為︰文殊──龍樹──提婆。廣大行的源流為︰彌勒──無著──世親。此與印度大乘佛教二大潮流的源流相同。
據《菩提道次第修法》、《菩提道次第祈願法》的記載,甚深觀派的傳承如下︰釋尊──文殊──龍樹──月稱──大理杜鵑──次理杜鵑──阿底沙──敦巴寶──博朵瓦──霞惹瓦──伽喀巴──笈補巴──自在勝智──依怙寶──桑勤巴──錯拏瓦──門札巴──戒燃──童子光──傑公足──佛陀弟──虛空王──獅子賢──虛空幢──觀世音──妙音──宗喀巴。