光緒三年
(1877年)四月：左宗棠令諸軍三路並進，直取南疆，董福祥率甘軍翻越天山，急行軍1200多里，攻克南疆門戶達坂城，殺敵甚眾。接著步馬兼程，收復託克遜城，俘敵2萬餘眾。五月，敵酋阿古柏被部下所殺，白彥虎向俄境逃竄。八月，清軍開始追殲南疆殘敵，董軍任先鋒，接連攻克喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什等城，接著又馬不停蹄，穿越人跡罕至的塔克拉瑪乾沙漠，收復了喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌以及和闐四城。至此，南北疆全部收復。阿古柏政權滅亡後，英俄對此並不甘心，仍然扶持殘部不斷竄擾我國西部邊境，董福祥率軍駐守喀什噶爾，屢殲入侵之敵。
光緒五年
(1879年)：董福祥在兩日一夜之內，率甘軍急馳300餘里，在木吉擊潰敵軍，殲敵2000餘人。董福祥因功被接連擢升，直至擔任烏魯木齊提督，晉升尚書銜。
董福祥在新疆率甘軍駐守19年，禦敵戍邊，興修水利，開墾屯田，整修道路，政績卓著，贏得朝野讚譽。
光緒二十年
(1894年)：中日甲午戰爭爆發，董福祥奉旨率甘軍入衛京師。次年，又率軍進剿河湟地區爆發的回族和撒拉族的農民起義，因功晉升太子少保，調任甘肅提督，節制陝甘軍馬。
光緒二十三年
(1897年)：董福祥奉命率甘軍進京。戊戌政變後，甘軍被編入武衛軍，成為北洋三軍之一。董福祥任武衛軍統領，駐防直隸、山西。當時京津一帶爆發了規模很大的義和團運動，清軍中一些將領和義和團的關係很密切，董福祥就是其中之一。
光緒二十六年
(1900年)：五月十三日，董福祥部奉命率甘軍進入北京，駐紮永安門。圍攻東交民巷的外國使館區。七月十九日，聯軍自通州逼近京師，董福祥率甘軍於廣渠門抵抗，後撤至東便門、朝陽門、正陽門一帶與敵血戰，擊斃沙俄軍團長安寧科夫，擊傷其將軍。七月二十日，北京陷落，慈禧太后西逃，董福祥充當隨扈大臣。清政府與八國聯軍議和後，董福祥被清政府革職。
