研究院下設西水生態定位研究站、龍渠種子園管理站、塔爾溝苗木繁育試驗基地、張掖市中心苗圃等四個科研試驗基地。基本形成了高中低海拔、山區、淺山區及綠洲荒漠區布局趨於合理的科研試驗基地,以森林氣象、森林土壤、森林水文為主的祁連山森林生態系統定位研究體系已形成網路,以良種繁育、造林技術、園林規劃等套用技術研究和科技開發已形成優勢和初具規模。
其中祁連山森林生態站2000年被國家科技部確定為“國家重點野外科學觀測試驗站”、被國家林業局確定為中國森林生態系統定位研究網路成員單位。在對外合作交流方面,認真貫徹落實科技部、國家林業局關於野外科學觀測試驗台站實行“開放、流動、競爭、協作”的建站思路和要求,積極實施“走出去,引進來”戰略,推進與國內外大專院校和科研機構的科技合作與學術交流,先後與中科院寒區旱區環境與工程研究所建成黑河流域(上游)綜合研究基地、與蘭州大學和甘肅農業大學建成重點學科科研教學基地。
研究院承擔、參與的聯合國全球環境基金援助項目、國家高技術研究發展計畫、國家自然科學基金重點項目、國家自然科學基金面上項目、國家科技部、國家林業局十五重點中試項目、國家科技部社會專項資金資助項目及省、市資助項目等10多項,基本形成了國家攻關、國家基金、國際合作和行業重點項目(課題)並列開展的科研格局。
研究院多次受到國家、省、市的表彰獎勵,先後被省委、省政府、省軍區評為“學雷鋒先進單位”,被國家林業局、省林業廳評為“全國和全省林業行業思想政治工作優秀單位”、“全省林業科技先進單位”,黨支部先後五次被授予“先進基層黨組織”,有十幾位科技工作者獲得地級以上榮譽稱號,其中全國勞動模範1人,甘肅省勞動模範2人,甘肅省優秀專家3人,國家級有突出貢獻中青年專家1人,省級學術帶頭人3名,地級學術帶頭人6人、拔尖人才6人。一名同志被評為“張掖市首屆十大傑出青年”,一名同志被評為“第六屆甘肅省優秀青年”,一名同志被中央組織部表彰為“全國優秀黨務工作者”,兩名同志被評為“全省勞動模範”,18人(次)被市委、市直機關工委授予“優秀共產黨員”稱號。
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